新的方法迅速地描述與下一代脫氧核糖核酸排序的爆發張力

在爆發或生物恐怖分子攻擊情形下，基因更改的迅速確定負責對劇毒或藥物抗性對掛接有效回應是重要的。

對病原生物染色體的標準脫氧核糖核酸排序和分析是定期密集的和可能不切實際在緊急期間。 研究員現在開發一個比較染色體組的方法激烈地減少需要的時間準確地識別潛在的爆發張力的唯一基因屬性。 此報表，使用下一代排序的技術，展示途徑，被發布在染色體研究 (www.genome.org) 的在線今天。

Sanger 脫氧核糖核酸排序，用於的被設立的技術排序許多種類染色體，包括人染色體和數百細菌，能可能地用於排序和分析新的人力病原生物。 然而，為排序和隨後的分析或者 「完成的需時」，是這樣此途徑不是可行的，當需要時對爆發或生物恐怖分子攻擊的一種迅速回應。 新的排序的技術現在是可用的，允許一條整個細菌染色體在幾時數排序，但是仍然要求定期密集完成步驟確定完全染色體順序。

在此研究中， Drs 導致的研究員。 大學的 Bernard La Scola 和迪迪埃地中海開始的 Raoult 確定一條迅速地排序的未完成染色體是否可能由比較分析用於迅速分析爆發張力。 「在爆發中，一個快速途徑可能幫助立即識別基因定列式負責對被修改的劇毒或傳輸，解釋 La Scola。 「此工作的目標將評估最近可用的自動化的 pyrosequencing 的技術沒有為此完成」。

F. tularensis，土拉菌病的引起病原生物，是已知的其中一最感染的細菌，并且有特別事情此有機體可能被操作為使用作為生物武器。 La Scola 和同事排序與土拉菌病患者查出的張力使用排序系統的 Roche/454 生命科學 GS20，并且這些順序與 F. tularensis 比較幾其他張力，包括與減少的 pathogencity 和 antiobiotic 抗性張力的張力。

研究員顯示出，下一代排序沒有完成的一條細菌染色體可能用於幾星期有效識別 F. tularensis 臨床張力的幾個唯一功能。 通過使用此方法， 「，如果有研究這個項目的 bioinformaticians 的一個滿足的編號，對對這條染色體的完整分析的脫氧核糖核酸提取可能需要大約 6 個星期」，描述 La Scola。 「我們顯示出，此方法是高效檢測基因多形性例如基因修改負責對抗藥性阻力和基因損失」。 此外， La Scola 和同事能與 F. tularensis 其他 80 張力區分臨床張力。

當高處理量排序技術的和在此工作概述的比較基因組分析策略顯著減少了為爆發張力的描述特性時的需時， La Scola 注意到，在軟件的遠期預付款順序數據分析和染色體比較的可能加速處理甚而促進。

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