Koska haamu maailmanlaajuisesti ilmenneen lintuinfluenssan tai "bird flu" viipyy, terveysviranomaiset myöntävät, että uusia lääkkeitä tarvitaan kipeästi, sillä jotkut viruskantojen jo ovat kehittäneet vastustuskyvyn nykyistä roster anti-flunssalääkkeet.
Nyt joukkue UC San Diego tiedemiehet - avulla resursseja San Diego Supercomputer Center (SDSC), myös UC San Diego - on eristetty yli kaksi tusinaa lupaavia ja uusia yhdisteitä, joista uusia "designer drugs" voi olla kehitetty tämän sairauden torjumiseksi. Joissakin tapauksissa yhdisteitä näytti olevan sama tai voimakkaampi estäjiä kuin tällä hetkellä saatavilla anti-flunssalääkkeet.
"Jos nämä vastustuskykyiset kannat alkavat lisääntyä, niin se on kun aiomme olla pulassa, koska meillä ei ole mitään viruslääkkeiden aktiivinen heitä vastaan", sanoi Rommie Amaro, post doc-tutkijana kemian UC San Diego. "Niin, meillä pitäisi olla jotain niin varmuuskopiointi, ja juuri siksi olemme työstäneet tätä."
Lintuinfluenssa on herättänyt suurta huolta, koska ihmisillä on vähän tai ei lainkaan immuuni suojaa virusta vastaan. Vaikka flunssa rokotteita kehitetään, se voi kestää jopa yhdeksän kuukautta tehokas rokote kehitetään vastaan uusia kantoja, ja voisi vielä tulla tehottomaksi, jos uusia kantoja syntyy tuolloin. Jos virus saada Kyky levitä ihmisestä toiseen, tuloksena voi olla maailmanlaajuinen puhkeaminen tai pandemian.
"Ottaen huomioon kiireellisyyden löytää huumeiden torjumiseksi tämän viruksen, olemme toiveikkaita, että tulokset auttavat näissä toimissa", sanoi J. Andrew Mccammon, haltija Joseph Mayer tuoli teoreettisen kemian UC San Diego ja Howard Hughes Medical Institute tutkijan.
Mukana myös tässä tutkimuksessa olivat tutkijoiden National biolääketieteellisen Computation Resource (NBCR), osa Center for Research on biologisten järjestelmien ja California Institute, televiestintä ja tietotekniikka UC San Diego, kuten Lily S. Cheng, yhteistyön ensimmäinen kirjoittaja ; Don Xu, Wilfred Li, ja Peter W. Arzberger.
Tutkimuksessa, joka julkaistiin lehdessä lääkkeiden Chemistry, pohjautuu ennen työtä, että kaapattu nanosekunti-by-nanosekunti liikkeet proteiinin neuraminidaasin 1 (tai N1), tarvitsee lintuinfluenssaviruksen leviäminen tartunnan uusia soluja. Jotta paljastaa usein puuskittainen liikettä proteiineja, tutkijat työskentelevät molekyylidynamiikan koodeja, jotka simuloivat niiden liikkeitä kuin ne tottelevat fysiikan peruslakeihin. Tällainen on monimutkainen matemaattisia laskelmia tarvitaan näiden simulaatioiden että tutkijat vaativat supertietokoneiden. Tässä tapauksessa tutkijat juoksi heidän dataa molekyylidynamiikan ohjelma nimeltä NAMD - kehitetty Illinoisin yliopistossa Urbana-Champaign - on supertietokoneiden klo SDSC ja National Center for Supercomputing Applications Illinoisissa.
Jotkut yllättäviä yksityiskohtia nousi tutkijat katseli proteiini pyöriä ja heilutelko ajan. Erityisesti yksi alue - dubattuna "hot pocket" - näytti olevan varsin dynaaminen ja joustava. Amaro sanoi topologia tämän alueen ja aminohapot yhdistävän taskussa ovat merkittävästi erilaisia kuin mitä tiedemiehet aiemmin havaittu staattinen kuva proteiinin kiderakenne.
"Crystal rakenteet ovat erittäin tärkeitä", hän sanoi. "He antavat meille todellista kuvaa proteiinia. Mutta se on vain yksi kuva."
Kuluneen vuosikymmenen aikana tutkijat ovat todenneet, että joskus värikäs rakenteita valaise standardin kristallografia tutkimukset ovat rajalliset. Sen sijaan vielä elämän maalaus, proteiinit toimivat enemmän kuin liikkuvan kuvan, jatkuvasti nykiminen ja jiggling, jolloin tavoitteena on löytää spesifinen estäjä hieman pelottava. Se on hieman kuin baseball syöttäjä yrittää heittää lakkoja Catcher kuka tekee handsprings takana kotiin levy.