For første gang har næste generation af DNA-sekventering teknologier blevet tændt tyfus - en sygdom, der dræber 600.000 mennesker hvert år. Resultaterne vil bidrage til at forbedre diagnose, sporing af sygdommen spredes og kunne hjælpe med at udforme nye strategier for vaccination.
Undersøgelsen sætter en ny standard for at analysere udviklingen og udbredelsen af en sygdomsfremkaldende bakterie: det er den første undersøgelse af flere prøver af alle bakterielle patogener på dette niveau af detaljer. Det afdækker tidligere skjulte genetiske underskrifter fra udviklingen af de enkelte slægter af Salmonella Typhi.
Holdet udviklede metoder, der bliver brugt til at skrive udbrud, som giver forskerne at identificere individuelle organismer, der breder sig i befolkningen: ved hjælp af Google Earth, kan de udbrud let visualiseres. Holdet håber, at disse kortlægning data kan bruges til at målrette vaccinationskampagner mere held med det formål at udrydde tyfus.
I modsætning til de fleste beslægtede Salmonella arter, og i modsætning til mange andre bakterier, er Typhi findes kun hos mennesker og genomer af alle isolater er overfladisk meget lig, hæmmer forsøg på at spore infektioner eller til at skrive mere fremherskende varianter. De nærmere detaljer for den nye undersøgelse forvandler forskernes evne til at tackle Typhi.
"Moderne genomiske metoder kan bruges til at udvikle svar på de sygdomme, der har plaget mennesker i mange år," forklarer professor Gordon Dougan fra Wellcome Trust Sanger Institute og ledende forfatter på undersøgelsen. "Genomer er et levn fra en organismes eksistens, med angivelse af stier, der er truffet, og den rute, det er på denne analyse tyder på, at vi kan have fundet Typhi er akilleshæl:. Ved at tilpasse sig en udelukkende menneskelig livsstil, er det blevet selvtilfredse, dets genom er under genetisk forfald og det er overskriften op en evolutionær blindgyde hos mennesker.
"Vi tror på, at samordnet vaccinationsprogrammer, kombineret med epidemiologiske undersøgelser har til formål at opspore og behandle luftfartsselskaber, kunne anvendes til at udrydde tyfus som en sygdom."
Der er 17 millioner tilfælde af tyfus hvert år - selv World Health Organization advarer om, at dette er en »meget konservativ" skøn. De unge er mest udsat: i Indonesien, forekommer ni ud af ti tilfælde i 3-19-årige.
"En nøgle til overlevelse af Salmonella Typhi er dens evne til at ligge i dvale i luftfartsselskaber, som ikke viser symptomer, men stadig i stand til at smitte andre," siger Kathryn Holt, der er ph.d.-studerende ved Wellcome Trust Sanger Institute og første forfatter på undersøgelsen. "Vores nye værktøjer vil hjælpe os med at spore kilden til tyfus udbrud, potentielt endda til inficerede transportvirksomheder, så de personer, der skal behandles for at forhindre yderligere spredning af sygdommen.
"Brug af genomiske biologi af denne undersøgelse, kan vi nu skrive Typhi, identificere den stamme, der forårsager infektion, identificere bærere og direkte vaccinationsprogrammer mest effektivt. Det er et bemærkelsesværdigt skridt fremad."