基因组测序研究揭示了新的遗传伤寒签名

首次下​​一代DNA测序技术已经转向伤寒论 - 一种疾病，每年造成600,000人死亡。的结果将有助于提高诊断，跟踪疾病的传播，并能够帮助设计新的疫苗接种战略。

这项研究分析致病细菌的进化和传播的一个新标准设置：这是第一项研究中的多个样品的任何细菌病原体在这个级别的详细信息。它揭示了伤寒沙门氏菌的个人谱系的演变，以前隐藏的遗传特征。

该小组开发了正在使用的类型暴发的方法，使研究人员能够识别生物个体，在人口中传播：使用“Google地球”，爆发可以很容易地可视化。该小组希望这些数据映射可用于目标与目的是消灭伤寒疫苗接种运动，更成功。

与最相关的沙门氏菌，而在许多其他细菌相比，伤寒是发现，只有在人类和所有的菌株的基因组是表面上极为相似，妨碍试图跟踪感染或类型较普遍的变种。新的研究的详细转换能力的研究人员解决伤寒。

“现代基因组学方法可用于发展多年来一直困扰人类的疾病的答案，解释说：”戈登教授豆干从威康信托基金会桑格研究所和研究的资深作者。 “基因组是一个有机体的存在遗留下来的，说明了它所采取的路径和它是对的路由这一分析表明我们可能已经发现伤寒的致命弱点：。适应专门人类的生活方式，它已成为自满，它的基因组正经历着遗传衰减，它的标题在人类进化的死胡同。

“我们相信，协调一致的疫苗接种方案，结合流行病学研究，旨在追查和处理运营商可以用来作为一种疾病​​，以消除伤寒。”

伤寒的情况下，每年有1700万 - 虽然世界卫生组织警告说，这是一个“非常保守”的估计。青少年是最危险的：在印度尼西亚，10例中的9个发生在3 - 19岁。

“伤寒沙门氏菌生存的关键在于运营商，没有出现任何症状，但仍然能够传染给他人处于休眠状态的能力，说：”凯瑟琳霍尔特，在威康信托基金会桑格研究所和研究的第一作者，博士研究生。 “我们的新的工具将协助我们在追查伤寒爆发的根源，甚至可能受感染的载体，让那些人来对待，以防止疾病的进一步蔓延。

“使用这项研究的基因组生物学，我们现在可以键入伤寒，确定是造成感染的菌株，确定最有效的载体和直接接种方案，这是一个了不起的的一步。”

这项研究是一个在威康信托基金会桑格研究所，大学，科克，在巴黎的巴斯德研究所和牛津大学临床研究部，越南胡志明市，的研究人员之间的协作。该小组研究了来自十个国家的19株伤寒，使用新的测序方法，这意味着他们可以捕捉到这个倔强的基因组中罕见的遗传变异信号。他们生产了超过17亿个字母的基因序列，发现少于2000突变事件的证据，表明至少15000年前出现以来，伤寒很少演变。

他们的分析表明，伤寒沙门菌基因组是腐烂的 - 因为它变得更加密切的盟国，其人类宿主，这是失去的基因是多余的，在人体生命。更重要的是，基因含有的蛋白质 - 细菌表面上的指示，那些最经常被我们的免疫系统防御攻击 - 变化不大少于相当于在大多数其他细菌基因，表明伤寒有选择性的策略，以规避我们的免疫系统的压力。

“基因组和弥补伤寒表面的蛋白质 - 疫苗的目标 - 令人惊讶的变化不大，说：”教授，病原基因组学负责人朱利安帕克希尔。 “我们已经能够使用新技术，发展，为人类基因组变异的分析，以确定这种变化：这将是不可能的，一年前我们在这里已经开发的技术也可以对其他的战斗中使用的疾病。致病细菌。“

霍尔特卡拉OK等。 （2008）高通量测序到伤寒沙门氏菌基因组变异和进化提供的见解。 “自然遗传学”，可在网上提前出版印刷上周日27日2008年6月
http://dx.doi.org/ 10.1038/ng.195