De sprekers van de Bio-informatica werven undergrads aan om de annotatieuitdaging van DNA aan te pakken

In de kwestie van deze week van Biologie PLoS, beschrijft een team van de Universitaire die sprekers van Marseille door Pascal Hingamp worden geleid, Annotathon - een innovatieve benadering van het bio-informaticaonderwijs die op de studenten van de niet-gegradueerdenbiologie een beroep doet.

Met een stijgende rente in metagenomics - het decoderen van niet alleen één enkel genoom, maar van een volledig microbieel ecosysteem - de geproduceerde hoeveelheid gegevens is meer dan een bioloog kan houden omhoog met. Wegens dit, wordt de Bio-informatica - het gebruik van computertechnieken om biologische gegevens te verwerken - populairder. Het Annotathon het onderwijssysteem poogt een netwerk van leerlingsbioinformaticians op te leiden, die assistent in de oceaan van gegeven kunnen die op een dagelijkse basis wordt geproduceerd.

Deze methode vraagt studenten om de onbekende metagenomic fragmenten van DNA van een echte voorraad van de onderzoekopeenvolging willekeurig te plukken en te analyseren. De opdracht van de student, die de hulpmiddelen van Internet met behulp van slechts, moet berekenen van welk organisme DNA uit komt, en welke biologische functie het zou kunnen hebben. Evenals het bereiken van vertrouwen en vaardigheid in bio-informatica, ervaren de studenten het authentieke onderzoekproces om de argumenten te wegen, voorspellingsbetrouwbaarheid duidelijk te maken, hypothesen te bouwen, en strenge verhandeling te handhaven.

Het Verlaten van de goed betreden weg van ingeblikte oefeningen ontmoedigt voor instructeurs, maar het het onderwijsresultaat is de inspanning de moeite waard. „Ik heb allebei met mijn studenten gedaan: het opnieuw analyseren van de prion proteïne jaar na jaar, en het duiken voor deze totaal onvoorspelbare stukken van DNA,“ zeggen Hingamp die de software Annotathon ontwikkelde. „Het is het harde werk, maar de echte pret ligt aan de onbekende kant. De opwinding vangt.“ Studenten, volledig de bewust van hun exploraties bij de rand van kennis, en zonder veiligheidsnet, leven de uitdaging en de opbrengst na hoog - het kwaliteitswerk. In feite, blijkt hun output goed genoeg om in de openbare die gegevensbestanden worden teruggekoppeld dagelijks door onderzoekers worden gebruikt.

http://www.plos.org/