Los datos generados en el Ion Torrent secuenciador PGM que se presentará en AGBT

Published on February 4, 2011 at 2:48 AM · No Comments

Life Technologies Corporation (NASDAQ: LIFE), ha anunciado hoy que sólo seis semanas después del lanzamiento del secuenciador Ion Torrent PGM, investigadores independientes se presentan los datos que se generan con el sistema a los avances anuales en Genome Biology y de la Tecnología (AGBT). Las presentaciones demuestran tanto la simplicidad y la velocidad del torrente de iones de sistema a partir de la entrega de datos en seis semanas -, así como la rapidez con que una comunidad de usuarios se está formando alrededor de la tecnología.

"Estas características son esenciales para la incorporación de tecnologías de alto rendimiento de secuenciación en aplicaciones clínicas."

La comunidad de proveedores también adoptar la tecnología de iones de semiconductores secuencia porque la simplicidad del sistema y la accesibilidad es la apertura del mercado de la secuenciación a decenas de miles de investigadores y clínicos. Empresas, entre ellas Diagenode, bio CLC, Inc. Partek, DNASTAR ® y BioTeam se están asociando con Torrent Ion para proporcionar innovadoras soluciones de aguas arriba y aguas abajo accesible a todos los investigadores.

"Cuando democratizar algo, usted puede construir una comunidad, y eso es lo que estamos viendo rápidamente se desarrollan alrededor de Torrent Ion, en tanto el usuario como el lado vendedor", dijo el doctor Jonathan M. Rothberg, fundador de Ion Torrent. "La velocidad de iones de Torrent, simplicidad y escalabilidad están permitiendo obtener resultados rápidos y el desarrollo rápido de aplicaciones ya que ambas comunidades vean las ventajas de la secuenciación basadas en semiconductores."

Ion de semiconductores de secuenciación, que se encuentra en el corazón de la máquina del Genoma Personal Ion (PGM ™) secuenciador ya ha demostrado una mejora constante de 10 veces en el rendimiento de cada seis meses durante el desarrollo del sistema, que se mantendrá a lo largo de esa promesa trayectoria de transformar radicalmente la secuenciación del ADN para todos los científicos.

Los datos generados en el secuenciador Ion Torrent PGM y se presentó en AGBT se centrará en la secuenciación de los amplicones, genomas microbianos y de muestras de código de barras. Los investigadores presentan en AGBT el Viernes, 04 de febrero son los siguientes:

  • El Dr. Long Le, colaborador de investigación del Dr. John Iafrate, Director del Laboratorio de Patología Molecular de diagnóstico, primeros en adoptar Torrent Ion del Massachusetts General Hospital
  • Dr. Chad Nusbaum del Instituto Broad
  • El doctor Stephan Schuster de la Universidad Estatal de Pennsylvania
  • Donna Muzny del Baylor College of Medicine
  • Dr. Joe Boland de SAIC-Frederick

Las aplicaciones desarrolladas por la comunidad Torrent Ion se centran tanto en las soluciones que se encuentran aguas arriba y aguas abajo de la secuenciación del ADN.

Soluciones aguas arriba de la Comunidad Torrent Ion: amplicón y la secuenciación del genoma

"El potencial de velocidad y la simplicidad del sistema que esperamos que nos permiten analizar varias muestras de una manera eficiente", dijo el Dr. Iafrate. "Estas características son esenciales para la incorporación de tecnologías de alto rendimiento de secuenciación en aplicaciones clínicas."

Dr. Joe Boland, con SAIC-Frederick Inc., está usando el sistema de iones PGM en relación con el acceso a una matriz Fluidigm ™ del sistema para realizar la secuencia multiplex de amplificación. Se utiliza esta combinación para amplicones secuencia rápida y económica de múltiples - hasta 48 diferentes muestras de códigos de barras en una sola Ion Torrent PGM plazo - con un mínimo de práctica en el tiempo.

Para los investigadores interesados ​​en la secuenciación de genomas completos, Life Technologies se ha asociado con Diagenode que tiene una larga historia de proporcionar las mejores herramientas de fragmentación del ADN. Bioruptor Diagenode ®, que utiliza un sistema único para procesar múltiples muestras de manera uniforme, ha sido ampliamente validado para generar rápidamente fragmentos imparcial genómica adecuada en la creación de bibliotecas de ADN para el PGM de iones a un costo de entrada al alcance de cualquier laboratorio.

Soluciones de aguas abajo de la Comunidad Torrent Ion: análisis y gestión de datos

Torrent iones también se está asociando con CLC bio, Partek y DNASTAR, tres empresas que tienen una larga historia de entregar soluciones de clase mundial y servicios de la bioinformática.

"Yo generar y analizar mis propios datos y mediante el uso de herramientas bioinformáticas de compañías como DNASTAR y Partek, soy capaz de reducir significativamente el tiempo de los resultados y centrarse en el próximo experimento en lugar de luchar a través de análisis de datos", dijo el Dr. Long Le , Clínica Residente Patología molecular y miembro del Massachusetts General Hospital.

Gestión de datos también puede ser un obstáculo importante para muchos científicos, por lo que Life Technologies se ha asociado con BioTeam, una firma de consultoría dedicada a ayudar a los investigadores elegir la mejor plataforma para proyectos de TI, el almacenamiento y las necesidades de gestión de datos.

Además de la asociación con los principales fabricantes, Life Technologies también ha creado la Comunidad de iones, http://ioncommunity.iontorrent.com/, un foro basado en la Web para la comunidad científica para desarrollar soluciones robustas que aprovechar todo el potencial de iones de semiconductores de secuenciación . Los recursos incluyen datos de la muestra, los protocolos, el código fuente, formatos de datos y foros de discusión. El secuenciador de Ion PGM es también el primer tema de la Vida Grandes Desafíos $ 7.000.000 iniciativa de multitud de abastecimiento.

FUENTE Life Technologies Corporation

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