Een nieuwe techniek die door onderzoekers op de Universitaire School van Stanford van Geneeskunde wordt ontwikkeld staat onderzoekers toe om de nauwkeurige opeenvolgingen en de plaatsen te identificeren van DNA verbindend door regelgevende RNAs. Deze informatie is noodzakelijk om te begrijpen hoe de onlangs geïdentificeerde molecules van RNA de uitdrukking van naburige en verre genen controleren.
De studie biedt een opschrikkende glimp in de ingewikkelde wereld van genuitdrukking aan en hoe RNA, dat eens wordt verondersteld om slechts een bescheiden cellulaire boodschapper te zijn, actief ons op DNA-Gebaseerd genoom opent. „Wij gebruikten enkel moeten concluderen waar deze RNAs handelend op hun biologische gevolgen,“ bovengenoemde Howard Chang, M.D., Doctoraat, professor van de dermatologie baseerde. „Maar nu kunnen ons wij precies identificeren waar op chromatin zij bindend zijn. Wij hebben geconstateerd dat deze plaatsen brandpunts, talrijk en opeenvolging-specifiek zijn.“
Ontcijferen van de rol van regelgevende RNAs is kritisch belangrijk om vele cellulaire functies, met inbegrip van die te begrijpen betrokken bij ontwikkeling, kanker en regeneratie.
Chang, die ook een lid van het Instituut van Kanker van Stanford is, is de hogere auteur van het werk, dat 29 Sept. in Moleculaire Cel zal worden gepubliceerd. Hij en zijn laboratorium identificeerden eerder enkele eerste bekende regelgevende RNAs, met inbegrip van één in 2007 riepen zij HETELUCHT. De Gediplomeerde student Ci Chu is de eerste auteur van het onderzoek.
Vijftig jaar geleden, identificeerden de onderzoekers eerst boodschapper RNAs, die dient om de genetische instructies te transcriberen die in DNA van de kern worden gecodeerd en het te leveren aan de het eiwit-gebouwenmachines van de cel. In tijd, werd de eenrichtingsstroom van informatie van DNA aan RNA aan proteïne genoemd geworden centraal dogma van de biologie „.“ Regelgevende uitdaging RNAs dat begrip door aan DNA te binden en te beïnvloeden welke genen om proteïnen worden geselecteerd te worden.
Het bestaan hiervan regelgevende RNAs, riep ook lange intergenic niet-codeert RNAs, of lincRNAs, eerst werd gestipuleerd decennia geleden door onderzoekers die realiseerden dat DNA die in chromatin (gerolde complex van DNA en proteïnen) wordt verpakt meer dan in gewicht tweemaal zo veel RNA zoals DNA bevat. Zij waren benieuwd of regelt RNA dat chromatin met een laag bedekt wanneer en actief hoe de specifieke genen en weg worden aangezet. Maar de technische moeilijkheden hebben het moeilijk gemaakt om nauwkeurige plaatsen te identificeren van tot nu toe het binden.
„Om dit beeld te vangen, moet u die interactie tussen lincRNAs en chromatin in levende cellen opsluiten,“ bovengenoemde Chang. „Het was helemaal niet duidelijk hoe te om dat te doen.“
Uiteindelijk, bedacht Chu een innovatieve riff op een gemeenschappelijke analyse die wordt gebruikt om de opeenvolgingen te identificeren van DNA verbindend door een klasse van proteïnen genoemd transcriptiefactoren. Voor dat experiment, mengen de onderzoekers proteïne en chromatin en gebruiken dan antilichamen om te isoleren, of immunoprecipitate, zowel de proteïne van belang als zijn aangewezen bandplaats.
In plaats van het gebruiken van een antilichaam, gebruikten Chu en Chang twee of drie chemisch geëtiketteerde, bijkomende nucleotideopeenvolgingen, of sondes, om regelgevende RNAs te isoleren nadat zij aan DNA hadden gebonden. Nochtans, konden zij slechts ongeveer 10 percent van regelgevend RNA vangen gebruikend deze methode. Uiteindelijk klap Chu op het idee van het gebruiken van dozens individueel geëtiketteerde nucleotideopeenvolgingen die door de molecule binden.