超级电脑模拟给蛋白参与戒毒洞察

能源部橡树岭国家实验室的超级计算机模拟在前所未有的访问给科学家戒毒相关蛋白的关键类。

杰罗姆 · 博德里和苗族应龙，世卫组织与橡树岭国家实验室及田纳西大学共同隶属于，执行了模拟来观察运动的一种酶叫做 P450s.某些类型的 p450 氧化是负责处理很大一部分由人类服用的药物中的水分子。

超级电脑模拟旨在帮助解释正在进行中子实验。

博德里说，"我们模拟会发生什么这种酶在时间刻度的 0.3 微秒，这听起来非常快，但从科学的角度来看，这是相对较长的时间，"。"很多的事情发生在这种从未见过的规模。这是能够按照那么久很多水分子计算仙逝。"

水分子的运动团队的研究有助于药物酶 p450 氧化法处理的更广泛的理解。因为某些人口有一个略有不同版本的酶，科学家们猜测，突变可以部分解释为什么人们以不同的方式回应相同的药物。一种可能性是，突变可能关闭带来的这种酶的活性部位，水分子发生药物的化学改性的频道。这可以通过使用为这项研究开发的计算工具进行调查。

通过模拟如何水分子中移出了蛋白质的集中位于活动网站、 团队澄清以前困惑了研究人员的理论和实验证据之间明显的矛盾。X 射线晶体学，提供蛋白质的静态快照，表明只有六个水分子存在于活动网站，而实验观察显示，更多的水分子会存在于这种酶。

"我们发现，即使可以有很多的水分子 — — 达在给定时间很快进进出出的 12 — — 如果你看看，平均，这些水分子愿意当某个位置对应于您所看到的晶体结构，"淼说。"这是一个非常动态水化过程，我们正与中子散射实验和模拟的组合"。

模拟研究结果发表在生物物理杂志作为"活动网站水化和水分子扩散的细胞色素 P450cam： 高度动态的过程。"

资料来源：美国能源部/橡树岭国家实验室