Statystyczna metoda używa ewolucyjną informację uwydatniać identyfikację kojarzący allele

Published on July 19, 2012 at 6:13 AM · No Comments

Książka zawiera misprints może powodować przykrość dla czytelnika, ale literówki w jednostki genetycznym projekcie mogą znaczyć poważną chorobę albo nawet śmierć. (DNA) Rewizja dla genetycznych korelatów dla szerokiego zakresu choroby nęka ludzkości inspirował bogactwo badanie spada pod kłoszeniem szerocy skojarzeniowi studia (GWAS).

Dyrektor centrum dla Ewolucyjnej medycyny i Informatics przy Arizona stanu uniwersyteta Biodesign instytutem, jakkolwiek, rezultaty od wiele taki studiów zostać mniej pożytecznie w chorobie w dawać populaci odkrywającym w natępnych niezależnych studiach gdy genów allele lub fail. warianty wplątujący według Sudhir Kumar "Często, no odkrywamy ten sam setu mutacje dla ten sam choroby w różnych populacjach," mówi. "To jest ogromny problem w genomic medycynie. "

Kumar Joel T, koledzy i., Atul J., rozwijaliśmy statystyczną metodę naprawiać ten problem używać ewolucyjną informację. Ja jest sposobny znamiennie uwydatniać prawdopodobieństwo ulepsza niezawodność GWAS studia identyfikowanie kojarzący allele które pokazują lepszy konsystencję przez populacje. Metoda robi use phylogenetics-the porównawcza nauka gatunków genomy przez długookresowej ewolucyjnej historii.

Grupy badanie pojawiać się w postępowym onlinym zagadnieniu Cząsteczkowa biologia czasopismo ewolucja i. Nowa metoda jest teraz dostępna używać przez sieci, tak, że badacze na całym świecie stosować je jako pomoc odkrywać kojarzyć mutacje które są zgodnie reproducible i tym samym używalne jako diagnostyczni markiery. mogą Kumar nawiązywać do ten nowy podejście i ulepsza swój diagnostyczną władzę, łączy standardowych porównawczych genomic studia z filogenetycznymi dane jako phylomedicine, wartko rozwija pole który obiecuje usprawniać genomic informację.

"możemy brać ten metodę i stosować je wszystkie dane który publikował," Kumar mówi. "Ja prowadzi nowi odkrycie które siedzieli dobrze tam, ale nikt znał wokoło."

Nowa metoda podnosi odkrycie reproducible mutacje integrować ewolucyjną historię istoty ludzkie z współczesną genomic informacją. Stosować nowych rankingi ampuły GWAS nauka ulepszał odkrycie rzetelni mutacja korelaty powikłane choroby które posuwają się naprzód uosobioną medycynę opierającą się na each pacjenta genomic kodzie.,

Podstawowy pomysł za GWAS jest prosty: porównuje genomy dwa populaci tematy, jeden z choroby znamieniem i grupy kontrolnej, bez choroby. Następnie, utożsamiają różnicy przy each pozycją genom w dwa populacjach. Znajdują allele zdarza się w chorej populaci które są less częstymi w zdrowej populaci i ty właśnie dokładnie określać gen mutacje kojarzyć z chorobą.

Lub was?

Gdy Kumar wyjaśnia, sprawy no są w ten sposób proste. Mutacje studiować w taki studiach znają jako SNPs (dla nucleotide polimorfizmów). To po prostu znaczy że dla dawać gen sekwenci zamienia cosiem innego, znajdującego powszechnie w populaci. jeden cztery nucleotides A, T, C i G (,) Na przykład większość zdrowi tematy może nieść "A" przy szczególną pozycją w genomu, ale chorob jednostki mogą być prawdopodobne nieść "C" przy ten sam pozycją. Jeżeli różnica między grupami uderza SNP może kojarzący z choroby znamieniem.

Ludzcy genomy są szeroki składać się z niektóre 3 miliard podstawowe pary nucleotides. Najwięcej śmiecą z SNPs i dokuczać out jest często drażni sprawą. co, co i może tłumaczyć choroba siedzą tam  bez pozornego skutka Dla niektóre chorob, a korespondencja między gen mutacją i choroba istniejemy. Ogólny, te unieszczęśliwienia, znać jako monogeniczne choroby, szczególne właściwości. Wynikają od mutaci w pojedynczym genie właśnie, raczej niż wieloskładnikowi geny. Są początków chorobami, bierze ich opłatę drogowa gdy pacjent jest wciąż młody.

Monogeniczne choroby, Tay sachs choroba, no są zazwyczaj celów dla szerokich skojarzeniowych studiów, ponieważ związek między gen mutacją i występowaniem choroba jest straightforward i rzetelny. zawierają torbielową łykowatość

Kontrastem, dzwoniącym powikłane choroby miewają skłonność zdarzać się opóźnionego w życiu, wywołują mutacjami zdarza się przy wieloskładnikowymi miejscami wzdłuż genomu i często znaczącego składnik. że są Znajdujący allele odpowiedzialnych dla taki chorob, przez GWAS studiów, rheumatoid artretyzm, często był zdumiewającym próbą, gdy allele utożsamiający w jeden nauki populaci fail dobrowolnie obracać up w różnych studiach z różnymi populacjami. zawierają nadciśnienie

GWAS studia obliczają szanse allel wzdłuż genomu odnosić sie i tłumaczą to w statystyki znać jako P wartość. Allele z niską P wartością są mała prawdopodobnie zdarzać się przypadkową szansą. W aktualnym badaniu, analiza prowadzi używać rezultaty od tysięcy poprzedzający GWAS studia i phylogenetics stosuje wykopywać ewolucyjnych trendy w dane.

"Każdy pozycja w ludzkim genomu wśród miliardów podstawowe pary rozwijał przez czas," Kumar mówi. "Gdy genom rozwija, niektóre pozycje pozwalają zmianę dobrowolnie podczas gdy inny no." Pozycje małe prawdopodobnie zmieniać z czasem i przez ssaków gatunki znają jak evolutionarily chronić pozycje. Grupa prowadził multispecies genomic analizę 5.831 domniemany ludzki ryzyko wariant dla więcej niż 230 choroba fenotypów donoszących w 2.021 studia. Nawet jeśli GWAS wariant no ma czynnościowego rola w chorobie, ewolucyjna informacja jest wciąż prawdziwy istotna" mówi Dudley nauka wiodący autor. ", ponieważ każdy pozycja w ludzkim genomu ewolucyjnego podpis który daje my uprzedniej informaci na jak allele przy ten pozycją są prawdopodobni zmieniać w nowożytnych populacjach ludzkich,"

Analiza istniejący dane zakłada, wysoce chroniący miejsca. że najwięcej presumptively odnosić sie allele odkrywający w GWAS studiach zdarzali się przy stosunkowo rozwijać Według Kumar, ten fact rozlicza dla biednego reproducibility wiele domniemani choroba allele przez różne populacje, gdy allele zdarza się przy chroniącymi miejscami miewają skłonność być rzadcy. Gdy Kumar wyjaśnia "Ty możesz utrzymywać znajdować rzadkich allele jak ten całodniowy, ale ograniczali kliniczną użyteczność w szerokiej populaci."

Nowy rankingu system, znać jako ranking, wciela filogenetyczną informację od gatunków studiów ssaki i stosuje je ludzcy GWAS dane. Skutek jest usuwać wrodzoną próbobranie tendencyjność dla rzadkich alleli, pozwolić pospolitych allele zdarza się przy rozwija miejscami w genomu bez wahania odkrywać. Nasz metoda usuwa ten tendencyjność" mówi Dudley. ", która daje zwiększeniu szybkozmienni pospolici warianty które są prawdopodobni reprodukować przez populacje należne ewolucyjna historia genomic pozycja dokąd znajdują,"

Źródło: Arizona stanu uniwersytet

Read in | English | Español | Français | Deutsch | Português | Italiano | 日本語 | 한국어 | 简体中文 | 繁體中文 | Nederlands | Русский | Svenska | Polski