De Nieuwe verspreiding van studiesporen van H5N1 variant in Egypte identificeerde zich onlangs als belangrijk epicentrum voor virus

Published on February 10, 2014 at 1:08 AM · No Comments

Sinds zijn eerste identificatie in Azië, hoogst pathogene heeft vogel griep-H5N1-significant alarm in de wetenschappelijke gemeenschap veroorzaakt. Terwijl het primaire doel van de virussen is zijn de vogel-tientallen miljoenen reeds gestorven aan het-het kunnen zoogdieren, met inbegrip van mensen besmetten, veroorzakend ernstige ziekte en een angstaanjagend tarief van mortaliteit.

In een nieuwe studie, volgt Matthew Scotch, een onderzoeker bij het Instituut van Biodesign van de Universiteit van de Staat van Arizona, de verspreiding van een H5N1 variant in land Egypte-A die onlangs als belangrijk epicentrum voor het virus wordt geïdentificeerd. In resultaten die onlangs in de dagboekBMC Genomica verschijnen, Schotse sporen de verspreiding van H5N1 gevallen die een techniek gebruiken die als phylogeography wordt bekend.

De auteurs hopen dat de studies van deze soort beduidend inspanningen door volksgezondheidsambtenaren zullen verbeteren om virale uitbarstingen te identificeren, hun verspreiding, gecoördineerde inentingsinspanningen te beperken, mortaliteit te verminderen en beter het publiek te informeren over risico's.

„Egypte vertegenwoordigt een epicentrum voor H5N1 en er zijn nieuwe varianten die aangezien het eerst daar in 2006 werd ontdekt, „Schots zeggen te voorschijn zijn gekomen. „Wij gebruikten phylogeography en griepgenoomopeenvolgingen om verspreiding en evolutie van het virus te modelleren.“

Phylogeography was geboren uit de gebieden van biogeografie en phylogenetics of moleculaire evolutie. Door virale opeenvolgingsgegevens en geografische informatie in tijd te combineren, evenals eigenschappen te evalueren verbonden aan virale carriers, kunnen de onderzoekers beter begrijpen hoe virussen die over een landschap door dierlijke en menselijke bevolking worden uitgespreid.

Phylogeography is reeds gevestigd als krachtige techniek om virale verspreiding voor menselijke ziekten, met inbegrip van knokkelkoortskoorts, hondsdolheid, griep en HIV te onderzoeken. De Recente toepassing van phylogeographic methodes op de studie van vogelgriep belooft om met fijne korrels afbeelding van virale oorsprong beduidend te verbeteren en uit te spreiden.

De Vogel griep H5N1 is een vorm van griep een a-virus van RNA eerst zich in Hong Kong in 1997 identificeerde. De aanvankelijke gevallen van H5N1 werden blijkbaar niet overgebracht efficiënt onder vogels. In 2002 nochtans, nieuwe verschenen isolates van H5N1, veroorzakend scherpe ziekte in eenden, resulterend in neurologische dysfunctie en dood.

De Besmette vogels brengen elkaar H5N1 aan over door neusafscheidingen, speeksel, faecaliën en bloed. Andere dieren, met inbegrip van mensen, kunnen besmet worden met het virus door direct contact met vogel lichamelijke vloeistoffen of door vervuilde oppervlakten.

Menselijke gevallen van H5N1 vaak resultaat van contact met besmet gevogelte, in het bijzonder in levende vogelmarkten en landbouwbedrijven, die om belangrijke reservoirs voor het virus worden verondersteld te zijn. Vogel H5N1 nochtans, wordt ook gedragen door migrerende species van vogels, die verder H5N1 aan andere delen van de wereld uitspreiden.

In 2004, ontdekten de onderzoekers dat H5N1 een meer machtige ziekteverwekker dan oorspronkelijk verondersteld, het aanvallen watervogels, kippen, kraaien, duiven en eenden, evenals zoogdieren is, die een hoog sterftecijfer opbrengen. De Vogel griep wordt nu beschouwd een significante globale als gezondheidsbedreiging, met het zeer echte perspectief op internationale pandemic, veroorzakend wijdverspreide noodlottigheid.

Het sterftecijfer in mensen die H5N1 aangaan is geschat namelijk om rond 60 percenten te zijn, die het maken voor besmette individuen meer dodelijk dan Spaans een griep-genetisch gelijkaardige spanning die 50-100 wereldwijd miljoen mensen tijdens pandemic van 1918 doodde.

Momenteel, is H5N1 niet hoogst overdraagbaar aan mensen van vogels en heeft zeer met lage tarieven van human-to-human transmissie, (hoewel rond de helft dozijnen gevallen is gemeld). Indien een klein aantal veranderingen H5N1 gemakkelijker onder mensen overdraagbaar maakt, de voorwaarden want dodelijke pandemic met. zal geweest zijn.

Naast veranderingen, komen gekend voor de gemengde vormen van griep die als reassortant spanning-blik worden virus-wanneer één enkel individu met twee versies van een bepaald virus wordt besmet en zij ruilen genen. H5N1 reassortant kon vogelgriep gemakkelijk tussen menselijke gastheren overdraagbaar maken.

In de nieuwe studie, werd een bepaalde variant van H5N1, geëtiketteerd 2.2.1.1, waargenomen in Egypte. Daar, heeft de vogelgriep reeds duizenden vogels gedood en 173 menselijke gevallen veroorzaakt, waarvan 63 vanaf 10 December, 2013, volgens de Wereldgezondheidsorganisatie fataal zijn geweest. Dit zijn de hoogste gevalaantallen voor H5N1 buiten Azië. Zoals in het geval van Aziatische H5N1, associëren de deskundigen de meeste menselijke besmettingen in Egypte met blootstelling aan ziek gevogelte, in het bijzonder bij levende vogelmarkten.

In hun pogingen om de oorsprong en de verspreiding van het virus in Egypte te identificeren, maakten gebruik de onderzoekers van een nieuw softwareplatform dat door Professor Scotch wordt gecreeerd. Genoemd Geworden ZooPhy, laat het programma de phylogeographic uitgespreide analyse van toe H5N1. (De uitgespreide Kaarten van viraal gemaakt met ZooPhy kunnen in de begeleidende hieronder video worden gezien.)

Het vogelgriepvirus H5N1 neemt zijn naam van twee soorten aren die de virale oppervlakte, hemagglutinin en (HA) neuraminidase versieren (NA). De virussen van de Griep van Type A of Type B gebruiken hemagglutinin om aan de receptoren van de celoppervlakte vast te maken, toestaand virale besmetting van de cel. Neuraminidase recentere handelingen om deze receptoren uit besmette cellen te verwijderen, die onlangs samengestelde virussendeeltjes toestaan om aan andere cellen te ontsnappen en te besmetten.

(Er zijn 17 verschillende types van hemagglutinin, van H1 van H17 en negen verschillende types van neuraminidase, van N1 aan N9 onder griepA virussen. Elk virus heeft één type van H (zoals H5) en één type van N (zoals N1).)

Door de Schotse analyse van 226 HA en 92 NA gebruikten de opeenvolgingen, en zijn collega's een phylogeographic benadering om de overwicht en transmissieroutes te vinden van H5N1 in Egypte. Phylogeography is een bijzonder vruchtbare benadering virussen voor de van dierlijk-aan-menselijk (of zoonotic) RNA, wegens korte genomic opeenvolgingen en snelle tarieven van evolutie.

De bevindingen van de groep openbaarden een geografische verspreiding van de 2.2.1.1 virale vorm van H5N1 over vier primaire gebieden van Egypte: Kaïro, de Delta van Nijl, Kanaal en Hoger Egypte. De Statistische analyse stelt noordelijke governorate van As Sharqiyah voor aangezien het punt van oorsprong voor de verspreiding van H5N1, echter, de wiskundige vereniging te zwak is om zekerheid te eisen. De Analyse impliceerde ook dat de sterkste transmissieroutes voor H5N1 van As Sharqiyah aan Al Gharbiyah en Al Fayyum aan Al Qalyubiyah waren.

De Meeste geïdentificeerde routes van transmissie verschenen in het dicht bevolkte Deltagebied van Egypte. Al Qalybiyah governate schijnt in het bijzonder een populair gebied voor virale overgang te zijn, niettemin blijft de verspreiding aan en van dit gebied onzeker, vereisend verder onderzoek. De studie nam nota ook van aanzienlijke virale diversiteit in een beperkte tijd kader-misschien een ontwijkende reactie op een landelijk programma van de gevogelteinenting.

„Dit heeft significante volksgezondheidsimplicaties voor de rest van de wereld,“ Schots zegt. „Het is belangrijk zich op variant concentreren clades om beter te begrijpen hoe dit virus heeft geëvolueerd en dat governorates zijn verspreiding.“ propograting

De auteurs verder ontwikkelen de grafische interface van de software ZooPhy. Het hulpmiddel vereist geen gespecialiseerde kennis van phylogeography of bio-informatica, die het maakt voor gebiedsgebruik door volksgezondheidsambtenaren geschikt. Door binnen op handelsroutes, migratiepatronen en wegen van virale transmissie te centreren, kunnen de gezondheidsdiensten beperkte middelen behouden, die hen toepassen waar zij het meest efficiënt kunnen zijn.

Bron: De Universiteit van de Staat van Arizona

Read in | English | Español | Français | Deutsch | Português | Italiano | 日本語 | 한국어 | 简体中文 | 繁體中文 | Nederlands | Русский | Svenska | Polski