Den Nya studien spårar spridning av varianten H5N1 i Egypten som identifieras för en tid sedan som, ha som huvudämne epicentrat för virus

Published on February 10, 2014 at 1:08 AM · No Comments

Efter dess första ID i Asien orsakade högt pathogenic avian influenza-H5N1-has det viktiga larmet i den vetenskapliga gemenskapen. Fördriva de primära virus'na uppsätta som mål är fågel-tio av miljoner har redan dött från den-honom är kapabelt av att smitta däggdjur, inklusive människor och att orsaka allvarlig sjuka, och skrämma klassar av dödlighet.

I en ny studie spårar Scotch Matthew, en forskare på den Arizona Delstatsuniversitet det Biodesign Institutet, spridningen av en variant H5N1 i det Egypten-en landet som identifieras för en tid sedan som en ha som huvudämneepicentrum för viruset. I resultat som visas för en tid sedan i Genomicsen för föra journal över som BMC Är Scotch spårar spridningen av fall H5N1 genom att använda en teknik som är bekant som phylogeography.

Författarna hoppas, att studier av denna sort som markant ska förhöjer försök av allmän hälsarepresentanter att identifiera virus- utbrott, att begränsa deras spridning, koordinerade vaccinationförsök, för att förminska dödlighet, och bättre informera allmänheten av riskerar.

”Föreställer Egypten en epicentrum för H5N1, och det finns nya variants som har dykt upp, sedan det upptäcktes först där i 2006, ”Scotch något att säga. ”Använde Vi phylogeography, och influensagenom ordnar för att modellera diffusion och evolution av viruset.”,

Phylogeography var född ut ur sätter in av biogeography och phylogeneticsen eller molekylär evolution. Genom att kombinera som är virus-, ordna data och geografisk information med tiden, såväl som utvärderande särdrag som är tillhörande med virus- bärare, forskare kan förbättra förstår hur virus som är spridda över en landskap till och med djur- och människabefolkningar.

Phylogeography har redan varit etablerad som en kraftig teknik för att utforska virus- dispersal för människasjukdomar, inklusive denguefeber, rabies, influensa och HIV. Ny applikation av phylogeographic metoder till studien av avian influensalöften markant att förbättra finkornigt kartlägga av den virus- beskärningen och spridning.

Avian influensa H5N1 är en bilda av viruset för influensaA-an RNA som identifieras först i Hong Kong i 1997. De initiala fallen av H5N1 som synes överfördes inte effektivt bland fåglar. I 2002 emellertid, visades nya isolater av H5N1 och att orsaka den akut sjukdomen i änder och att resultera i neurological dysfunction och död.

Infekterade fåglar överför H5N1 till en another till och med nasala secretions, saliva, avföring och blod. Andra djur, inklusive människor, kan bli infekterade med viruset till och med direktkontakt med avian kroppsliga vätskor eller till och med kontaminerat ytbehandlar.

Människafall av ofta resultatet H5N1 från kontakt med infekterad höna, bestämt i levande fågel marknadsför, och lantgårdar, som tros för att vara, ha som huvudämne behållare för viruset. Avian H5N1 emellertid, bärs också av migratory art av fåglar, som mer ytterligare spridning H5N1 till andra världsdelar.

I 2004 upptäckte forskare att H5N1 är en mer potent pathogen än ursprungligen förmodad och att anfalla waterfowl, hönor, galanden, duvor och änder, såväl som däggdjur som är eftergivena en kickdödlighet klassar. Avian influensa är nu ansedd ett viktigt globalt vård- hot, med den mycket verkliga utsikten av en landskamppandemic och att orsaka utbredd fatality.

Sannerligen klassar har dödligheten hos människor att avtala H5N1 beräknats för att vara omkring 60 procent, danande det som är dödligare för infekterade individer, än Spansk genetiskt liknande influensa-en anstränger, att dödat 50-100 miljon folk över hela världen under pandemicen av 1918.

För närvarande är har H5N1 inte högt transmissible till människor från fåglar och ett mycket lågt att klassa av människa-till-människa överföring, (though runt om halva dussina fall har anmälts). Bör ett litet nummer av mutationar framför H5N1 lättare transmissible bland människor, villkorar för en ska dödlig pandemic har mötts.

Förutom mutationar som är blandade bildar av virus-bekant influensa, som reassortant, anstränga-kan uppstå, när en singelindivid smittas med två versioner av en given virus, och de utbyter gener. En reassortant H5N1 kunde framföra avian influensa klart transmissible mellan människan varar värd.

I den nya studien observerades en särskild variant av H5N1 som märktes 2.2.1.1, i Egypten. Där har avian influensa redan dödat tusentals fåglar och har orsakat 173 människafall, som 63 har varit dödliga av som av December 10th, 2013, enligt den Vård- Organisationen för Världen. Dessa är det högsta fallet numrerar för H5N1 förutom Asien. Som i fallet av Asiatet H5N1, marknadsför expertbundsförvanten mest människainfektioner i Egypten med exponering till diseased höna, bestämt på den levande fågeln.

I deras försök att identifiera beskärningen och spridningen av viruset i Egypten, gjorde forskare bruk av en ny programvaruplattform som skapades av Professor Scotch. Bekant som ZooPhy, möjliggör programet den phylogeographic analysen av spridning H5N1. (Kartlägger av virus- spridning som göras med ZooPhy, kan ses i det medföljande videopd nedanfört.),

Den avian influensaviruset H5N1 tar dess känt från två sorter av grov spik som smyckar det virus-, ytbehandlar, hemagglutinin (HA) och neuraminidasen (NA). Influensavirus av brukshemagglutinin för Typ A eller för Typ B som ska fästas till cellen, ytbehandlar receptors och att låta virus- infektion av cellen. Den mer sistnämnda Neuraminidasen agerar för att ta bort dessa receptors från infekterade celler och att låta nyligen synthesized virus partiklar till flykten och för att smitta andra celler.

(Det finns 17 olika typer av hemagglutinin, från H1 till H17 och nio olika typer av neuraminidasen, från N1 till N9 bland virus för influensa A. Varje virus har en typ av H (liksom H5) och en typ av N (liksom N1).),

Till Och Med analysen av 226 HA och NA 92 ordnar, Scotch och hans kollegor använde ett phylogeographic att närma sig för att spåra preponderance- och överföringsruttarna av H5N1 i Egypten. Phylogeography är ett bestämt fruktbart att närma sig för djur-till-människa (eller zoonotic) RNAvirus, tack vare ordnar den genomic kort stavelse, och foren klassar av evolution.

Grupp rön avslöjde en geografisk spridning av den virus- 2.2.1.1 bildar av H5N1 över Egypten fyra primära områden: Cairo, Nile Delta, Kanal och Upper Egypten. Statistisk analys föreslår den nordliga governoraten av Askaen Sharqiyah som peka av beskärningen för spridningen av H5N1, emellertid är den matematiska anslutningen för svag att fordra säkerhet. Analys antydde också att de starkaste överföringsruttarna för H5N1 var från Askaen Sharqiyah till Al Gharbiyah och Al Fayyum till Al Qalyubiyah.

Mest av de identifierade ruttarna av överföringen visades i den tätt befolkade Deltaregionen av Egypten. Den AlQalybiyah governaten verkar i synnerhet att vara ett populärt område för virus- övergång, fast spridning till och från denna region återstår osäker som kräver mer ytterligare forskning. Studien noterade också betydlig virus- mångfald över en inskränkt tid inramar-kanske ett undvika svar till ett program för land-sned boll hönavaccination.

”Har Detta viktiga allmän hälsaimplikationer för vila av världen,” Scotch något att säga. ”Är Det viktigt att fokusera på variantclades för att förbättra förstår hur denna virus har evolved och som governorates propograting dess spridning.”,

Författarna är mer ytterligare framkalla den grafiska ZooPhy programvaran har kontakt. Bearbeta kräver ingen specialiserad kunskap av phylogeographyen eller bioinformatics, danande som den som är lämplig för, sätter in bruk av allmän hälsarepresentanter. Vid zeroing in på handelruttar mönstrar flyttning, och huvudvägar av den virus- överföringen, vård- myndigheter på burk fruktkonserven begränsade resurser som applicerar dem var de kan vara effektivast.

Källa: Arizona Delstatsuniversitet

Read in | English | Español | Français | Deutsch | Português | Italiano | 日本語 | 한국어 | 简体中文 | 繁體中文 | Nederlands | Русский | Svenska | Polski