De Nieuwe hulp van het softwarehulpmiddel identificeert genetische veranderingen met betrekking tot verhoogd risico voor kanker

Published on May 31, 2014 at 9:23 AM · No Comments

De Unieke, robuuste methode gebruikt familiegegevens om veranderingen voor zowel gemeenschappelijke als zeldzame ziekten te vinden

De Onderzoekers bij de Universiteit van het Centrum van Kanker van Anderson van het M.D. van Texas en andere instellingen hebben een pas ontwikkeld softwarehulpmiddel toegepast om genetische veranderingen te identificeren die tot het verhoogde risico van een persoon om gemeenschappelijke, complexe ziekten, zoals kanker te ontwikkelen bijdragen. Het onderzoek wordt gepubliceerd in de uitgave van Mei 2014 van de Biotechnologie van de dagboekAard.

De technologie, die als pVAAST (het ras Verschillende Hulpmiddel van de Annotatie, van de Analyse en van het Onderzoek) wordt bekend, combineert twee verschillende statistische methodes die voor het identificeren van ziekte-veroorzakende genveranderingen worden gebruikt. Deze combinatiebenadering overtreft individuele familieanalysemethodes door macht of snelheid te verhogen waarin de veranderingen worden geïdentificeerd, en verminderend complicaties door studieontwerp en analyse.

„Deze methode staat voor snellere, efficiëntere identificatie en bevestiging van genetische varianten toe die ziekterisico,“ Tsjaad Huff, Ph.D., professor van Epidemiologie bij M.D. Anderson beïnvloeden. „Dit zal uiteindelijk klinische laboratoria toelaten om genetische tests te ontwerpen die betere voorspellingen van het individuele risico van een persoon verstrekken om kanker te ontwikkelen.“

Het pVAASThulpmiddel combineert twee algemeen gebruikte ziekte-gen identificatiemethodes, aaneenschakelingsanalyse en verenigingstests. De analyse van de Aaneenschakeling volgt de overerving van genetische veranderingen in families om mogelijke oorzakelijke veranderingen te identificeren. De tests van de Vereniging vergelijken niet verwante individuen met een specifieke ziekte aan gezonde individuen op zoek naar een gemeenschappelijke verandering in één groep of andere.

„De analyse en de verenigings de tests werden van de Aaneenschakeling aanvankelijk ontworpen voor dunne genetische tellers beschikbaar bij vroegere genotyping technieken,“ bovengenoemde hoofdauteur van de studie, Hao HU, Ph.D., een post-doctorale kameraad van Epidemiologie bij M.D. Anderson. „pVAAST integreert deze twee methodes en repurposes hen die voor volgende-generatieDNA gegevens rangschikken, die de staat-van-kunst techniek voor geneticaonderzoek zijn. Het vult een echt hiaat tussen moleculaire technieken en computerhulpmiddelen in familieziektestudies in.“

De Onderzoekers namen ook functionele verschillende prioritization in het hulpmiddel op, dat voorspelt of een bepaalde verandering in een familie beschadigend is.

Voor deze bepaalde studie, pVAAST geanalyseerde gegevens om de genetische oorzaken van drie ziekten te identificeren; enteropathy - een chronische ontsteking van het de darm, de hart septumtekorten en Syndroom van de Molenaar - een ontwikkelingstekort van het gezicht en de veelvoudige lidmaten. Het hulpmiddel kon de nauwkeurige veranderingen identificeren veroorzakend deze ziekten van DNA- gegevens van één enkele familie. In de de hart septumtekorten en families van het Syndroom van de Molenaar, waren de toevallige veranderingen eerder geïdentificeerd en de resultaten gediend als bewijs van concept. In de enteropathy familie, was de oorzakelijke verandering in de familie onbekend voorafgaand aan de analyse.

Bovendien waren de onderzoekers pVAAST en drie andere statistische methodes op drie modellen van genetische ziekte van toepassing: dominant, waarin één defected wordt het exemplaar van het gen geërft van een ouder; recessief, waarin beide exemplaren van het gen het tekort moeten hebben; of dominant veroorzaakt door een nieuwe verandering niet die van één van beide ouder wordt geërft. In elk geval, pVAAST vereiste een fractie van de steekproefgrootte van families om ziekterisico te ontdekken zoals de andere methodes.

„Voor de meeste zeldzame ziekten is het uitdagend om de steekproeven van DNA van veelvoudige patiënten te verzamelen,“ bovengenoemde Huff. „Dit maakt het essentieel verwanten in een studie kunnen opnemen om het succestarief te verbeteren.“

In deze studie, verhoogde de gecombineerde methodologie van het gebruiken van veelvoudige statistische methodes de macht van de resultaten en verminderde de ingewikkeldheid van de analyse. „Dit verstrekt een gateway aan het identificeren van genetische varianten die het risico beïnvloeden om specifieke kanker te ontwikkelen,“ bovengenoemde Huff.

Vele aan de gang zijnde genetische studies werven patiënten met een familiegeschiedenis van kanker aan onderzoek naar geërfte veranderingen aan die het risico verhogen om kanker te ontwikkelen. Huff zegt dit hulpmiddel onderzoekers zal toestaan om de opeenvolgingsgegevens van deze families te analyseren om de genetische varianten te identificeren die het waarschijnlijkst van de geschiedenis van kanker in de families de oorzaak zijn.

Huff zegt vooruit het bewegen van de belangrijkste nadruk voor de software nieuwe kanker-gevoeligheid genen zal moeten aan het licht brengen. In een afzonderlijk document dat in de Ontdekking van Kanker wordt gepubliceerd, werd de software gebruikt om de ontdekking van RINT1 als nieuw borst-kanker gevoeligheidsgen te steunen.

De „identificatie van de potentiële genen van de kankergevoeligheid is slechts een eerste stap, en de jaren van extra onderzoek worden vereist om deze varianten te kenmerken om de graad afdoend te vestigen waaraan zij kankerrisico,“ bovengenoemde Huff beïnvloeden.

Bron: Universiteit van het Centrum van Kanker van Texas M.D. Anderson

Read in | English | Español | Français | Deutsch | Português | Italiano | 日本語 | 한국어 | 简体中文 | 繁體中文 | Nederlands | Русский | Svenska | Polski