As ajudas Novas da ferramenta de software identificam as mutações genéticas ligadas ao risco aumentado para o cancro

Published on May 31, 2014 at 9:23 AM · No Comments

O método Original, robusto usa dados da família para encontrar mutações para doenças comuns e raras

Os Pesquisadores No Centro do Cancro da DM Anderson da Universidade do Texas e em outras instituições aplicaram uma ferramenta de software recentemente desenvolvido para identificar as mutações genéticas que contribuem ao risco aumentado de uma pessoa para desenvolver doenças comuns, complexas, tais como o cancro. A pesquisa é publicada na edição De maio de 2014 da Biotecnologia da Natureza do jornal.

A tecnologia, conhecida como o pVAAST (Anotação da pedigree, Análise e Ferramenta Variantes da Busca), combina dois métodos estatísticos diferentes usados identificando mutações genéticas decausa. Esta aproximação da combinação outperforms métodos de análise familiares individuais aumentando a potência ou a velocidade em que as mutações são identificadas, e reduzindo complicações com o projecto e a análise do estudo.

“Este método permite uma identificação e uma validação mais rapidamente, mais eficientes das variações genéticas que influenciam o risco da doença,” o Huff de Chade, Ph.D., professor da Epidemiologia em DM Anderson. “Isto permitirá eventualmente laboratórios clínicos de projectar os testes genéticos que fornecem melhores previsões do risco individual de uma pessoa de desenvolver o cancro.”

A ferramenta do pVAAST combina dois métodos da identificação do doença-gene, análises do enlace e testes de uso geral da associação. A análise do Enlace segue a herança de mutações genéticas nas famílias para identificar mutações causais possíveis. Os testes da Associação comparam indivíduos não relacionados com uma doença específica aos indivíduos saudáveis à procura de uma mutação comum em um grupo ou no outro.

Do “os testes da análise e da associação Enlace foram projectados inicialmente para os sinais genéticos escassos disponíveis de umas técnicas genotyping mais adiantadas,” disse o autor principal do estudo, Hao Hu, Ph.D., um companheiro pos-doctoral da Epidemiologia em DM Anderson. o “pVAAST integra estes dois métodos e repurposes eles para o ADN da próxima geração que arranja em seqüência os dados, que são a técnica da estado--arte para a pesquisa da genética. Preenche uma diferença genuína entre técnicas moleculars e ferramentas computacionais na doença familiar estuda.”

Os Pesquisadores igualmente incorporaram a priorização variante funcional na ferramenta, que prevê se uma mutação particular em uma família é prejudicial.

Para este estudo particular, o pVAAST analisou dados para identificar as causas genéticas de três doenças; enteropathy - uma inflamação crônica do intestino, dos defeitos septal cardíacos e da Síndrome de Miller - um defeito desenvolvente da face e dos membros múltiplos. A ferramenta podia identificar as mutações exactas que causam estas doenças dos dados do ADN de uma única família. Nos defeitos septal e nas famílias cardíacos da Síndrome de Miller, as mutações ocasionais previamente tinham sido identificadas e os resultados tinham sido servidos como uma prova de conceito. Na família enteropathy, a mutação causal na família era desconhecida antes da análise.

Além, os pesquisadores aplicaram o pVAAST e outros três métodos estatísticos a três modelos da doença genética: dominante, qual defected na cópia do gene é herdado de um pai; recessivo, em que ambas as cópias do gene devem ter o defeito; ou dominante causado por uma mutação nova não herdada de um ou outro pai. Em cada caso, o pVAAST exigiu uma fracção do tamanho da amostra das famílias detectar o risco da doença como os outros métodos fizeram.

“Para a maioria de doenças raras é desafiante recolher amostras do ADN dos pacientes múltiplos,” disse o Huff. “Isto faz essencial poder incorporar parentes em um estudo para melhorar a taxa de êxito.”

Neste estudo, a metodologia combinada de usar métodos estatísticos múltiplos aumentou a potência dos resultados e reduziu a complexidade da análise. “Isto fornece um Gateway a identificar as variações genéticas que influenciam o risco de desenvolver cancros específicos,” disse o Huff.

Muitos estudos genéticos em curso recrutam pacientes com uns antecedentes familiares do cancro para procurarar pelas mutações herdadas que aumentam o risco de desenvolver o cancro. O Huff diz esta ferramenta permitirá que os pesquisadores analisem os dados da seqüência destas famílias para identificar as variações genéticas que são muito provavelmente responsáveis para a história do cancro nas famílias.

O Huff diz que movendo para a frente o foco principal para o software seja descobrir genes novos da cancro-susceptibilidade. Em um papel separado publicado na Descoberta do Cancro, o software foi usado para apoiar a descoberta de RINT1 como um gene novo da susceptibilidade do cancro da mama.

“A identificação de genes potenciais da susceptibilidade do cancro é somente uma primeira etapa, e os anos de pesquisa adicional são exigidos para caracterizar estas variações para estabelecer conclusiva o grau a que influenciam o risco de cancro,” disseram o Huff.

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