Ny programvara bearbetar hjälp identifierar genetiska mutationar som anknytas till ökande, riskerar för cancer

Published on May 31, 2014 at 9:23 AM · No Comments

Den Unika robustt metoden använder familjdata för att finna mutationar för både vanligt och sällsynta sjukdomar

Forskare på Cancern för TexasuniversitetetMD Anderson Centrerar, och andra institutioner har applicerat en nyligen framkallad programvara bearbetar för att identifiera genetiska mutationar som bidrar till en ökande person riskerar för framkallning vanligt, komplexa sjukdomar, liksom cancer. Forskningen publiceras i den Majupplagan 2014 av föra journal överNaturBiotekniken.

Teknologin som är bekant som pVAAST (den pedigree VariantAnteckningen, Analys och Sökandet Bearbetar), sammanslutningar två olika statistiska metoder som används för att identifiera sjukdom-orsaka genmutationar. Denna kombination att närma sig outperforms individen som familial analysmetoder vid ökande driver eller rusar i vilka mutationar identifieras, och förminskande komplikationer till och med studiedesign och analys.

”Låter Denna metod för snabbare effektivare ID och godkännande av genetiska variants, som påverkansjukdomen riskerar,” Tchad Huff, Ph.D., professor av Epidemiology på MD Anderson. ”Möjliggör Detta som slutligen ska, kliniska labb för att planlägga genetiskt testar som ger bättre förutsägelsear av en persons individ riskerar av framkallande cancer.”,

PVAASTen bearbetar sammanslutningar två gemensamt använda sjukdom-gen IDmetoder, sammanlänkningsanalys, och anslutningen testar. Sammanlänkningsanalys spårar arvet av genetiska mutationar i familjer för att identifiera causal mutationar för möjlighet. Anslutningen testar jämför unrelated individer med en specifik sjukdom till sunda individer i sökande av en allmänningmutation i en grupp eller annan.

”Testar den Sammanlänkningsanalys och anslutningen planlades initialt för glesa genetiska markörer som är tillgängliga från tidigare genotyping tekniker,”, sade den bly- författare av studien, Hao Hu, Ph.D., en postdoctoral kamrat av Epidemiology på MD Anderson. ”integrerar pVAAST dessa två metoder och repurposes dem för data för nästa generationDNA-ordnande i viss följd, som är denkonst tekniken för genetikforskning. Den fyller in ett äktat mellanrum mellan molekylära tekniker, och computational bearbetar i familial sjukdomstudier.”,

Forskare inkorporerade också funktionell variantprioritization in i bearbeta, som förutsäger att huruvida en särskild mutation i en familj är skadlig.

För denna särskilda studie orsakar pVAAST analyserade data att identifiera det genetiskt av tre sjukdomar; enteropathy - en kronisk inflammation av inälvan, hjärt- septal hoppar av och MjölnareSyndromet - ett utvecklings- hoppar av av vända mot- och multipellimbsna. Bearbeta var kompetent att identifiera avkrävamutationarna orsaka dessa sjukdomar från DNA-data från en singelfamilj. I det hjärt- septal hoppar av och MjölnareSyndromfamiljer, hade de tillfälliga mutationarna föregående identifierats, och resultaten tjänade som som ett motståndskraftigt av begreppet. I den enteropathy familjen var den causal mutationen i familjen okänd före analysen.

I tillägg applicerade forskare pVAAST, och tre andra statistiska metoder till tre modellerar av genetisk sjukdom: framträdande i hoppad av vilken kopiera av genen, övertas från en förälder; recessive som båda kopierar i av genen, måste ha hoppa av; eller framträdande orsakadt vid en ny mutation som inte övertas från antingen förälder. I varje fall krävde pVAAST en del av ta prov storleksanpassar av familjer för att avkänna sjukdomen för att riskera, som de andra metoderna gjorde.

”För mest sällsynta sjukdomar är den utmana till mot efterkrav DNA tar prov från multipeltålmodig,”, sade Huff. ”Gör Detta det nödvändigt att vara kompetent till införlivade släktingar i en studie att förbättra framgången klassar.”,

I denna studie ökade förminskade den kombinerade methodologyen av att använda statistiska metoder för multipel driva av resultaten och komplexiteten av analysen. ”Ger Detta en nyckel till att identifiera genetiska variants som påverkan riskera av framkallning av specifika cancer,”, sade Huff.

Många pågående genetiska studier rekryterar tålmodig med en familjhistoria av cancer för att söka för övertagna mutationar den förhöjning riskera av framkallande cancer. Huffnågot att säga som denna bearbetar ska, låter forskare analysera ordnadatan från dessa familjer för att identifiera de genetiska variantsna som är mest rimlig ansvarig för historien av cancer i familjerna.

Huffnågot att säga som rörs framåt ha som huvudämne fokuserar för den ska programvaran, är att avtäcka nya cancer-mottaglighet gener. I ett separat pappers- som publicerades i CancerUpptäckt, var programvaran, van vid service upptäckten av RINT1 som en ny bröstcancermottaglighetgen.

”Är IDet av potentiella cancermottaglighetgener endast en första steg, och år av extra forskning krävs för att karakterisera dessa variants conclusively för att upprätta graden, som de påverkancancer riskerar till,” sade Huff.

Källa: Cancer för Texasuniversitetet M.D. Anderson Centrerar

Read in | English | Español | Français | Deutsch | Português | Italiano | 日本語 | 한국어 | 简体中文 | 繁體中文 | Nederlands | Русский | Svenska | Polski