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¿Cómo el genoma del virus del SARS compara a otros virus?

SARS-CoV-2 es un betacoronavirus y se relaciona con los SARS-CoV humanos y el palo SARS-como CoVs. El genoma de SARS-CoV-2 revela semejanzas a los SARS-CoVs, pero también las diferencias claves que pueden explicar la transmisibilidad creciente de SARS-CoV-2 comparado a los SARS-CoV.

Estructura de SARS-CoV-2

Haber de imagen: Orfeo FX/Shutterstock.com

SARS-CoV-2

El coronavirus de la neumonía asiática (SARS-CoV-2), conocido antes como 2019-nCoV, es el virus que causa COVID-19. Es el pertenecer beta-coronavirus del linaje b a la familia de los coronaviridae de los nidovirales de la orden (véase el árbol filogenético de SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 es un virus del ssRNA del positivo-sentido de la clase IV de Baltimore y se piensa para tener orígenes zoonóticos.

Los SARS-CoV y el otro Coronaviruses

De los diversos tipos de coronaviruses, alfa y beta-coronaviruses arranque para infectar mamíferos, mientras que la gamma y el delta-coronaviruses tienden a infectar pájaros. De todo el los que infectan a seres humanos, allí son actualmente 7 ser humano conocido CoVs: HCoV-NL63, HCoV-229E (ambos alphacoronaviruses), y HCoV-OC43, HCoV-HKU1, SARS-CoV, MERS-CoV, y SARS-CoV-2 (coronaviruses beta).

SARS-CoV-2 comparte la semejanza total más alta de la serie del genoma al coronavirus RaTG13 del palo. Sin embargo, el RBD comparte más semejanza de la serie con el coronavirus SARS-CoV (MP489/Guandong/2019) del pangolin, que ambos atan a ACE2. Esto sugiere pruebas de una acción de la recombinación en la evolución de SARS-CoV-2 debido al animal que se mezcla antes de desarrollar para infectar a seres humanos.

Todos los coronaviruses contienen los genomas 26,000-32,000bp con marcos los 6-11 de una lectura abiertos variables (ORFs) que codifican las proteínas no-estructurales así como las proteínas estructurales: clave la glicoproteína (s), una pequeña proteína de envolvente (e), la proteína de la matriz (m) y la proteína del nucleocapsid (n).

SARS-CoV-2 se relaciona con SARS-CoV, el virus que causa el SARS, además SARS-como del palo CoVs (RaTG13/CoVZC45/CoVZCX21), y todo el lazo al receptor ACE2 debido a sus series genomic del dominio similar de S. Además, una proporción grande de los genomas SARS-CoV y SARS-CoV-2 es idéntica, sin embargo, las diferencias notables ocurren en las situaciones dominantes tales como la ausencia de la proteína 8a y de una proteína más larga 8b en SARS-CoV-2.

En un análisis, había 380 substituciones del aminoácido entre los virus de SARS-CoV-2 y de SARS/SARS-like, situados específicamente en nsp2 y nsp3. 6 substituciones fueron encontradas en el RBD en la situación 357-528 del aminoácido, con 4 substituciones más en la región del C-término del dominio S1.

Sin embargo, no se encontró ningunas substituciones en nsp7, nps13, E, M, y las proteínas accesorias p6 y 8b. Esto sugiere que las substituciones del dominio de RBD que difieren estén probablemente detrás de la patogenicidad y de la transmisibilidad crecientes entre SARS-CoV-2 y los SARS-CoV.

SARS-CoV-2 posee un marco de lectura abierto intacto 8 sin la supresión del NT 29 que se encuentra en una mayoría de los SARS-CoV humanos. Además, SARS-CoV-2 contiene un rizo proteolytically sensible distinto de la activación (sitio polibásico de la hendidura del furin) en la unión S1-S2 que no se encuentra típicamente en otros coronaviruses beta humanos del linaje b.

Sin embargo, ésta es una característica de varios otros coronaviruses animales y humanos, tales como HKU1 (linaje a). Comparado a los SARS-CoV, la adición de tal sitio de la hendidura se piensa para aumentar la fusión de la célula-célula sin afectar al asiento viral, aunque el papel exacto de este sitio deba todavía ser determinado completo.

MERS-CoV diverge de los SARS-CoV y de SARS-CoV-2 en el RBD mientras que MERS-CoV ata a DDP4. Además, las proteínas codificadas pp1ab, pp1a, E, M, proteína accesoria 7a, y genes de N varían considerablemente entre los genomas SARS-CoV/CoV-2.

Otros virus respiratorios importantes incluyen los virus de gripe, que pertenecen a la familia de Orthomyxoviridae del reino de los orthornavirae. La gripe A y los A infectan seres humanos, mamíferos y pájaros mientras que los tipos C y los animales de la influencia de D sobre todo. Todos los pandémicos importantes de la gripe han sido causados por el tipo virus de gripe de A.

Los virus de gripe son virus del ARN del negativo-sentido comparados a los coronaviruses del positivo-sentido. Las vacunas estacionales de la gripe se diseñan para incorporar el tipo estacional reciente deformaciones de la gripe de A, y como tal, ofrezca poco a la protección cero contra coronaviruses.

Independientemente de las diferencias genomic extensas entre los coronaviruses beta del linaje b y pulse los virus de una gripe, la presencia de un sitio eficiente de la hendidura en SARS-CoV-2, y la hemaglutinina (HA) en deformaciones de la gripe, puede ser el factor causativo que es réplica y transmisión viral rápida y patogenicidad creciente de ambos virus.

Pues ésta no es típicamente una característica de los coronaviruses del palo y del pangolin (aunque nuestro conocimiento de todas estas deformaciones es limitado), puede ser que SARS-CoV-2 detectara esto de la primera transmisión entre personas, o a través de con todo de palo o de pangolin no identificado SARS-como CoV.

En resumen, SARS-CoV-2 comparte un alto nivel de semejanza genomic entre otros coronaviruses beta incluyendo los SARS-CoV humanos y batSARS-like-CoVs/RaTG13. Mientras que sus genomas son en gran parte idénticos, las diferencias genomic de la llave están sugiriendo una diversa evolución de SARS-CoV-2, implicando muy probablemente batSARS-como-CoVs.

Entendiendo las diferencias genomic quieren ayudan a científicos a desarrollar vacunas altamente efectivas contra SARS-CoV-2, así como a aprender cómo los virus se desarrollan.

Fuentes:

Further Reading

Last Updated: Jul 27, 2020

Osman Shabir

Written by

Osman Shabir

Osman is a Neuroscience PhD Research Student at the University of Sheffield studying the impact of cardiovascular disease and Alzheimer's disease on neurovascular coupling using pre-clinical models and neuroimaging techniques.

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Comments

  1. S P S P Portugal says:

    Are we sure that by detecting the sars-cov-2 via rt-pcr we don´t detect the other Coronaviridae family species as well? Can't find direct comparison of sequences on web.

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