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L'albero filogenetico del virus SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 è un beta-coronavirus che probabilmente originalmente pipistrello-è sopportato prima del salto agli esseri umani per causare la pandemia COVID-19.

Albero filogenetico di SARS-CoV-2

Credito di immagine: https://www.ecohealthalliance.org/

Una maggioranza delle mutazioni che hanno accaduto fin qui hanno soltanto effetti delicati sul virus e nessuno sono pensate piombo attualmente ad un romanzo o ad uno sforzo più pericoloso. Ciò dà la grande speranza per le riusciti vaccinazioni e trattamenti. Non è inattesa, quello in futuro, il virus si evolverà agli sforzi differenti come influenza.

Che cosa è un albero filogenetico?

Gli alberi filogenetici sono rappresentazioni schematiche dell'evoluzione fra le specie relative differenti basate sulle loro similarità genetiche e fisiche. Ad un più vasto livello, gli alberi filogenetici provengono da un antenato comune del `' che provoca il gran numero di vita compreso i batteri, il archaea e Eukaryota.

I virus sono specie biologiche, nel senso che comprendono le sequenze dell'acido nucleico e sono conforme ad una grande selezione dei cambiamenti evolutivi compreso le mutazioni alle loro sequenze. Mentre i virus non sono organismi viventi, la capacità delle sequenze virali dell'acido nucleico di accumulare i cambiamenti con le mutazioni o la ricombinazione con altre specie provoca gli stirpi virali novelli.

Albero filogenetico SARS-CoV-2

Il coronavirus di sindrome respiratorio acuto severo (SARS-CoV-2) è la causa della pandemia globale in corso del coronavirus disease-2019 (COVID-19) che è nato verso metà dicembre 2019 a provincia di Wuhan, Hubei della Cina. L'11 marzo 2020, COVID-19 è stato dichiarato che una pandemia globale dall'organizzazione mondiale della sanità e dal virus si era sparsa alla maggior parte delle nazioni.

SARS-CoV-2 è una beta-coronavirus appartenenza di stirpe-b alla famiglia di coronaviridae. Questa famiglia appartiene ai nidovirales di ordine, dei pisonivirecetes classifica, del filo di pisuviricota, del regno di orthomavirae, del regno di ribovaria. Come tale, il virus ha un genoma del RNA (+ssRNA con la singola disposizione lineare) con il RNA polimerasi RNA-dipendente (RdRp) che produce il RNA da RNA.

I beta coronaviruses di Stirpe-b includono il virus SAR-CoV che causa il SAR ed entrambi legano al ricevitore ACE2. Tuttavia, a differenza di SAR-CoV, SARS-CoV-2 contiene un ciclo distinto e proteolytically sensibile evolutivo di attivazione (sito del tipo di furin di fenditura) che è probabilmente la ragione dietro la sui patogenicità e transmissibility aumentati.

L'origine di SARS-CoV-2 è considerata come pipistrello-sopportato dovuto la similarità genetica vicina ai coronaviruses del pipistrello (96%). Non c'è prova concreta per suggerire che un altro host sia stato un bacino idrico per il virus prima della trasmissione agli esseri umani, sebbene il virus divida la similarità di fino a 92% ai coronaviruses del pangolino.

Una certa prova ha suggerito che potesse essere che SARS-CoV-2 pipistrello-sopportato saltasse ai pangolini, di nuovo ai pipistrelli (che comprendono una certa omologia del pangolino) e poi agli esseri umani.

Virus SARS-CoV-2

Credito di immagine: Kateryna Kon/Shutterstock.com

Mutazioni recenti a SARS-CoV-2

L'analisi del virus SARS-CoV-2 attraverso le nazioni differenti ai tempi differenti della pandemia ha rivelato che il virus ha subito parecchie mutazioni, alcuni che non sembrassero avere alcun impatto significativo sul virus, mentre altre mutazioni sono probabilmente più significative e possono alludere a divergenza di sforzo - comunque se questo significa il virus è diventato più virulento non è immediatamente chiaro e può anche piombo al virus che diventa più debole del modulo corrente.

È inevitabile che poichè il tempo progredisce, il virus accumuli le mutazioni indipendenti nelle posizioni differenti. Fin qui, la maggior parte delle mutazioni che hanno accaduto sono soltanto moderatamente geneticamente diverse con una differenza di media al paio di 9.6SNPs fra tutti i due genoma (secondo uno studio); quale indica che l'antenato comune è recente ed ha una tariffa di mutazione intorno 6x10-4 ai nucleotidi/genoma/anno.

Le mutazioni specifiche che si sono presentate in SARS-CoV-2 sono in gran parte neutrali, sebbene alcuni stiano permettendo che il virus adattasse più al host umano. Tuttavia, una di più forti diversioni si è presentata al sito 11083 di Orf1a che codifica Nsp6. Ciò è probabilmente il sito quel risultati in cellule T di CD4+/CD8+. I cambiamenti all'interno di questa regione possono rappresentare le differenze nelle risposte immunitarie a SARS-CoV-2.

Uno studio ha classificato alcuni sforzi leggermente differenti di SARS-CoV-2. Digiti A si riferisce alla variante cinese originale (due sotto-cluster con una mutazione a T29095C). Il tipo B è egualmente presente paesi asiatici, negli Stati Uniti ed Europa. Il tipo B diverge da tipo A da 2 mutazioni: T8782C e C28144T - gli ultimi con conseguente cambiamento della leucina ad una serina. Il tipo C differisce da tipo B a G26144T (glicina a valina) ed è la variante europea principale ed in gran parte assente in Cina.

Malgrado la presenza di sforzi divergenti delicati che comprendono le mutazioni specifiche alle posizioni specifiche (tipi corrente alternata) che sono geograficamente differenti, è importante allo sforzo, che attualmente ci sono sforzi divergenti non distinti di SARS-CoV-2 e tutti i vaccini mirare allo sforzo corrente dovrebbe lavorare efficacemente.

dovuto la natura zoonotica di SARS-CoV-2, è accanto ad impossible predire la traiettoria della diversità filogenetica futura del virus e come può adattarsi ed evolversi per infettare gli esseri umani nei modi diversi.

Come con i virus dell'influenza; quale hanno parecchi sforzi divergenti, SARS-CoV-2 può anche divergere negli sforzi multipli con le tariffe differenti della valenza e del transmissibility. Ciò sarebbe la più grande preoccupazione per tutto lo sviluppo del vaccino e soltanto chi vivrà vedrà se tali più grandi sforzi divergenti si sviluppano.

Riassumendo, SARS-CoV-2 divide l'alto pipistrello-coronaviruses dell'omologia e mentre tale probabilmente pipistrello-è sopportato. Il ruolo di un bacino idrico ospite intermedio, probabilmente pangolini, deve ancora essere confermato. Mentre le numerose mutazioni si sono presentate all'interno di SARS-CoV-2 che provoca le varianti geografiche distinte, nessuno attualmente sono pensati divergere forte per creare uno sforzo novello al virus corrente SARS-CoV-2 nella circolazione.

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Last Updated: Jul 20, 2020

Osman Shabir

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Osman Shabir

Osman is a Neuroscience PhD Research Student at the University of Sheffield studying the impact of cardiovascular disease and Alzheimer's disease on neurovascular coupling using pre-clinical models and neuroimaging techniques.

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