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A árvore filogenética do vírus SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 é um beta-coronavirus que provavelmente bastão-seja carregado originalmente antes de saltar aos seres humanos para causar a pandemia COVID-19.

Árvore filogenética de SARS-CoV-2

Crédito de imagem: https://www.ecohealthalliance.org/

Uma maioria das mutações que ocorreram até agora têm somente efeitos suaves no vírus, e nenhumas são pensadas ter conduzido presentemente a uma novela ou a uma tensão mais perigosa. Isto dá a grande esperança para vacinações e tratamentos bem sucedidos. Não é inesperado, isso no futuro, o vírus evoluirá às tensões diferentes como a gripe.

Que é uma árvore filogenética?

As árvores filogenéticas são representações esquematicamente da evolução entre a espécie relacionada diferente baseada em suas similaridades genéticas e físicas. A nível mais largo, as árvores filogenéticas originam de um antepassado comum do `' que causa a multidão de vida que inclui as bactérias, o archaea, e o Eukaryota.

Os vírus são espécies biológicas, no sentido que compreendem de seqüências do ácido nucleico e são sujeitos a um vasto leque das mudanças evolucionárias que incluem mutações a suas seqüências. Enquanto os vírus não são organismos vivos, a capacidade de seqüências virais do ácido nucleico para acumular mudanças com as mutações ou recombinação com a outra espécie causa linhagens virais novas.

Árvore SARS-CoV-2 filogenética

O coronavirus da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2) é a causa da pandemia global em curso do coronavirus disease-2019 (COVID-19) que originou por volta de meados de dezembro de 2019 província em Wuhan, Hubei de China. O 11 de março de 2020, COVID-19 foi declarado que uma pandemia global pela Organização Mundial de Saúde e pelo vírus tinha espalhado à maioria de nações.

SARS-CoV-2 é uma beta-coronavirus pertença da linhagem-b à família dos coronaviridae. Esta família pertence aos nidovirales do pedido, dos pisonivirecetes classifica, do filo do pisuviricota, do reino dos orthomavirae, do reino do ribovaria. Como tal, o vírus tem um genoma do RNA (+ssRNA com único regime linear) com a polimerase de RNA RNA-dependente (RdRp) que produz o RNA do RNA.

Os beta coronaviruses da Linhagem-b incluem o vírus SARS-CoV que causa o SARS e ambos ligam ao receptor ACE2. Contudo, ao contrário dos SARS-CoV, SARS-CoV-2 contem um laço distinto e proteolytically sensível evolucionário da activação (furin-como o local da segmentação) que seja provavelmente a razão atrás de seus parogenicidade e transmissibility aumentados.

A origem de SARS-CoV-2 é considerada ser bastão-carregado devido à similaridade genética próxima aos coronaviruses do bastão (96%). Não há nenhuma evidência concreta para sugerir que um outro anfitrião seja um reservatório para o vírus antes da transmissão aos seres humanos, embora o vírus compartilhe da similaridade de até 92% aos coronaviruses do pangolin.

Alguma evidência sugeriu que se pudesse ser que SARS-CoV-2 bastão-carregado saltasse aos pangolins, de volta aos bastões (que incorporam alguma homologia do pangolin), e então aos seres humanos.

Vírus SARS-CoV-2

Crédito de imagem: Kateryna Kon/Shutterstock.com

Mutações recentes a SARS-CoV-2

A análise do vírus SARS-CoV-2 através das nações diferentes em horas diferentes da pandemia revelou que o vírus se submeteu a diversas mutações, alguns que não parecem ter nenhum impacto significativo no vírus, visto que outras mutações são provavelmente mais significativas e podem aludir à divergência da tensão - embora se este significa o vírus tornou-se mais virulento não é imediatamente claro, e pode mesmo conduzir ao vírus que torna-se mais fraco do que o formulário actual.

É inevitável que como o tempo progride, o vírus acumulará mutações independentes em lugar diferentes. Até agora, a maioria das mutações que ocorreram são somente moderada genetically diversas com uma diferença da média por pares de 9.6SNPs entre todos os dois genomas (de acordo com um estudo); qual mostra que o antepassado comum é recente e tem uma taxa da mutação em torno 6x10-4 dos nucleotides/genoma/ano.

As mutações específicas que ocorreram em SARS-CoV-2 são pela maior parte neutras, embora alguns estejam permitindo que o vírus adaptasse mais ao anfitrião humano. Contudo, uma das diversões as mais fortes ocorreu no local 11083 de Orf1a que codifica Nsp6. Este é provavelmente o local esse resultados em T-pilhas de CD4+/CD8+. As mudanças dentro desta região podem esclarecer as diferenças em respostas imunes a SARS-CoV-2.

Um estudo classificou algumas tensões suavemente diferentes de SARS-CoV-2. Dactilografe A refere a variação chinesa original (dois secundário-conjuntos com uma mutação em T29095C). O tipo B está igualmente actual em países asiáticos, nos E.U., e em Europa. O tipo B diverge do tipo A por 2 mutações: T8782C e C28144T - os últimos tendo por resultado a mudança da leucina a um serine. O tipo C difere do tipo B em G26144T (glicina ao valine) e é a variação européia principal, e pela maior parte ausente em China.

Apesar da presença de tensões divergentes suaves que compreendem mutações específicas nos lugar específicos (tipos corrente alternada) que são geogràfica diferentes, é importante para o esforço, que presentemente há umas tensões divergentes não distintas de SARS-CoV-2 e todas as vacinas visar a tensão actual deve trabalhar eficazmente.

Devido à natureza zoonotic de SARS-CoV-2, é ao lado de impossível prever a trajectória da diversidade filogenética futura do vírus, e como pode se adaptar e evoluir para contaminar seres humanos em maneiras diferentes.

Como com virus da gripe; quais têm diversas tensões divergentes, SARS-CoV-2 pode igualmente divergir em tensões múltiplas com taxas de deferimento de valence e de transmissibility. Este seria o interesse o mais grande para toda a revelação vacinal, e somente O tempo o dirá se tais tensões divergentes mais grandes se tornam.

Em resumo, SARS-CoV-2 compartilha do bastão-coronaviruses alto da homologia e enquanto tal provavelmente bastão-está carregado. O papel de um reservatório do anfitrião intermediário, provavelmente pangolins, deve ser confirmada ainda. Enquanto as mutações numerosas ocorreram dentro de SARS-CoV-2 que causa variações geográficas distintas, nenhuns estão pensados presentemente ter divergido fortemente para criar uma tensão nova ao vírus SARS-CoV-2 actual na circulação.

Fontes:

  • Jaimes e outros, 2020. A análise filogenética e a modelagem estrutural da proteína do ponto SARS-CoV-2 revelam um laço sensível evolucionário distinto e de Proteolytically da activação. Mol do Biol de J. O 1º de maio 2020; 432(10): 3309-3325. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32320687/
  • Stafanelli e outros, 2020. Inteiro-genoma e análise filogenética de duas tensões SARS-CoV-2 isoladas em Itália em janeiro e fevereiro de 2020: indícios adicionais em introduções múltiplas e circulação mais adicional em Europa. Euro Surveil. O 2 de abril 2020; 25(13): 2000305. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32265007/
  • Forster e outros, 2020. Análise de rede filogenética dos genomas SARS-CoV-2. Proc Acad nacional Sci EUA. 117(17): 9241-9243 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32269081/
  • Van Dorp e outros, 2020. Emergência da diversidade genomic e de mutações periódicas em SARS-CoV-2. 83:104351 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567134820301829?via%3Dihub da infecção, da genética & da evolução

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Last Updated: Jul 20, 2020

Osman Shabir

Written by

Osman Shabir

Osman is a Neuroscience PhD Research Student at the University of Sheffield studying the impact of cardiovascular disease and Alzheimer's disease on neurovascular coupling using pre-clinical models and neuroimaging techniques.

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