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Clades viral de SARS-CoV-2

SARS-CoV-2, depuis sa manifestation en décembre 2019 à Wuhan, province de Hubei, Chine, a rapidement commencé à subir une mutation. Les mutations sont courantes dans les coronaviruses, et SARS-CoV-2 s'est avéré pour avoir beaucoup de différents clades.

Virus SARS-CoV-2

Crédit d'image : Andrii Vodolazhskyi/Shutterstock.com

Ces clades peuvent fournir à des scientifiques l'information sur où certaines tensions du virus sont concentrées, et la façon dont ces différents clades peuvent influencer la virulence de SARS-CoV-2, la vitesse de la propagation de maladie, et sa résistance aux traitements antiviraux.

Quel est un clade ?

Un clade est une condition pour un groupe d'organismes que tout provient d'un ancêtre courant, et est très utilisé dans la biologie. Utilisant la phylogénie, qui est l'histoire évolutionnaire d'un groupe d'organismes, le développement des changements d'un ensemble d'organismes de descendant peut être suivi.

En virologie, un clade décrit des groupes de virus assimilés basés sur leurs séquences génétiques, et des changements de ces virus peuvent également être suivis utilisant la phylogénie. Le séquençage du génome rapide est la méthode par laquelle des développements dans le renivellement génomique d'un virus peuvent être suivis.

SARS-CoV-2 est lui-même un clade dans les coronaviridae et le genre betacoronavirus de famille. Généralement, les variations génétiques d'un virus sont groupées dans les clades, qui peuvent également être des sous-types appelés, des génotypes, ou des groupes.

Le séquençage du génome rapide peut aider à établir rapidement où une personne est devenue infectée avec un certain clade de SARS-CoV-2. Par exemple, les quatre premiers cas de COVID-19 en Nouvelle-Galles du Sud, Australie, se sont avérés pour être étroitement liés à la tension dominante de SARS-CoV-2 trouvé à Wuhan, et ces quatre premiers cas étaient tous dans les gens qui étaient récent retournés du déplacement en Chine. Ceci a signifié que la course pourrait alors être restreinte entre la Chine et l'Australie pour limiter les nombres de gens infectés se déplaçant à et des deux pays.

Comme évoqué dans un papier d'évolution de virus, publié en avril 2020, des caisses ont été également suivies d'Australie vers l'Iran, où on l'a constaté que tous les génomes étaient d'un groupe monophyletic caractérisé par trois remplacements de nucléotide dans le génome SARS-CoV-2, si comparé à la tension de prototype de Wuhan.

Quels sont les différents clades SARS-CoV-2 ?

À partir du 11 août 2020, il y avait plus de 52.600 génomes complets et de haut-couverture procurables sur l'initiative globale sur partager les caractéristiques de grippe aviaire (GISAID).

Une étude publiée dans le tourillon international des maladies infectieuses (IJID) le 22 août 2020, constaté qu'il y avait cinq clades de SARS-CoV-2 qui ont été caractérisés par 11 mutations importantes mondiales. Il y avait une plus grande dominance d'un ou deux clades dans chaque situation géographique comprise dans l'étude.

Les cinq clades étaient :

  • D392
  • G614
  • I378
  • S84
  • V251

Clade G614 le plus largement a été étendu en Europe et Amérique du Nord après avoir été introduit dans les continents par des gens se déplaçant de Chine, et la dominance du clade G614 pourrait être due à la plus grande longévité du virus que cette mutation particulière entraîne.

La majorité des génomes qui n'ont pas été classés par catégorie dans un clade important par l'étude sont trouvées en Asie et ont été trouvées tôt dans la pandémie.

Cependant, il est important de noter que cette étude a été limitée par la gamme des caractéristiques génomiques procurables, qui sont seulement venues de certaines régions. Comme résultat, les clades neufs peuvent devenir apparents à l'avenir pendant que des régions plus géographiques rendent des caractéristiques génomiques procurables.

Une enquête différente effectuée par l'Organisation Mondiale de la Santé (WHO) montrée comment le génome SARS-CoV-2 a évolué pendant qu'il a écarté en travers du monde. Cette enquête n'a pas montré comment ces évolutions ont changé la virulence du virus, mais il a prouvé que le clade SARS-CoV-2 le plus courant était la variante de D614G dans les six clades et 14 subclades qu'elle a recensés.

L'enquête a compris 10.022 génomes SARS-CoV-2 de 68 pays différents. Au total, l'OMS a trouvé 65.776 variantes et 5.775 variantes distinctes, qui ont comporté :

  • 2.969 mutations faux-sens
  • 1.965 mutations synonymes
  • 484 mutations dans des régions de non-codage
  • 142 omissions de non-codage
  • 100 omissions de dans-bâti
  • 66 mises en place de non-codage
  • 36 arrêt-ont gagné des variantes
  • 11 omissions de déphasage
  • Deux mises en place de dans-bâti.

La variante de D614G est située dans l'épitope de lymphocyte B et s'est avérée pour avoir une région très immunodominant, qui peut affecter à quel point un vaccin peut fonctionner contre elle.

Le plus grand clade trouvé dans l'étude d'OMS était D614G, qui a cinq subclades liés à elle. La variante de non-codage 241C > T, avec 3037C > T, et ORF1ab P4715L ont été trouvés dans la plupart des échantillons dans le clade de D614G.

Supplémentaire, presque chaque tension qui a eu une mutation de D614G a comporté des mutations en protéines qui règlent la réplication virale, qui a des implications pour à quelle rapidité le virus peut se multiplier. Est cette protéine particulière ce que le remdesivir et le favipiravir d'antiviraux visent. Il pourrait être possible que les tensions de SARS-CoV-2 deviennent rapidement résistantes aux médicaments qui visent ces protéines.

Le deuxième plus grand clade recensé par l'étude d'OMS était L84S, qui comporte deux subclades. L84S était un clade trouvé dans les gens se déplaçant de Wuhan pendant les phases précoces de la manifestation SARS-CoV-2.

L'étude d'août dans l'IJID a déclaré que tandis que la réplication de génome se produit dans l'hôte, SARS-CoV-2 subit les mutations de génome qui peuvent être transmises aux génomes de descendant et aux hôtes neufs pendant qu'elles sont écartées entre les gens.

Où le Clades différent sont situés dans le monde ?

La pandémie SARS-CoV-2 a affecté 188 pays dans chaque continent excepté l'Antarctique.

Le clade d'A2a, qui a été introduit dans New York par l'Europe et l'Italie, est concentré sur la Côte Est des Etats-Unis.

Le clade1 de B prédomine sur la côte ouest des Etats-Unis.

Le clade614 de G est devenu répandu mondial, alors qu'aux stades précoces de la pandémie, S84 était le clade prédominant en Asie quand des génomes non affectés sont exclus.

L'information dans l'enquête d'OMS sur l'emplacement dans lequel les certains clades et subclades sont courants comprend :

  • L84S/p5828L/ subclade aux Etats-Unis
  • G251V au R-U, à l'Australie, aux Etats-Unis, et à l'Islande.

Résumé

SARS-CoV-2 a prouvé à être un virus génétiquement divers qui est maintenant devenu endémique chez des êtres humains. Recensant et suivant les clades qui deviennent dominants dans certaines régions géographiques peuvent aviser le développement de la vaccination efficace, car certains antiviraux peuvent ne pas fonctionner contre les formes mutées du virus, ou les clades du virus qui ont développé la résistance par la mutation génomique.

Sources

Further Reading

Last Updated: Sep 23, 2020

Lois Zoppi

Written by

Lois Zoppi

Lois is a freelance copywriter based in the UK. She graduated from the University of Sussex with a BA in Media Practice, having specialized in screenwriting. She maintains a focus on anxiety disorders and depression and aims to explore other areas of mental health including dissociative disorders such as maladaptive daydreaming.

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