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Clades viral de SARS-CoV-2

Le coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de syndrôme respiratoire aigu sévère a rapidement commencé à subir une mutation depuis sa manifestation en décembre 2019 à Wuhan, Chine. Les mutations sont courantes dans les coronaviruses, et SARS-CoV-2 s'est avéré pour avoir beaucoup de différents clades.

Ces clades peuvent fournir à des scientifiques l'information sur où certaines tensions du virus sont concentrées, et la façon dont ces différents clades peuvent influencer la virulence de SARS-CoV-2, la vitesse de la propagation de maladie, et sa résistance aux traitements antiviraux.

Virus SARS-CoV-2Crédit d'image : Andrii Vodolazhskyi/Shutterstock.com

Ces clades peuvent fournir à des scientifiques l'information sur où certaines tensions du virus sont concentrées, et la façon dont ces différents clades peuvent influencer la virulence de SARS-CoV-2, la vitesse de la propagation de maladie, et sa résistance aux traitements antiviraux.

Quel est un clade ?

Un clade est une condition pour un groupe d'organismes que tout provient d'un ancêtre courant, et est très utilisé dans la biologie. Utilisant la phylogénie, qui est l'histoire évolutionnaire d'un groupe d'organismes, le développement des changements d'un ensemble d'organismes de descendant peut être suivi.

En virologie, un clade décrit des groupes de virus assimilés basés sur leurs séquences génétiques, et des changements de ces virus peuvent également être suivis utilisant la phylogénie. Le séquençage du génome rapide est la méthode par laquelle des développements dans le renivellement génomique d'un virus peuvent être suivis.

SARS-CoV-2 est lui-même un clade dans les coronaviridae et le genre betacoronavirus de famille. Généralement, les variations génétiques d'un virus sont groupées dans les clades, qui peuvent également être des sous-types appelés, des génotypes, ou des groupes.

Le séquençage du génome rapide peut aider à établir rapidement où une personne est devenue infectée avec un certain clade de SARS-CoV-2. Par exemple, les quatre premiers cas de COVID-19 en Nouvelle-Galles du Sud, Australie, se sont avérés pour être étroitement liés à la tension dominante de SARS-CoV-2 trouvé à Wuhan, et ces quatre premiers cas étaient tous dans les gens qui étaient récent retournés du déplacement en Chine. Ceci a signifié que la course pourrait alors être restreinte entre la Chine et l'Australie pour limiter les nombres de gens infectés se déplaçant à et des deux pays.

Comme évoqué dans un papier d'évolution de virus, publié en avril 2020, des caisses ont été également suivies d'Australie vers l'Iran, où on l'a constaté que tous les génomes étaient d'un groupe monophyletic caractérisé par trois remplacements de nucléotide dans le génome SARS-CoV-2, si comparé à la tension de prototype de Wuhan.

Évolution du génome SARS-CoV-2

Une enquête publiée en juin 2020 et effectué par l'Organisation Mondiale de la Santé (WHO) montrée comment le génome SARS-CoV-2 a évolué pendant qu'il a écarté en travers du monde. Cette enquête n'a pas montré comment ces évolutions ont changé la virulence du virus, mais il a prouvé que le clade SARS-CoV-2 le plus courant était la variante de D614G dans les six clades et 14 subclades qu'elle a recensés.

L'enquête a compris 10.022 génomes SARS-CoV-2 de 68 pays différents. Au total, l'OMS a trouvé 65.776 variantes et 5.775 variantes distinctes, qui ont comporté :

  • 2.969 mutations faux-sens
  • 1.965 mutations synonymes
  • 484 mutations dans des régions de non-codage
  • 142 omissions de non-codage
  • 100 omissions de dans-bâti
  • 66 mises en place de non-codage
  • 36 arrêt-ont gagné des variantes
  • 11 omissions de déphasage
  • Deux mises en place de dans-bâti.

Depuis lors, les numéros auront augmenté.

La variante de D614G est située dans l'épitope de lymphocyte B et s'est avérée pour avoir une région très immunodominant, qui peut affecter à quel point un vaccin peut fonctionner contre elle.

Le plus grand clade trouvé dans l'étude d'OMS était D614G, qui a eu cinq subclades liés à elle. La variante de non-codage 241C > T, avec 3037C > T, et ORF1ab P4715L ont été trouvés dans la plupart des échantillons dans le clade de D614G.

Supplémentaire, presque chaque tension qui a eu une mutation de D614G a comporté des mutations en protéines qui règlent la réplication virale, qui a des implications pour à quelle rapidité le virus peut se multiplier. Est cette protéine particulière ce que le remdesivir et le favipiravir d'antiviraux visent. Il pourrait être possible que les tensions de SARS-CoV-2 deviennent rapidement résistantes aux médicaments qui visent ces protéines.

Le deuxième plus grand clade recensé par l'étude d'OMS était L84S, qui comporte deux subclades. L84S était un clade trouvé dans les gens se déplaçant de Wuhan pendant les phases précoces de la manifestation SARS-CoV-2.

Quels sont les différents clades SARS-CoV-2 ?

Il y a différentes nomenclatures de multiple pour les clades SARS-CoV-2. Chaque organisme de santé peut employer son propre identificateur pour différentes variantes.

Nomenclature de PANGOLIN

L'affectation phylogénétique de la nomenclature proposée nommée d'équipe de logiciel de lignées de Global Outbreak (PANGOLIN) pour les clades SARS-CoV-2 dans des 2020) articles de Rambaut et autres (. Ceci contient les lignées principales d'A, de B, de B.1, de B.1.1, de B.1.177 et de B.1.1.7. Ces lignées divisent davantage.

Les noms généralement utilisés des tensions par exemple (Sud africain provenant) la tension B.1.1.7 (les Anglais provenant) et B.1.351 dérivent de ceci.

A est la tension originelle utilisée comme séquence de référence.

La nomenclature de GISAID

Il y a beaucoup de milliers de génomes complets et de haut-couverture procurables sur l'initiative globale sur partager les caractéristiques de grippe aviaire (GISAID).

GISAID sépare les clades de SARS-CoV-2 dans S, O, L, V, G, GH, la Grèce, GV, et GRY.

Le S et le L clades étaient autour au début de la pandémie. S prolongé pour être répandu au commencement tandis que L coupé en G et V.G coupait davantage en la Grèce et le GH, et puis GV postérieur. La Grèce a coupé en GRY après juillet 2020. Les lettres viennent des mutations qui les ont faites être branchées.

Le clade de G est équivalent à la lignée de PANGO B.1, avec la Grèce représentant la lignée de PANGO B.1.1. Le clade de S est équivalent à la lignée de PANGO A (le virus originel, à la séquence zéro, utilisée comme référence), et la boucle de V est lignée de PANGO B.2. L est une autre eaerly lignée. O représente d'autres qui n'apparient pas les critères génétiques des autres clades.

Le clade de G et ses succursales suivantes comprennent la tension de S-D614G.

Des caractéristiques actuelles de GISAID sur l'arbre phylogénétique et la distribution géographique et temporelle de ces clades peuvent être vues ici.

Au début de la pandémie, des clades en janvier 2020, de L, de S et d'O a eu la majorité. Les ces tout diminués à mesure que le clade de G et ses descendants ont augmenté dans la proportion au cours de l'année prochaine. À partir de mars 2021, les clades de L, de S et d'O ne constituent presque rien, avec le clade neuf de GRY reprenant la plus grande proportion des clades de G.

Le clade de GRY représente la tension B.1.1.7 qui a provenu de la Grande-Bretagne et a depuis l'écart en travers du globe à plus de 90 pays.

Nomenclature de Nextstrain

Alternativement, Nextstrain divise les tensions SARS-CoV-2 en 19A, 19B, 20A, 20B, 20C, 20D, 20E, 20F, 20G, 20H, 20I, 20 arbres de J. Phylogenetic et des plans temporels géographiques peuvent être vus pour ces catégories ici.  

Dans ces clades, 19B est la tension originelle de référence. 20I/501Y.V1 se rapporte à la variante B.1.1.7 qui a provenu de la Grande-Bretagne ; 20H/501Y.V2 se rapporte à la tension B.1.351 qui a provenu de l'Afrique du Sud ; et 20J/501Y.V3 se rapporte à la tension P.1 qui est provenue et écart du Brésil.

Un fichier externe qui retient une illustration, une illustration, etc.Comparaison schématique des nomenclatures de GISAID, de Nextstrain et de cov-lineages.org pour les séquences SARS-CoV-2 d'origine mondiale, février-juillet 2020. Crédit d'image : Alm et autres 2020, Eurosurveillance

Variantes de préoccupation

Il y a actuel des variantes sélectées de ` de préoccupation' qui ont provenu de quelques situations géographiques et puisqu'écart mondial dû aux mutations entraînant le transmissibility accru. Elles entraînent la préoccupation due à l'écart large et l'efficacité réduite de quelques vaccins ou les réactions des anticorps en travers de certaines des tensions.

Celles-ci comprennent la tension B.1.1.7, la tension B.1.351 et la tension P.1 (utilisant la terminologie de lignée de PANGOLIN).

D'OMS le système nommant neuf d'announceda récent pour ces variantes afin de fournir une voie plus pratique et plus facile à de se rapporter à elles, en particulier dans des contextes non-scientifiques. Ce système nommant emploie le lettrage grec.

Tableau 1. Le système grec de lettrage pour nommer les variantes SARS-CoV-2 et leurs équivalents de lignée de PANGOLIN.

Résumé

SARS-CoV-2 a prouvé à être un virus génétiquement divers qui est maintenant devenu endémique chez des êtres humains. Recensant et suivant les clades qui deviennent dominants dans certaines régions géographiques peuvent aviser le développement de la vaccination efficace, car les certains antiviraux ou vaccins peuvent fonctionner ou ne pas être comme efficaces contre les formes mutées du virus, ou les clades du virus qui ont développé la résistance par la mutation génomique.

Il y a différents systèmes nommants de multiple pour les clades de SARS-CoV-2, mais tous sont enracinés dans la même analyse génétique et permettent le rail de différentes variantes géographiquement et la compréhension de la façon dont elles ont évolué.

Références

Further Reading

Last Updated: Jun 3, 2021

Lois Zoppi

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Lois Zoppi

Lois is a freelance copywriter based in the UK. She graduated from the University of Sussex with a BA in Media Practice, having specialized in screenwriting. She maintains a focus on anxiety disorders and depression and aims to explore other areas of mental health including dissociative disorders such as maladaptive daydreaming.

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