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Clades virale di SARS-CoV-2

Il coronavirus 2 (SARS-CoV-2) di sindrome respiratorio acuto severo ha cominciato rapidamente a subire una mutazione dal suo scoppio nel dicembre 2019 a Wuhan, Cina. Le mutazioni sono comuni nei coronaviruses e SARS-CoV-2 è stato trovato per avere molti clades differenti.

Questi clades possono fornire a scienziati le informazioni su dove determinati sforzi del virus sono concentrati e su come questi clades differenti possono urtare la virulenza di SARS-CoV-2, la velocità della diffusione di malattia e la sua resistenza ai farmaci antivirali.

Virus SARS-CoV-2Credito di immagine: Andrii Vodolazhskyi/Shutterstock.com

Questi clades possono fornire a scienziati le informazioni su dove determinati sforzi del virus sono concentrati e su come questi clades differenti possono urtare la virulenza di SARS-CoV-2, la velocità della diffusione di malattia e la sua resistenza ai farmaci antivirali.

Che cosa è un clade?

Un clade è un termine per un gruppo di organismi che tutti provengono da un antenato comune ed è ampiamente usato nella biologia. Facendo uso di filogenesi, che è la cronologia evolutiva di un gruppo di organismi, lo sviluppo dei cambiamenti in un insieme degli organismi del discendente può essere tenuto la carreggiata.

In virologia, un clade descrive i gruppi di simili virus basati sulle loro sequenze genetiche ed i cambiamenti in quei virus possono anche essere tenuti la carreggiata facendo uso di filogenesi. Il sequenziamento del genoma rapido è il metodo da cui gli sviluppi nel trucco genomica di un virus possono essere tenuti la carreggiata.

SARS-CoV-2 è stesso un clade all'interno dei coronaviridae della famiglia e del genere betacoronavirus. Generalmente, le variazioni genetiche di un virus sono raggruppate nei clades, che possono anche essere chiamati sottotipi, genotipi, o gruppi.

Il sequenziamento del genoma rapido può contribuire a risolvere rapidamente dove una persona è stato infettata con certo clade di SARS-CoV-2. Per esempio, i primi quattro casi di COVID-19 in New South Wales, Australia, sono risultati strettamente connessi allo sforzo dominante di SARS-CoV-2 trovato a Wuhan e questi primi quattro casi erano tutti nella gente che recentemente aveva ritornato dal viaggio in Cina. Ciò ha significato che il viaggio potrebbe poi essere limitato fra la Cina e l'Australia per limitare i numeri della gente infettata che viaggia a e dai due paesi.

Come discusso in un documento di evoluzione del virus, pubblicato nell'aprile 2020, le casse egualmente sono state tenute la carreggiata dall'Australia nell'Iran, in cui è stato trovato che i genoma erano tutti da un gruppo monophyletic caratterizzato dalle tre sostituzioni del nucleotide nel genoma SARS-CoV-2, una volta confrontato allo sforzo del prototipo da Wuhan.

Evoluzione del genoma SARS-CoV-2

Una ricerca ha pubblicato nel giugno 2020 ed effettuato dall'organizzazione mondiale della sanità (WHO) ha mostrato come il genoma SARS-CoV-2 si è evoluto mentre si è sparso attraverso il mondo. Questa ricerca non ha mostrato come queste evoluzioni hanno cambiato la virulenza del virus, ma ha indicato che il clade più comune SARS-CoV-2 era la variante di D614G all'interno dei sei clades e 14 subclades che ha identificato.

La ricerca ha compreso 10.022 genoma SARS-CoV-2 da 68 paesi differenti. Nel totale, il WHO ha individuato 65.776 varianti e 5.775 varianti distinte, che hanno compreso:

  • 2.969 mutazioni di senso sbagliato
  • 1.965 mutazioni sinonime
  • 484 mutazioni nelle regioni di non codifica
  • 142 eliminazioni di non codifica
  • 100 eliminazioni del in-fotogramma
  • 66 inserzioni di non codifica
  • 36 arresto-hanno guadagnato le varianti
  • 11 eliminazione di alterazione dello schema di lettura
  • Due inserzioni del in-fotogramma.

Da allora, i numeri saranno aumentato.

La variante di D614G è situata nell'epitopo del linfocita B ed è stata trovata per avere una regione molto immunodominant, che può pregiudicare come un vaccino può lavorare contro di.

Il più grande clade trovato nello studio del WHO era D614G, che ha avuto cinque subclades connessi con. La variante di non codifica 241C > T, con 3037C > T e ORF1ab P4715L sono stati trovati nella maggior parte dei campioni nel clade di D614G.

Ulteriormente, quasi ogni sforzo che ha avuto una mutazione di D614G ha caratterizzato le mutazioni in proteine che gestiscono la replicazione virale, che ha implicazioni per quanto il virus può moltiplicarsi rapidamente. Questa proteina particolare è che obiettivo antivirale del remdesivir e del favipiravir delle droghe. Potrebbe essere possibile che gli sforzi di SARS-CoV-2 diventassero rapidamente resistenti alle droghe che mirano a queste proteine.

Il clade secondo più esteso identificato dallo studio del WHO era L84S, che comprende due subclades. L84S era un clade trovato nella gente che viaggia da Wuhan nelle fasi in anticipo dello scoppio SARS-CoV-2.

Che cosa sono i clades differenti SARS-CoV-2?

Ci sono nomenclature differenti di multiplo per i clades SARS-CoV-2. Ogni organizzazione di salubrità può usare il suo proprio identificatore per le varianti differenti.

Nomenclatura del PANGOLINO

L'assegnazione filogenetica del gruppo nominato del software di stirpi di Global Outbreak (PANGOLINO) ha proposto la nomenclatura per i clades SARS-CoV-2 nei 2020) articoli di Rambaut et al. (. Ciò contiene gli stirpi principali di A, della B, di B.1, di B.1.1, di B.1.177 e di B.1.1.7. Questi stirpi dividono più ulteriormente.

I nomi generalmente usati degli sforzi per esempio lo sforzo B.1.1.7 (Britannici che nascono) e B.1.351 (nascita sudafricana) derivano da questo.

A è lo sforzo originale usato come sequenza di riferimento.

La nomenclatura di GISAID

Ci sono molte migliaia di genoma di alto-copertura e completi disponibili dietro l'iniziativa globale sulla divisione dei dati di influenza aviaria (GISAID).

GISAID separa i clades di SARS-CoV-2 nel S, nella O, nella L, nella V, nel G, nel GH, nel GR, in GV e in GRY.

La S e la L clades erano intorno all'inizio della pandemia. La S inizialmente mentre la L divisa in G e V.G ulteriormente ha diviso in GR e GH e poi ha continuato ad essere prevalente GV successivo. Il GR ha diviso in GRY dopo il luglio 2020. Le lettere vengono dalle mutazioni che le hanno indotte a ramificarsi.

Il clade di G è equivalente a stirpe di PANGO B.1, con il GR che rappresenta lo stirpe di PANGO B.1.1. Il clade di S è equivalente a stirpe di PANGO A (il virus originale, alla sequenza zero, usata come il riferimento) ed il filo di V è stirpe di PANGO B.2. La L è un altro eaerly stirpe. La O corrisponde ad altre che non abbinino i criteri genetici degli altri clades.

Il clade di G ed i sui rami successivi comprendono lo sforzo di S-D614G.

I dati correnti di GISAID sull'albero filogenetico e sulla distribuzione geografica e temporale di questi clades possono essere osservati qui.

All'inizio della pandemia, dei clades nel gennaio 2020, di L, di S e della O ha avuto la maggioranza. I questi interamente in diminuzione come il clade di G e sui discendenti sono aumentato di proporzione durante l'anno prossimo. Il marzo 2021, i clades di L, di S e della O non costituiscono quasi niente, con il nuovo clade di GRY che prende la più grande proporzione dei clades di G.

Il clade di GRY rappresenta lo sforzo B.1.1.7 che è provenuto in Gran-Bretagna ed ha dalla diffusione attraverso il globo oltre a 90 paesi.

Nomenclatura di Nextstrain

Alternativamente, Nextstrain divide gli sforzi SARS-CoV-2 in 19A, 19B, 20A, 20B, 20C, 20D, 20E, 20F, 20G, 20H, 20I, 20 alberi di J. Phylogenetic e le mappe temporali geografiche possono essere osservate per queste classificazioni qui.  

All'interno di questi clades, 19B è lo sforzo originale di riferimento. 20I/501Y.V1 si riferisce alla variante B.1.1.7 che è provenuto in Gran-Bretagna; 20H/501Y.V2 si riferisce allo sforzo B.1.351 che è provenuto nel Sudafrica; e 20J/501Y.V3 si riferisce allo sforzo P.1 che è nato e diffusione dal Brasile.

Un file esterno che tiene una maschera, unConfronto schematico delle nomenclature di GISAID, di Nextstrain e di cov-lineages.org per le sequenze SARS-CoV-2 dell'origine mondiale, febbraio-luglio 2020. Credito di immagine: Alm et al. 2020, Eurosurveillance

Varianti di preoccupazione

Ci sono corrente varianti selezionate del ` di preoccupazione' che sono provenuto da alcune posizioni geografiche e dato che diffusione globalmente dovuto le mutazioni che causano transmissibility aumentato. Stanno causando la preoccupazione dovuto l'ampia diffusione e l'efficacia diminuita di alcune risposte dell'anticorpo o dei vaccini attraverso alcuni degli sforzi.

Questi comprendono lo sforzo B.1.1.7, lo sforzo B.1.351 e lo sforzo P.1 (facendo uso di terminologia di stirpe del PANGOLINO).

Del WHO sistema di nomina di announceda recentemente il nuovo per queste varianti per fornire un modo più pratico e più facile di riferirsi, specialmente nei contesti non scientifici. Questo sistema di nomina usa l'iscrizione greca.

Tabella 1. Il sistema greco dell'iscrizione per la nomina le varianti SARS-CoV-2 e dei loro equivalenti di stirpe del PANGOLINO.

Riassunto

SARS-CoV-2 è risultato essere un virus geneticamente diverso che ora è diventato endemico presso gli esseri umani. Identificando e tenendo la carreggiata i clades che diventano dominanti in determinate regioni geografiche possono informare lo sviluppo di efficace vaccinazione, poichè le droghe o i vaccini antivirali sicuri non possono lavorare o essere come efficaci contro i moduli mutati del virus, o i clades del virus che hanno sviluppato la resistenza con la mutazione genomica.

Ci sono sistemi di nomina differenti di multiplo per i clades di SARS-CoV-2, ma tutti sono piantati nella stessa analisi genetica e permettono tenere la carreggiata delle varianti differenti geograficamente e la comprensione di come si sono evoluti.

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Last Updated: Jun 3, 2021

Lois Zoppi

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Lois Zoppi

Lois is a freelance copywriter based in the UK. She graduated from the University of Sussex with a BA in Media Practice, having specialized in screenwriting. She maintains a focus on anxiety disorders and depression and aims to explore other areas of mental health including dissociative disorders such as maladaptive daydreaming.

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