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Clades virale di SARS-CoV-2

SARS-CoV-2, dal suo scoppio nel dicembre 2019 a Wuhan, provincia di Hubei, Cina, ha cominciato rapidamente a subire una mutazione. Le mutazioni sono comuni nei coronaviruses e SARS-CoV-2 è stato trovato per avere molti clades differenti.

Virus SARS-CoV-2

Credito di immagine: Andrii Vodolazhskyi/Shutterstock.com

Questi clades possono fornire a scienziati le informazioni su dove determinati sforzi del virus sono concentrati e su come questi clades differenti possono urtare la virulenza di SARS-CoV-2, la velocità della diffusione di malattia e la sua resistenza ai farmaci antivirali.

Che cosa è un clade?

Un clade è un termine per un gruppo di organismi che tutti provengono da un antenato comune ed è ampiamente usato nella biologia. Facendo uso di filogenesi, che è la cronologia evolutiva di un gruppo di organismi, lo sviluppo dei cambiamenti in un insieme degli organismi del discendente può essere tenuto la carreggiata.

In virologia, un clade descrive i gruppi di simili virus basati sulle loro sequenze genetiche ed i cambiamenti in quei virus possono anche essere tenuti la carreggiata facendo uso di filogenesi. Il sequenziamento del genoma rapido è il metodo da cui gli sviluppi nel trucco genomica di un virus possono essere tenuti la carreggiata.

SARS-CoV-2 è stesso un clade all'interno dei coronaviridae della famiglia e del genere betacoronavirus. Generalmente, le variazioni genetiche di un virus sono raggruppate nei clades, che possono anche essere chiamati sottotipi, genotipi, o gruppi.

Il sequenziamento del genoma rapido può contribuire a risolvere rapidamente dove una persona è stato infettata con certo clade di SARS-CoV-2. Per esempio, i primi quattro casi di COVID-19 in New South Wales, Australia, sono risultati strettamente connessi allo sforzo dominante di SARS-CoV-2 trovato a Wuhan e questi primi quattro casi erano tutti nella gente che recentemente aveva ritornato dal viaggio in Cina. Ciò ha significato che il viaggio potrebbe poi essere limitato fra la Cina e l'Australia per limitare i numeri della gente infettata che viaggia a e dai due paesi.

Come discusso in un documento di evoluzione del virus, pubblicato nell'aprile 2020, le casse egualmente sono state tenute la carreggiata dall'Australia nell'Iran, in cui è stato trovato che i genoma erano tutti da un gruppo monophyletic caratterizzato dalle tre sostituzioni del nucleotide nel genoma SARS-CoV-2, una volta confrontato allo sforzo del prototipo da Wuhan.

Che cosa sono i clades differenti SARS-CoV-2?

L'11 agosto 2020, c'era oltre 52.600 genoma di alto-copertura e completi disponibili dietro l'iniziativa globale sulla divisione dei dati di influenza aviaria (GISAID).

Uno studio pubblicato il 22 agosto 2020 nel giornale internazionale delle malattie infettive (IJID), trovato che c'erano cinque clades di SARS-CoV-2 che sono stati caratterizzati da 11 mutazione importante universalmente. C'era una dominanza aumentata di uno o due clades in ogni posizione geografica inclusa nello studio.

I cinque clades erano:

  • D392
  • G614
  • I378
  • S84
  • V251

Clade G614 il più ampiamente è stato sparso Europa ed in America settentrionale dopo essere stato introdotto nei continenti dalla gente che viaggia dalla Cina e la dominanza di clade G614 potrebbe essere dovuto la longevità aumentata del virus che questa mutazione particolare causa.

La maggior parte dei genoma che non sono stati categorizzati in un clade importante dallo studio è trovata in Asia ed è stata individuata presto nella pandemia.

Tuttavia, è importante notare che questo studio è stato limitato dall'intervallo dei dati genomica disponibili, che sono venuto soltanto da determinate regioni. Di conseguenza, i nuovi clades possono diventare evidenti in futuro mentre le regioni più geografiche mettono a disposizione i dati genomica.

Una ricerca differente effettuata dall'organizzazione mondiale della sanità (WHO) indicata come il genoma SARS-CoV-2 si è evoluto mentre si è sparso attraverso il mondo. Questa ricerca non ha mostrato come queste evoluzioni hanno cambiato la virulenza del virus, ma ha indicato che il clade più comune SARS-CoV-2 era la variante di D614G all'interno dei sei clades e 14 subclades che ha identificato.

La ricerca ha compreso 10.022 genoma SARS-CoV-2 da 68 paesi differenti. Nel totale, il WHO ha individuato 65.776 varianti e 5.775 varianti distinte, che hanno compreso:

  • 2.969 mutazioni di senso sbagliato
  • 1.965 mutazioni sinonime
  • 484 mutazioni nelle regioni di non codifica
  • 142 eliminazioni di non codifica
  • 100 eliminazioni del in-fotogramma
  • 66 inserzioni di non codifica
  • 36 arresto-hanno guadagnato le varianti
  • 11 eliminazione di alterazione dello schema di lettura
  • Due inserzioni del in-fotogramma.

La variante di D614G è situata nell'epitopo del linfocita B ed è stata trovata per avere una regione molto immunodominant, che può pregiudicare come un vaccino può lavorare contro di.

Il più grande clade trovato nello studio del WHO era D614G, che ha cinque subclades connessi con. La variante di non codifica 241C > T, con 3037C > T e ORF1ab P4715L sono stati trovati nella maggior parte dei campioni nel clade di D614G.

Ulteriormente, quasi ogni sforzo che ha avuto una mutazione di D614G ha caratterizzato le mutazioni in proteine che gestiscono la replicazione virale, che ha implicazioni per quanto il virus può moltiplicarsi rapidamente. Questa proteina particolare è che obiettivo antivirale del remdesivir e del favipiravir delle droghe. Potrebbe essere possibile che gli sforzi di SARS-CoV-2 diventassero rapidamente resistenti alle droghe che mirano a queste proteine.

Il clade secondo più esteso identificato dallo studio del WHO era L84S, che comprende due subclades. L84S era un clade trovato nella gente che viaggia da Wuhan nelle fasi in anticipo dello scoppio SARS-CoV-2.

Lo studio augusto nel IJID ha specificato che mentre la replica del genoma sta presentandosi nel host, SARS-CoV-2 subisce le mutazioni del genoma che possono essere passate sopra ai genoma del discendente ed ai nuovi host mentre sono sparse fra la gente.

Dove il Clades differente è situato nel mondo?

La pandemia SARS-CoV-2 ha pregiudicato 188 paesi in ogni continente eccetto l'Antartide.

Il clade di A2a, che è stato introdotto in New York attraverso Europa e l'Italia, è concentrato sulla costa Est di U.S.A.

Il clade1 di B predomina sulla costa ovest di U.S.A.

Il clade614 di G è stato diffuso globalmente, mentre alle fasi iniziali della pandemia, S84 era il clade predominante in Asia quando i genoma unassigned si escludono.

Le informazioni nella ricerca del WHO sulle posizioni in cui i determinati clades e subclades sono comuni includono:

  • L84S/p5828L/ subclade in U.S.A.
  • G251V nel Regno Unito, in Australia, U.S.A. ed in Islanda.

Riassunto

SARS-CoV-2 è risultato essere un virus geneticamente diverso che ora è diventato endemico presso gli esseri umani. Identificando e tenendo la carreggiata i clades che diventano dominanti in determinate regioni geografiche possono informare lo sviluppo di efficace vaccinazione, poichè determinate droghe antivirali non possono lavorare contro i moduli mutati del virus, o i clades del virus che hanno sviluppato la resistenza con la mutazione genomica.

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Last Updated: Sep 23, 2020

Lois Zoppi

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Lois Zoppi

Lois is a freelance copywriter based in the UK. She graduated from the University of Sussex with a BA in Media Practice, having specialized in screenwriting. She maintains a focus on anxiety disorders and depression and aims to explore other areas of mental health including dissociative disorders such as maladaptive daydreaming.

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