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Clades viral de SARS-CoV-2

O coronavirus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2) começou rapidamente a transformar-se desde sua manifestação em dezembro de 2019 em Wuhan, China. As mutações são comuns nos coronaviruses, e SARS-CoV-2 foi encontrado para ter muitos clades diferentes.

Estes clades podem dar a cientistas a informação em onde determinadas tensões do vírus são concentradas, e em como estes clades diferentes podem impactar a virulência de SARS-CoV-2, a velocidade da propagação da doença, e sua resistência às medicamentações antivirosas.

Vírus SARS-CoV-2Crédito de imagem: Andrii Vodolazhskyi/Shutterstock.com

Estes clades podem dar a cientistas a informação em onde determinadas tensões do vírus são concentradas, e em como estes clades diferentes podem impactar a virulência de SARS-CoV-2, a velocidade da propagação da doença, e sua resistência às medicamentações antivirosas.

Que é um clade?

Um clade é um termo para um grupo de organismos que todos originam de um antepassado comum, e é amplamente utilizado na biologia. Usando a filogenia, que é a história evolucionária de um grupo de organismos, a revelação das mudanças em um grupo de organismos do descendente pode ser seguida.

Na virologia, um clade descreve grupos de vírus similares baseados em suas seqüências genéticas, e as mudanças naqueles vírus podem igualmente ser seguidas usando a filogenia. Arranjar em seqüência rápido do genoma é o método por que as revelações na composição genomic de um vírus podem ser seguidas.

SARS-CoV-2 é próprio um clade dentro dos coronaviridae da família e do género betacoronavirus. Geralmente, as variações genéticas de um vírus são agrupadas nos clades, que podem igualmente ser chamados subtipos, genótipo, ou grupos.

Arranjar em seqüência rápido do genoma pode ajudar a dar certo rapidamente onde uma pessoa se tornou contaminada com algum clade de SARS-CoV-2. Por exemplo, os primeiros quatro exemplos de COVID-19 em Novo Gales do Sul, Austrália, foram encontrados para ser estreitamente relacionados à tensão dominante de SARS-CoV-2 encontrado em Wuhan, e estes primeiros quatro casos estavam todos nos povos que tinham retornado recentemente da viagem em China. Isto significou que o curso poderia então ser restrito entre China e Austrália para limitar os números de povos contaminados que viajam a e dos dois países.

Como discutido em um papel da evolução do vírus, publicado em abril de 2020, as caixas foram seguidas igualmente de Austrália a Irã, onde se encontrou que todos os genomas eram de um grupo monophyletic caracterizado por três substituições do nucleotide no genoma SARS-CoV-2, quando comparado à tensão do protótipo de Wuhan.

Evolução do genoma SARS-CoV-2

Uma investigação publicou em junho de 2020 e realizado pela Organização Mundial de Saúde (WHO) mostrou como o genoma SARS-CoV-2 evoluiu enquanto espalhou através do mundo. Esta investigação não mostrou como estas evoluções mudaram a virulência do vírus, mas mostrou que o clade SARS-CoV-2 o mais comum era a variação de D614G dentro dos seis clades e 14 subclades que identificou.

A investigação incluiu 10.022 genomas SARS-CoV-2 de 68 países diferentes. No total, o WHO detectou 65.776 variações e 5.775 variações distintas, que compreenderam:

  • 2.969 mutações missense
  • 1.965 mutações sinónimas
  • 484 mutações em regiões da não-codificação
  • 142 supressões da não-codificação
  • 100 supressões do em-quadro
  • 66 inserções da não-codificação
  • 36 parada-ganharam variações
  • 11 supressões do frameshift
  • Duas inserções do em-quadro.

Desde então, os números terão aumentado.

A variação de D614G é ficada situada no resumo da B-pilha e foi encontrada para ter uma região muito immunodominant, que possa afectar como bom uma vacina pode trabalhar contra ela.

O clade o maior encontrado no estudo do WHO era D614G, que teve cinco subclades associados com ele. A variação da não-codificação 241C > T, junto com 3037C > T, e ORF1ab P4715L foram encontrados na maioria das amostras no clade de D614G.

Adicionalmente, quase cada tensão que teve uma mutação de D614G caracterizou mutações nas proteínas que controlam a réplica viral, que tem implicações para como rapidamente o vírus pode multiplicar. Esta proteína particular é que alvo antiviroso do remdesivir e do favipiravir das drogas. Poderia ser possível que as tensões de SARS-CoV-2 se tornam rapidamente resistentes às drogas que visam estas proteínas.

O segundo-grande clade identificado pelo estudo do WHO era L84S, que compreende dois subclades. L84S era um clade encontrado nos povos que viajam de Wuhan nas fases adiantadas da manifestação SARS-CoV-2.

Que são os clades SARS-CoV-2 diferentes?

Há umas nomenclaturas diferentes do múltiplo para os clades SARS-CoV-2. Cada organização de saúde pode usar seu próprio identificador para variações diferentes.

Nomenclatura do PANGOLIN

A atribuição filogenética da equipe nomeada do software das linhagens de Global Manifestação (PANGOLIN) props a nomenclatura para os clades SARS-CoV-2 em uns 2020) artigos de Rambaut e outros (. Isto contem as linhagens principais de A, de B, de B.1, de B.1.1, de B.1.177 e de B.1.1.7. Estas linhagens dividem-se acima mais.

Os nomes geralmente usados das tensões por exemplo (sul - africano que origina) a tensão B.1.1.7 (Ingleses que originam) e B.1.351 derivam-se deste.

A é a tensão original usada como uma seqüência da referência.

A nomenclatura de GISAID

Há muitos milhares de genomas completos e da alto-cobertura disponíveis na iniciativa global em compartilhar os dados da gripe das aves (GISAID).

GISAID separa os clades de SARS-CoV-2 em S, em O, em L, em V, em G, em GH, em GR, em GV, e em GRY.

O S e o L clades estavam ao redor no início da pandemia. S continuou a ser predominante inicialmente enquanto L separação em G e uma separação mais adicional de V.G na GR e no GH, e então um GV mais atrasado. A GR rachou em GRY depois de julho de 2020. As letras vêm das mutações que fizeram com que ramificassem.

O clade de G é equivalente à linhagem de PANGO B.1, com a GR que representa a linhagem de PANGO B.1.1. O clade de S é equivalente à linhagem de PANGO A (o vírus original, à seqüência zero, usada como a referência), e a costa de V é linhagem de PANGO B.2. L é uma outra eaerly linhagem. O representa outro que não combina os critérios genéticos dos outros clades.

O clade de G e seus ramos subseqüentes incluem a tensão de S-D614G.

Os dados actuais de GISAID na árvore filogenética e na distribuição geográfica e temporal destes clades podem ser vistos aqui.

No início da pandemia, dos clades em janeiro de 2020, de L, de S e de O teve a maioria. Os estes diminuídos toda como o clade de G e seus descendentes aumentaram na proporção sobre o próximo ano. Em março de 2021, os clades de L, de S e de O não constituem quase nada, com o clade novo de GRY que toma acima da proporção a mais grande dos clades de G.

O clade de GRY representa a tensão B.1.1.7 que originou em Grâ Bretanha e tem desde a propagação através do globo sobre a 90 países.

Nomenclatura de Nextstrain

Alternativamente, Nextstrain divide as tensões SARS-CoV-2 em 19A, 19B, 20A, 20B, 20C, 20D, 20E, 20F, 20G, 20H, 20I, 20 árvores de J. Filogenética e os mapas temporais geográficos podem ser vistos para estas classificações aqui.  

Dentro destes clades, 19B é a tensão original da referência. 20I/501Y.V1 refere a variação B.1.1.7 que originou em Grâ Bretanha; 20H/501Y.V2 refere a tensão B.1.351 que originou em África do Sul; e 20J/501Y.V3 refere a tensão P.1 que originou e propagação de Brasil.

Uma lima externo que guardare uma imagem, uma ilustração, etc.Comparação esquemática das nomenclaturas de GISAID, de Nextstrain e de cov-lineages.org para as seqüências SARS-CoV-2 da origem mundial, fevereiro-julho de 2020. Crédito de imagem: Alm e outros 2020, Eurosurveillance

Variações do interesse

Há actualmente as variações selecionadas do ` do interesse' que originaram em alguns lugar geográficos e desde que propagação global devido às mutações que causam o transmissibility aumentado. Estão causando o interesse devido à propagação larga e à eficácia reduzida de algumas respostas das vacinas ou do anticorpo através de algumas das tensões.

Estes incluem a tensão B.1.1.7, a tensão B.1.351 e a tensão P.1 (usando a terminologia da linhagem do PANGOLIN).

Sumário

SARS-CoV-2 provou ser um vírus genetically diverso que se tornasse agora endémico dentro dos seres humanos. Identificando e seguindo os clades que se tornam dominantes em determinadas regiões geográficas podem informar a revelação da vacinação eficaz, porque as determinadas drogas ou vacinas antivirosas não podem trabalhar ou ser como eficaz contra formulários transformados do vírus, ou os clades do vírus que desenvolveram a resistência com a mutação genomic.

Há uns sistemas de nomeação diferentes do múltiplo para os clades de SARS-CoV-2, mas todo são enraizadas na mesma análise genética e permitem o seguimento de variações diferentes geogràfica e a compreensão de como evoluíram.

Referências

Further Reading

Last Updated: Mar 23, 2021

Lois Zoppi

Written by

Lois Zoppi

Lois is a freelance copywriter based in the UK. She graduated from the University of Sussex with a BA in Media Practice, having specialized in screenwriting. She maintains a focus on anxiety disorders and depression and aims to explore other areas of mental health including dissociative disorders such as maladaptive daydreaming.

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