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Clades viral de SARS-CoV-2

SARS-CoV-2, desde sua manifestação em dezembro de 2019 em Wuhan, província de Hubei, China, começou rapidamente a transformar-se. As mutações são comuns nos coronaviruses, e SARS-CoV-2 foi encontrado para ter muitos clades diferentes.

Vírus SARS-CoV-2

Crédito de imagem: Andrii Vodolazhskyi/Shutterstock.com

Estes clades podem dar a cientistas a informação em onde determinadas tensões do vírus são concentradas, e em como estes clades diferentes podem impactar a virulência de SARS-CoV-2, a velocidade da propagação da doença, e sua resistência às medicamentações antivirosas.

Que é um clade?

Um clade é um termo para um grupo de organismos que todos originam de um antepassado comum, e é amplamente utilizado na biologia. Usando a filogenia, que é a história evolucionária de um grupo de organismos, a revelação das mudanças em um grupo de organismos do descendente pode ser seguida.

Na virologia, um clade descreve grupos de vírus similares baseados em suas seqüências genéticas, e as mudanças naqueles vírus podem igualmente ser seguidas usando a filogenia. Arranjar em seqüência rápido do genoma é o método por que as revelações na composição genomic de um vírus podem ser seguidas.

SARS-CoV-2 é próprio um clade dentro dos coronaviridae da família e do género betacoronavirus. Geralmente, as variações genéticas de um vírus são agrupadas nos clades, que podem igualmente ser chamados subtipos, genótipo, ou grupos.

Arranjar em seqüência rápido do genoma pode ajudar a dar certo rapidamente onde uma pessoa se tornou contaminada com algum clade de SARS-CoV-2. Por exemplo, os primeiros quatro exemplos de COVID-19 em Novo Gales do Sul, Austrália, foram encontrados para ser estreitamente relacionados à tensão dominante de SARS-CoV-2 encontrado em Wuhan, e estes primeiros quatro casos estavam todos nos povos que tinham retornado recentemente da viagem em China. Isto significou que o curso poderia então ser restrito entre China e Austrália para limitar os números de povos contaminados que viajam a e dos dois países.

Como discutido em um papel da evolução do vírus, publicado em abril de 2020, as caixas foram seguidas igualmente de Austrália a Irã, onde se encontrou que todos os genomas eram de um grupo monophyletic caracterizado por três substituições do nucleotide no genoma SARS-CoV-2, quando comparado à tensão do protótipo de Wuhan.

Que são os clades SARS-CoV-2 diferentes?

O 11 de agosto de 2020, havia sobre 52.600 genomas completos e da alto-cobertura disponíveis na iniciativa global em compartilhar os dados da gripe das aves (GISAID).

Um estudo publicado no jornal internacional das doenças infecciosas (IJID) o 22 de agosto de 2020, encontrado que havia cinco clades de SARS-CoV-2 que foram caracterizados por 11 mutações principais no mundo inteiro. Havia um domínio aumentado de um ou dois clades em cada lugar geográfico incluído no estudo.

Os cinco clades eram:

  • D392
  • G614
  • Mim378
  • S84
  • V251

Clade G614 foi espalhado o mais extensamente em Europa e em America do Norte após ser trazido nos continentes pelos povos que viajam de China, e o domínio do clade G614 poderia ser devido à longevidade aumentada do vírus que esta mutação particular causa.

A maioria dos genomas que não foram categorizados em um clade principal pelo estudo é encontrada em Ásia e foi detectada cedo na pandemia.

Contudo, é importante notar que este estudo estêve limitado pela escala dos dados genomic disponíveis, que vieram somente de determinadas regiões. Em conseqüência, os clades novos podem tornar-se aparentes no futuro enquanto umas regiões mais geográficas fazem dados genomic disponíveis.

Uma investigação diferente realizada pela Organização Mundial de Saúde (WHO) mostrada como o genoma SARS-CoV-2 evoluiu enquanto espalhou através do mundo. Esta investigação não mostrou como estas evoluções mudaram a virulência do vírus, mas mostrou que o clade SARS-CoV-2 o mais comum era a variação de D614G dentro dos seis clades e 14 subclades que identificou.

A investigação incluiu 10.022 genomas SARS-CoV-2 de 68 países diferentes. No total, o WHO detectou 65.776 variações e 5.775 variações distintas, que compreenderam:

  • 2.969 mutações missense
  • 1.965 mutações sinónimas
  • 484 mutações em regiões da não-codificação
  • 142 supressões da não-codificação
  • 100 supressões do em-quadro
  • 66 inserções da não-codificação
  • 36 parada-ganharam variações
  • 11 supressões do frameshift
  • Duas inserções do em-quadro.

A variação de D614G é ficada situada no resumo da B-pilha e foi encontrada para ter uma região muito immunodominant, que possa afectar como bom uma vacina pode trabalhar contra ela.

O clade o maior encontrado no estudo do WHO era D614G, que tem cinco subclades associados com ele. A variação da não-codificação 241C > T, junto com 3037C > T, e ORF1ab P4715L foram encontrados na maioria das amostras no clade de D614G.

Adicionalmente, quase cada tensão que teve uma mutação de D614G caracterizou mutações nas proteínas que controlam a réplica viral, que tem implicações para como rapidamente o vírus pode multiplicar. Esta proteína particular é que alvo antiviroso do remdesivir e do favipiravir das drogas. Poderia ser possível que as tensões de SARS-CoV-2 se tornam rapidamente resistentes às drogas que visam estas proteínas.

O segundo-grande clade identificado pelo estudo do WHO era L84S, que compreende dois subclades. L84S era um clade encontrado nos povos que viajam de Wuhan nas fases adiantadas da manifestação SARS-CoV-2.

O estudo de agosto no IJID indicou que quando a réplica do genoma ocorrer no anfitrião, SARS-CoV-2 se submete às mutações do genoma que podem ser passadas sobre aos genomas do descendente e aos anfitriões novos enquanto são espalhadas entre povos.

Onde o Clades diferente é ficado situado no mundo?

A pandemia SARS-CoV-2 afectou 188 países em cada continente exceto a Antárctica.

O clade de A2a, que foi introduzido em New York através de Europa e de Itália, é concentrado na costa leste dos EUA.

O clade1 de B predomina na costa oeste dos EUA.

O clade614 de G tornou-se difundido global, quando nas fases iniciais da pandemia, S84 era o clade predominante em Ásia quando os genomas unassigned são excluídos.

A informação na investigação do WHO nos lugar em que os determinados clades e subclades são comuns inclui:

  • L84S/p5828L/ subclade nos EUA
  • G251V no Reino Unido, na Austrália, nos EUA, e na Islândia.

Sumário

SARS-CoV-2 provou ser um vírus genetically diverso que se tornasse agora endémico dentro dos seres humanos. Identificando e seguindo os clades que se tornam dominantes em determinadas regiões geográficas podem informar a revelação da vacinação eficaz, porque determinadas drogas antivirosas não podem trabalhar contra formulários transformados do vírus, ou os clades do vírus que desenvolveram a resistência com a mutação genomic.

Fontes

Further Reading

Last Updated: Sep 23, 2020

Lois Zoppi

Written by

Lois Zoppi

Lois is a freelance copywriter based in the UK. She graduated from the University of Sussex with a BA in Media Practice, having specialized in screenwriting. She maintains a focus on anxiety disorders and depression and aims to explore other areas of mental health including dissociative disorders such as maladaptive daydreaming.

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