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Clades viral de SARS-CoV-2

El coronavirus 2 (SARS-CoV-2) de la neumonía asiática ha comenzado rápidamente a transformarse desde su brote en diciembre de 2019 en Wuhan, China. Las mutaciones son comunes en coronaviruses, y SARS-CoV-2 se ha encontrado para tener muchos diversos clades.

Estos clades pueden dar a científicos la información sobre donde ciertas deformaciones del virus se concentran, y cómo estos diversos clades pueden afectar la virulencia de SARS-CoV-2, la velocidad de la extensión de la enfermedad, y su resistencia a las medicaciones antivirus.

Virus SARS-CoV-2Haber de imagen: Andrii Vodolazhskyi/Shutterstock.com

Estos clades pueden dar a científicos la información sobre donde ciertas deformaciones del virus se concentran, y cómo estos diversos clades pueden afectar la virulencia de SARS-CoV-2, la velocidad de la extensión de la enfermedad, y su resistencia a las medicaciones antivirus.

¿Cuál es un clade?

Un clade es un término para un grupo de los organismos que todo origina de un antepasado común, y es ampliamente utilizado en biología. Usando la filogenia, que es la historia evolutiva de un grupo de organismos, el revelado de cambios en un equipo de organismos del descendiente puede ser rastreado.

En virología, un clade describe los grupos de virus similares basados en sus series genéticas, y los cambios en esos virus se pueden también rastrear usando filogenia. La secuencia rápida del genoma es el método por el cual los progresos en el maquillaje genomic de un virus pueden ser rastreados.

SARS-CoV-2 es sí mismo un clade dentro de los coronaviridae y del género betacoronavirus de la familia. Generalmente, las variaciones genéticas de un virus se agrupan en los clades, que se pueden también llamar los subtipos, los genotipos, o los grupos.

La secuencia rápida del genoma puede ayudar a resolverse rápidamente donde una persona se ha infectado con cierto clade de SARS-CoV-2. Por ejemplo, los primeros cuatro casos de COVID-19 en Nuevo Gales del Sur, Australia, fueron encontrados para estar estrechamente vinculados a la deformación dominante de SARS-CoV-2 encontrado en Wuhan, y estos primeros cuatro casos estaban todos en la gente que había vuelto recientemente de viajar en China. Esto significó que el viaje podría entonces ser reservado entre China y Australia para limitar los números de gente infectada que viajaba a y desde los dos países.

Como se debate en un papel de la evolución del virus, publicado en abril de 2020, las cajas también fueron rastreadas de Australia a Irán, en donde fue encontrado que los genomas eran todos a partir de un grupo monofilético caracterizado por tres substituciones del nucleótido en el genoma SARS-CoV-2, cuando está comparado a la deformación del prototipo de Wuhan.

Evolución del genoma SARS-CoV-2

Una investigación publicó en junio de 2020 y realizado por la Organización Mundial de la Salud (WHO) mostró cómo el genoma SARS-CoV-2 se ha desarrollado mientras que se ha extendido a través del mundo. Esta investigación no mostró cómo esta evolución cambió la virulencia del virus, pero mostró que el clade más común SARS-CoV-2 era la variante de D614G dentro de los seis clades y 14 subclades que determinó.

La investigación incluyó 10.022 genomas SARS-CoV-2 a partir de 68 países diferentes. En total, el WHO descubrió 65.776 variantes y 5.775 variantes distintas, que comprendieron:

  • 2.969 mutaciones sin sentido
  • 1.965 mutaciones sinónimas
  • 484 mutaciones en regiones de la no-codificación
  • 142 supresiones de la no-codificación
  • 100 supresiones del en-marco
  • 66 inserciones de la no-codificación
  • 36 parada-ganaron variantes
  • 11 supresiones del mutágeno 'frameshift'
  • Dos inserciones del en-marco.

Desde entonces, los números habrán aumentado.

La variante de D614G está situada en el epitopo del linfocito B y se ha encontrado para tener una región muy immunodominant, que puede afectar a como de bien una vacuna puede trabajar contra ella.

El clade más grande encontrado en el estudio del WHO era D614G, que tenía cinco subclades asociados a él. La variante de la no-codificación 241C > T, junto con 3037C > T, y ORF1ab P4715L fueron encontrados en la mayor parte de las muestras en el clade de D614G.

Además, casi cada deformación que tenía una mutación de D614G ofreció mutaciones en las proteínas que controlan la réplica viral, que tiene implicaciones para cómo el virus puede multiplicarse rápidamente. Esta proteína determinada es qué objetivo antivirus del remdesivir y del favipiravir de las drogas. Podría ser posible que las deformaciones de SARS-CoV-2 llegan a ser rápidamente resistentes a las drogas que apuntan estas proteínas.

El segundo mayor clade determinado por el estudio del WHO era L84S, que comprende dos subclades. L84S era un clade encontrado en la gente que viajaba de Wuhan en las fases tempranas del brote SARS-CoV-2.

¿Cuáles son los diversos clades SARS-CoV-2?

Hay diversas nomenclaturas del múltiplo para los clades SARS-CoV-2. Cada organización de salud puede utilizar su propio identificador para diversas variantes.

Nomenclatura del PANGOLIN

La asignación filogenética de las personas nombradas del software de los linajes Global Outbreak (PANGOLIN) propuso la nomenclatura para los clades SARS-CoV-2 en 2020) artículos de Rambaut y otros (. Esto contiene los linajes principales de A, de B, de B.1, de B.1.1, de B.1.177 y de B.1.1.7. Estos linajes dividen hacia arriba más lejos.

Los nombres generalmente usados de deformaciones e.g (el originar surafricano) la deformación B.1.1.7 (británicos que originan) y B.1.351 derivan de esto.

A es la deformación original usada como serie de la referencia.

La nomenclatura de GISAID

Hay muchos millares de genomas completos y del alto-abrigo disponibles en la iniciativa global en la distribución de los datos de la gripe aviar (GISAID).

GISAID separa los clades de SARS-CoV-2 en S, O, L, V, G, el GH, GR, GV, y GRY.

El S y el L clades estaban alrededor al principio del pandémico. S inicialmente mientras que L partido en G y V.G partió más lejos en GR y el GH, y después continuó ser frecuente GV posterior. GR partió en GRY después de julio de 2020. Las cartas vienen de las mutaciones que las hicieron ramificarse.

El clade de G es equivalente al linaje de PANGO B.1, con GR representando linaje de PANGO B.1.1. El clade de S es equivalente al linaje de PANGO A (el virus original, a la serie cero, usada como la referencia), y el cabo de V es linaje de PANGO B.2. L es otro eaerly linaje. O representa otros que no igualen las consideraciones genéticas de los otros clades.

El clade de G y sus brazos subsiguientes incluyen la deformación de S-D614G.

Los datos actuales de GISAID sobre el árbol filogenético y la distribución geográfica y temporal de estos clades se pueden ver aquí.

Al principio del pandémico, de los clades en enero de 2020, de L, de S y de O tenía la mayoría. Estos disminuidos todo como el clade de G y sus descendientes aumentaron de la proporción durante el próximo año. En marzo de 2021, los clades de L, de S y de O no constituyen casi nada, con el nuevo clade de GRY tomando la proporción más grande de los clades de G.

El clade de GRY representa la deformación B.1.1.7 que originó en Gran Bretaña y tiene desde la extensión a través del globo sobre a 90 países.

Nomenclatura de Nextstrain

Alternativamente, Nextstrain divide las deformaciones SARS-CoV-2 en 19A, 19B, 20A, 20B, 20C, 20D, 20E, 20F, 20G, 20H, 20I, 20 árboles de J. Phylogenetic y los mapas temporales geográficos se pueden ver para estas clasificaciones aquí.  

Dentro de estos clades, 19B es la deformación original de la referencia. 20I/501Y.V1 refiere a la variante B.1.1.7 que originó en Gran Bretaña; 20H/501Y.V2 refiere a la deformación B.1.351 que originó en Suráfrica; y 20J/501Y.V3 refiere a la deformación P.1 que originó y extensión del Brasil.

Un archivo externo que espera un retrato, un ejemplo, un etc.Comparación esquemática de las nomenclaturas de GISAID, de Nextstrain y de cov-lineages.org para las series SARS-CoV-2 del origen mundial, febrero-julio de 2020. Haber de imagen: Alm y otros 2020, Eurosurveillance

Variantes de la preocupación

Hay actualmente las variantes seleccionadas del ` de la preocupación' que han originado en algunas situaciones geográficas y puesto que extensión global debido a las mutaciones que causan transmisibilidad creciente. Están causando la preocupación debido a la extensión amplia y a la eficacia reducida de algunas reacciones de las vacunas o del anticuerpo a través de algunas de las deformaciones.

Éstos incluyen la deformación B.1.1.7, la deformación B.1.351 y la deformación P.1 (usando terminología del linaje del PANGOLIN).

Del WHO sistema de nombramiento del announceda recientemente el nuevo para estas variantes para ofrecer una manera más práctica y más fácil de referirles, determinado en contextos no-científicos. Este sistema de nombramiento utiliza la rotulación griega.

Cuadro 1. El sistema griego de la rotulación para nombrar las variantes SARS-CoV-2 y sus equivalentes del linaje del PANGOLIN.

Resumen

SARS-CoV-2 ha demostrado ser un virus genético diverso que ha llegado a ser endémico ahora dentro de seres humanos. Determinando y rastreando los clades que llegan a ser dominantes en ciertas regiones geográficas pueden informar al revelado la vacunación efectiva, pues las ciertas drogas o vacunas antivirus pueden trabajar o no estar como efectivas contra las formas transformadas del virus, o los clades del virus que han desarrollado resistencia con la mutación genomic.

Hay diversos sistemas de nombramiento del múltiplo para los clades de SARS-CoV-2, pero todos se arraigan en el mismo análisis genético y permiten la búsqueda de diversas variantes geográficamente y la comprensión de cómo se han desarrollado.

Referencias

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Last Updated: Jun 3, 2021

Lois Zoppi

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Lois Zoppi

Lois is a freelance copywriter based in the UK. She graduated from the University of Sussex with a BA in Media Practice, having specialized in screenwriting. She maintains a focus on anxiety disorders and depression and aims to explore other areas of mental health including dissociative disorders such as maladaptive daydreaming.

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