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Clades viral de SARS-CoV-2

SARS-CoV-2, desde su brote en diciembre de 2019 en Wuhan, provincia de Hubei, China, ha comenzado rápidamente a transformarse. Las mutaciones son comunes en coronaviruses, y SARS-CoV-2 se ha encontrado para tener muchos diversos clades.

Virus SARS-CoV-2

Haber de imagen: Andrii Vodolazhskyi/Shutterstock.com

Estos clades pueden dar a científicos la información sobre donde ciertas deformaciones del virus se concentran, y cómo estos diversos clades pueden afectar la virulencia de SARS-CoV-2, la velocidad de la extensión de la enfermedad, y su resistencia a las medicaciones antivirus.

¿Cuál es un clade?

Un clade es un término para un grupo de los organismos que todo origina de un antepasado común, y es ampliamente utilizado en biología. Usando la filogenia, que es la historia evolutiva de un grupo de organismos, el revelado de cambios en un equipo de organismos del descendiente puede ser rastreado.

En virología, un clade describe los grupos de virus similares basados en sus series genéticas, y los cambios en esos virus se pueden también rastrear usando filogenia. La secuencia rápida del genoma es el método por el cual los progresos en el maquillaje genomic de un virus pueden ser rastreados.

SARS-CoV-2 es sí mismo un clade dentro de los coronaviridae y del género betacoronavirus de la familia. Generalmente, las variaciones genéticas de un virus se agrupan en los clades, que se pueden también llamar los subtipos, los genotipos, o los grupos.

La secuencia rápida del genoma puede ayudar a resolverse rápidamente donde una persona se ha infectado con cierto clade de SARS-CoV-2. Por ejemplo, los primeros cuatro casos de COVID-19 en Nuevo Gales del Sur, Australia, fueron encontrados para estar estrechamente vinculados a la deformación dominante de SARS-CoV-2 encontrado en Wuhan, y estos primeros cuatro casos estaban todos en la gente que había vuelto recientemente de viajar en China. Esto significó que el viaje podría entonces ser reservado entre China y Australia para limitar los números de gente infectada que viajaba a y desde los dos países.

Como se debate en un papel de la evolución del virus, publicado en abril de 2020, las cajas también fueron rastreadas de Australia a Irán, en donde fue encontrado que los genomas eran todos a partir de un grupo monofilético caracterizado por tres substituciones del nucleótido en el genoma SARS-CoV-2, cuando está comparado a la deformación del prototipo de Wuhan.

¿Cuáles son los diversos clades SARS-CoV-2?

El 11 de agosto de 2020, había sobre 52.600 genomas completos y del alto-abrigo disponibles en la iniciativa global en la distribución de los datos de la gripe aviar (GISAID).

Un estudio publicado en el gorrón internacional de las enfermedades infecciosas (IJID) el 22 de agosto de 2020, encontrado que había cinco clades de SARS-CoV-2 que fueron caracterizados por 11 mutaciones importantes por todo el mundo. Había una dominación creciente de uno o dos clades en cada situación geográfica incluida en el estudio.

Los cinco clades eran:

  • D392
  • G614
  • I378
  • S84
  • V251

Clade G614 fue extendido lo más extensamente posible en Europa y Norteamérica después de ser traído en los continentes por la gente que viajaba de China, y la dominación del clade G614 podría ser debido a la longevidad creciente del virus que esta mutación determinada causa.

Encuentran en Asia y fue descubierta a la mayoría de los genomas que no han sido categorizados en un clade importante por el estudio temprano en el pandémico.

Sin embargo, es importante observar que este estudio fue limitado por el alcance de los datos genomic disponibles, que vinieron solamente de ciertas regiones. Como consecuencia, los nuevos clades pueden llegar a ser evidentes en el futuro mientras que regiones más geográficas hacen datos genomic disponibles.

Una diversa investigación realizada por la Organización Mundial de la Salud (WHO) mostrada cómo el genoma SARS-CoV-2 se ha desarrollado mientras que se ha extendido a través del mundo. Esta investigación no mostró cómo esta evolución cambió la virulencia del virus, pero mostró que el clade más común SARS-CoV-2 era la variante de D614G dentro de los seis clades y 14 subclades que determinó.

La investigación incluyó 10.022 genomas SARS-CoV-2 a partir de 68 países diferentes. En total, el WHO descubrió 65.776 variantes y 5.775 variantes distintas, que comprendieron:

  • 2.969 mutaciones sin sentido
  • 1.965 mutaciones sinónimas
  • 484 mutaciones en regiones de la no-codificación
  • 142 supresiones de la no-codificación
  • 100 supresiones del en-marco
  • 66 inserciones de la no-codificación
  • 36 parada-ganaron variantes
  • 11 supresiones del mutágeno 'frameshift'
  • Dos inserciones del en-marco.

La variante de D614G está situada en el epitopo del linfocito B y se ha encontrado para tener una región muy immunodominant, que puede afectar a como de bien una vacuna puede trabajar contra ella.

El clade más grande encontrado en el estudio del WHO era D614G, que tiene cinco subclades asociados a él. La variante de la no-codificación 241C > T, junto con 3037C > T, y ORF1ab P4715L fueron encontrados en la mayor parte de las muestras en el clade de D614G.

Además, casi cada deformación que tenía una mutación de D614G ofreció mutaciones en las proteínas que controlan la réplica viral, que tiene implicaciones para cómo el virus puede multiplicarse rápidamente. Esta proteína determinada es qué objetivo antivirus del remdesivir y del favipiravir de las drogas. Podría ser posible que las deformaciones de SARS-CoV-2 llegan a ser rápidamente resistentes a las drogas que apuntan estas proteínas.

El segundo mayor clade determinado por el estudio del WHO era L84S, que comprende dos subclades. L84S era un clade encontrado en la gente que viajaba de Wuhan en las fases tempranas del brote SARS-CoV-2.

El estudio de agosto en el IJID declaró que mientras que la réplica del genoma está ocurriendo en el ordenador principal, SARS-CoV-2 experimenta las mutaciones del genoma que se pueden pasar conectado a los genomas del descendiente y a los nuevos ordenadores principal mientras que se extienden entre la gente.

¿Dónde el diverso Clades está situado en el mundo?

El pandémico SARS-CoV-2 ha afectado a 188 países en cada continente excepto la Antártida.

El clade de A2a, que fue introducido en Nueva York a través de Europa y de Italia, se concentra en la costa este de los E.E.U.U.

El clade1 de B predomina en la costa oeste de los E.E.U.U.

El clade614 de G ha llegado a ser disperso global, mientras que en los primeros tiempos del pandémico, S84 era el clade predominante en Asia cuando se excluyen los genomas no asignados.

La información en la investigación del WHO en las situaciones en las cuales los ciertos clades y subclades son comunes incluye:

  • L84S/p5828L/ subclade en los E.E.U.U.
  • G251V en el Reino Unido, la Australia, los E.E.U.U., y la Islandia.

Resumen

SARS-CoV-2 ha demostrado ser un virus genético diverso que ha llegado a ser endémico ahora dentro de seres humanos. Determinando y rastreando los clades que llegan a ser dominantes en ciertas regiones geográficas pueden informar al revelado la vacunación efectiva, pues ciertas drogas antivirus pueden no trabajar contra las formas transformadas del virus, o los clades del virus que han desarrollado resistencia con la mutación genomic.

Fuentes

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Last Updated: Sep 23, 2020

Lois Zoppi

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Lois Zoppi

Lois is a freelance copywriter based in the UK. She graduated from the University of Sussex with a BA in Media Practice, having specialized in screenwriting. She maintains a focus on anxiety disorders and depression and aims to explore other areas of mental health including dissociative disorders such as maladaptive daydreaming.

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