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Una generalità delle analisi del RNA

La raccolta delle molecole del RNA in una cella, conosciuta come il transcriptome, tiene il tasto ad una ricchezza di informazioni utili. Può dirci dove i geni sono girati in funzione e a riposo come pure scoprendo fino a che punto il gene è attivo.

L'ordinamento del RNA è un metodo che permette che gli scienziati esaminino il transcriptome di una cella ed acquisiscano questi informazioni.

Le analisi che effettuano l'ordinamento del RNA presentano i vantaggi sopra i metodi precedenti di studio dell'espressione genica quale Sanger che ordina ed i metodi microarray basati perché forniscono una copertura più di alta risoluzione e maggior del transcriptome.

Oltre a guadagnare la visione dell'espressione genica all'interno delle celle dei tessuti e degli organi, queste analisi possono identificare le trascrizioni novelle ed i geni alternativamente impiombati del ritrovamento come pure scoprire l'espressione allele-specifica.

RNA

Credito di immagine: Petarg/Shutterstock.com

Le analisi del RNA hanno tratto giovamento dagli avanzamenti recenti nei loro trattamenti, rendente li capaci di determinazione della complessità funzionale di trascrizione. Le analisi moderne possono essere usate per esplorare il RNA totale ed i sottotipi differenti di RNA quali il pre-mRNA, il microRNA, il piccolo RNA d'interferenza e il ncRNA lungo.

Il significato delle analisi del RNA è che forniscono una trascrizione globale che profila lo strumento che è probabile essere essenziale per sviluppare la nostra comprensione di come i geni influenzano la malattia e più come pure sviluppare i nuovi strumenti diagnostici e perfino i trattamenti.

Tipi di analisi del RNA

Le classificazioni principali dell'analisi del RNA sono preparato delle biblioteche, piccolo RNA di RNA/non-coding che ordinano, ordinamento diretto del RNA e la sintesi del cDNA. Mentre questi non sono i soli metodi, sono quelle che sono affermati e già si sono provati utili all'interno di numerose discipline biologiche.

La tecnica delle biblioteche comprende tre punti generali: Isolamento del RNA, selezione del RNA/svuotamento e sintesi del cDNA. L'isolamento del RNA comprende separare il RNA dal tessuto e mescolarlo con la desossiribonucleasi.

Un gel poi è usato per misurare la degradazione del RNA e l'elettroforesi capillare calcola un numero di integrità del RNA al campione. Durante la selezione/svuotamento del RNA il RNA isolato può essere filtrato per selezionare quello che lega alle sequenze specifiche. Per concludere, il RNA è l'inverso trascritto in cDNA per permettere all'amplificazione. Questa fase permette che la sequenza sia analizzata.

La tecnica conosciuta come il piccolo ordinamento del RNA di RNA/non-coding è una modifica del metodo delle biblioteche. Comprende il RNA che è selezionato in base ad un intervallo di grandezza mirato a. Un gel di dimensione-esclusione, le perle magnetiche o un kit commercialmente sviluppato è usato per isolare la dimensione desiderata di RNA. Questo DNA isolato poi è depurato e l'inverso è trascritto in cDNA.

L'ordinamento diretto del RNA è stato stabilito per sormontare i difetti dei metodi precedenti che contano sulla conversione del RNA in cDNA, in amplificazione, in legatura ed in altre manipolazioni che introducono l'errore. il RNA diretto della Unico molecola che ordina direttamente gli usi un modo in maniera massiccia parallelo alle molecole del RNA di sequenza ed elimina questo rischio di introdurre le tendenziosità.

Per concludere, i metodi di RNA unicellulare che ordinano (scRNA-Seguenti) sono stati messi a punto per analizzare l'espressione di RNAs dalle grandi popolazioni delle celle. I metodi come i microarrays e RNA-Seguente in serie standard sono analisi comprese in questa classificazione. Possono essere usati per generare i profili di espressione di diverse celle, sebbene non forniscano un completo esaminino ogni singolo RNA espresso all'interno di una cella di campione. Piuttosto, i reticoli di espressione genica sono determinati mediante analisi per gruppi del gene, che è risultato essere cruciale nell'identificazione dei tipi rari delle cellule.

I più nuovi metodi comprendono transcriptase-PCR quantitativa dell'inverso (qRT-PCR), un metodo che conta ancora sulla trascrizione di RNA a cDNA, che poi è usato come modello per la reazione del qPCR. Questo metodo già è stato utilizzato in parecchie applicazioni quali la convalida di RNAi, l'analisi di espressione genica, la convalida di microarray, il test genetico, la rilevazione dell'agente patogeno e la ricerca di malattia.

Altri metodi recentemente evolventesi includono il RNA di prossima generazione che ordina e multiplexano la tecnologia colore-codificata digitale del codice a barre, che è stata utilizzata recentemente negli studi di quelle con il non piccolo cancro polmonare delle cellule.

Uso clinico delle analisi del RNA

Le analisi del RNA sono stato affermate in varie applicazioni cliniche. Hanno dimostrato il loro uso nello sviluppare la nostra conoscenza di e nell'assistenza nella diagnosi, nella prognosi e nella valutazione dell'idoneità terapeutica in parecchie malattie, quali i tipi differenti di cancro, di varie malattie infettive e di infezioni quale HPV.

Le tecniche egualmente hanno determinato la considerevole comprensione nello sviluppo degli embrioni e degli organismi.

Possibilmente la funzione più apprezzata delle analisi del RNA è nell'identificazione le fusioni del gene e dell'espressione differenziale delle trascrizioni che già sono riconosciute come essendo fondamentali nell'inizio della malattia. C'è un gran opportunità utilizzare le analisi del RNA in questo campo.

Inoltre, le analisi del RNA stanno utilizzande nella ricerca che finalmente urterà il paesaggio clinico. Per esempio, RNAs extracellulare sta esplorando come indicatori diagnostici non invadenti potenziali della malattia. Mentre la ricerca continua possiamo vedere lo sviluppo degli standard del benchmark e dell'ottimizzazione di analisi in questa area, aprente la fino all'uso clinico a questo fine.

Il futuro ha potuto vedere queste analisi contribuire a sviluppare le molecole del RNA come agenti terapeutici. Gli sviluppi futuri sono egualmente probabili vedere il miglioramento delle analisi del RNA, aprente li fino all'uso nelle più applicazioni, soprattutto nei campi della malattia autoimmune, dello sviluppo, della malattia infettiva, dell'oncologia e della neurologia.

Sorgenti:

  • Cattani, P., Siddu, A., D'Onghia, S., Marchetti, S., Santangelo, R., Vellone, V., Zannoni, G. e Fadda, G. (2009). Analisi del RNA (E6 e E7) contro le analisi del DNA (E6 e E7) per la valutazione del rischio per le donne infettate con il papillomavirus umano. Giornale di microbiologia clinica, 47(7), pp.2136-2141. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2708475/
  • Kukurba, K. e Montgomery, S. (2015). Ordinamento ed analisi del RNA. Protocolli freddi del porto della sorgente, 2015(11), p.pdb.top084970. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4863231/
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Last Updated: Feb 20, 2020

Sarah Moore

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