Applications de l'accumulation parallèle et de la fragmentation séquentielle (PASEF)

Accumulation parallèle - la fragmentation séquentielle (PASEF) est une technique spectroscopique employée pendant la protéomique basée liquide de la spectrométrie de la chromatographie-masse (LC-MS) pour améliorer ordonnancer la vitesse et la sensibilité.

Bouteilles pour lRueangwit | Shutterstock

Quel est le mécanisme de PASEF ?

PASEF enferme des ions de précurseur élués pendant la chromatographie liquide dans un tunnel, où ils sont accumulés et passés commande selon leur section transversale et charge collisionnelles. Des ions de précurseur sont jugés stationnaires dans l'équilibre dans le tube en opposant des forces de flux de champ électrique et de gaz et sont élués par la réduction réglée de la force du champ électrique.

Ceci améliore massivement la sensibilité et la vitesse de LC-MS, car les ions de précurseur des substances identiques s'éluent dans un lot hautement concentré qui atténue les désavantages d'une acquisition plus rapide de spectres de masse de spectrométrie de masse.

PASEF dans des protéomiques de fusil de chasse

La protéomique de fusil de chasse est une technique ascendante de protéomique qui recense des protéines dans un mélange complexe utilisant la chromatographie liquide pour séparer des ions de précurseur et des caractéristiques connues pour sélecter des ions de précurseur pour la fragmentation et l'analyse par spectrométrie de masse.

La nature faite au hasard de la protéomique de fusil de chasse masque souvent les éclats inférieurs d'abondance dans un échantillon contenant une forte concentration d'autres éclats, alors que la méthode de choix dépendante de caractéristiques peut jeter des ions de précurseur de valeur investigatrice avant l'opération de fragmentation. PASEF surmonte ces désavantages pendant que différents ions avec le rapport identique de masse-à-charge sont encore séparés par leur coupe transversale collisionnelle dans le tunnel de PASEF.

PASEF dans des protéomiques uniques unique

Le réglage de la période d'élution des ions de précurseur dans le tunnel de PASEF règle le nombre d'éclats produits. Un temps plus lent d'élution réduit moins précurseurs selon l'échographie de PASEF, menant à une définition plus grande entre les précurseurs de mobilité différente.

Un temps plus rapide d'élution signifie que moins précurseurs traversent le tunnel selon l'échographie, bien qu'un numéro bien plus grand des échographies totales soient faits pendant le procédé. Puisque les précurseurs s'accumulent dans le tunnel de PASEF basé sur leur charge, masse, et section transversale, les temps d'élution peuvent être plus rapides sans perte de sensibilité et avec le bon rapport de signal-bruit. Les procédures de LC-MS avec des tunnels de PASEF peuvent acquérir beaucoup de milliers de spectres à la cadence rapide de dix à douze fois que des méthodes régulières de LC-MS.

PASEF avec des montants limités d'échantillon

PASEF est bien adapté pour de petits échantillons. La pré-accumulation d'ions de précurseur dans des groupes pour améliorer le rapport de signal-bruit, la séparation plus grande entre la substance selon la charge, la masse, et la section transversale, permettent à PASEF d'être extrêmement sensible même pour de petits montants d'échantillon. Les méthodes traditionnelles de LC-MS exigent de NG 100-200 de fournir les spectres fiables et bien-resolved.

Avec PASEF, la protéine amasse aussi bas que juste 10 NG peuvent être employés pour recenser sûrement les protéines hautement abondantes dans l'échantillon. Les cellules particulières contiennent la page approximativement 150 des protéines, signifiant que juste 60 cellules sont suffisantes pour produire des spectres de masse de milliseconde. C'est idéal dans un réglage clinique, comme en effectuant une biopsie d'une tumeur.

PASEF dans des protéomiques quantitatives

La protéomique quantitative détermine la concentration des protéines particulières dans un échantillon. PASEF améliore la capacité de déterminer l'abondance de protéines dues à un numéro plus grand des spectres produits selon le passage, en plus de l'incidence réduite de la Co-élution et des ions Co-d'isolement de précurseur.

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Last Updated: Jan 17, 2019

Michael Greenwood

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Michael Greenwood

Michael graduated from Manchester Metropolitan University with a B.Sc. in Chemistry in 2014, where he majored in organic, inorganic, physical and analytical chemistry. He is currently completing a Ph.D. on the design and production of gold nanoparticles able to act as multimodal anticancer agents, being both drug delivery platforms and radiation dose enhancers.

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