Applicazioni di capitalizzazione parallela e di frammentazione seriale (PASEF)

Capitalizzazione parallela - la frammentazione seriale (PASEF) è una tecnica spettroscopica usata durante il proteomics basato liquido di spettrometria della cromatografia-massa (LC-MS) per migliorare l'ordinamento la velocità e della sensibilità.

Bottiglie per uso in PASEF - una foto da RueangwitRueangwit | Shutterstock

Che cosa è il meccanismo di PASEF?

PASEF intrappola gli ioni del precursore eluiti durante la cromatografia a fase mobile liquida in un tunnel, in cui sono accumulati ed ordinati secondo la loro sezione trasversale e tassa collisionali. Gli ioni del precursore sono giudicati stazionari nell'equilibrio all'interno del tubo opponendosi al campo elettrico ed intossicano le forze di flusso e sono eluiti tramite riduzione controllata della resistenza del campo elettrico.

Ciò migliora in maniera massiccia la sensibilità e la velocità di LC-MS, poichè gli ioni del precursore delle specie identiche si eluiscono in un batch altamente concentrato che attenua gli svantaggi di acquisizione più veloce di spettri di massa di spettrometria di massa.

PASEF in proteomics del fucile da caccia

Il proteomics del fucile da caccia è una tecnica dal basso di proteomics che identifica le proteine in una miscela complessa facendo uso di cromatografia a fase mobile liquida per separare gli ioni del precursore ed i dati conosciuti per selezionare gli ioni del precursore per frammentazione e l'analisi tramite spettrometria di massa.

La natura casuale del proteomics del fucile da caccia ostruisce spesso i frammenti bassi dell'abbondanza in un campione che contiene un'alta concentrazione di altri frammenti, mentre la procedura di selezione dipendente di dati può eliminare gli ioni del precursore del valore investigativo prima del punto di frammentazione. PASEF sormonta questi svantaggi mentre gli ioni differenti con il rapporto identico della massa--tassa più ulteriormente sono separati dalla loro sezione trasversale collisionale all'interno del tunnel di PASEF.

PASEF da in proteomics eseguito da unica

La regolazione del periodo dell'eluizione degli ioni del precursore nel tunnel di PASEF regola il numero dei frammenti generati. Il tempo più lento dell'eluizione spezzetta meno precursori per scansione di PASEF, piombo ad una maggior risoluzione fra i precursori di mobilità differente.

Un tempo più veloce dell'eluizione significa che meno precursori attraversano il tunnel per scansione, sebbene un numero ben più grande delle scansioni totali sia fatto durante il trattamento. Poiché i precursori si accumulano nel tunnel di PASEF basato sulla loro tassa, massa e sezione trasversale, i tempi dell'eluizione possono essere più veloci senza perdita della sensibilità e con il buon rapporto di segnale/disturbo. Le procedure di LC-MS con i tunnel di PASEF possono acquistare molte migliaia di spettri alla tariffa più veloce dieci - dodici volte che i metodi regolari di LC-MS.

PASEF con gli importi limitati del campione

PASEF è ben adattato per i piccoli campioni. La pre-capitalizzazione degli ioni del precursore nei gruppi per migliorare il rapporto di segnale/disturbo, la maggior separazione fra le specie secondo la tassa, la massa e la sezione trasversale, permette che PASEF sia altamente sensibile anche per i piccoli importi del campione. I metodi tradizionali di LC-MS richiedono la NG 100-200 di fornire gli spettri affidabili e ben-risolti.

Con PASEF, la proteina si ammassa in basso come appena 10 NG possono essere usate per identificare attendibilmente le proteine altamente abbondanti nel campione. Le celle tipiche contengono la pagina circa 150 delle proteine, significante che appena 60 celle sono abbastanza per generare gli spettri di massa del ms. Ciò è ideale in una regolazione clinica, come quando esegue una biopsia di un tumore.

PASEF in proteomics quantitativo

Il proteomics quantitativo determina la concentrazione di proteine particolari in un campione. PASEF migliora la capacità di determinare l'abbondanza di proteine dovuto un maggior numero degli spettri generati per esecuzione, oltre all'incidenza diminuita dell'co-eluizione e degli ioni co-isolati del precursore.

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Last Updated: Jan 17, 2019

Michael Greenwood

Written by

Michael Greenwood

Michael graduated from Manchester Metropolitan University with a B.Sc. in Chemistry in 2014, where he majored in organic, inorganic, physical and analytical chemistry. He is currently completing a Ph.D. on the design and production of gold nanoparticles able to act as multimodal anticancer agents, being both drug delivery platforms and radiation dose enhancers.

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