Aplicações da acumulação paralela e da fragmentação de série (PASEF)

Acumulação paralela - a fragmentação de série (PASEF) é uma técnica espectroscópica usada durante o proteomics baseado líquido da espectrometria da cromatografia-massa (LC-MS) para melhorar arranjar em seqüência a velocidade e a sensibilidade.

Garrafas para o uso em PASEF - uma foto por RueangwitRueangwit | Shutterstock

Que é o mecanismo de PASEF?

PASEF prende os íons do precursor eluted durante a cromatografia líquida em um túnel, onde sejam acumulados e pedidos segundo suas área de secção transversal e carga conflituais. Os íons do precursor são mantidos estacionários no equilíbrio dentro da câmara de ar opor forças do fluxo do campo elétrico e do gás e eluted por redução controlada da força do campo elétrico.

Isto melhora maciça a sensibilidade e a velocidade de LC-MS, porque os íons do precursor de espécies idênticas elute em um grupo altamente concentrado que abrande as desvantagens de uma aquisição mais rápida dos espectros em massa de espectrometria em massa.

PASEF no proteomics da espingarda

O proteomics da espingarda é uma técnica de baixo para cima do proteomics que identifique proteínas em uma mistura complexa usando a cromatografia líquida para separar íons do precursor e dados conhecidos para seleccionar íons do precursor para a fragmentação e a análise pela espectrometria em massa.

A natureza aleatória do proteomics da espingarda obstrui frequentemente baixos fragmentos da abundância em uma amostra que contem uma concentração alta de outros fragmentos, quando o procedimento de selecção dependente dos dados puder rejeitar íons do precursor do valor investigatório antes da etapa da fragmentação. PASEF supera estas desvantagens enquanto os íons diferentes com relação idêntica da massa-à-carga são separados mais por seu secção transversal conflitual dentro do túnel de PASEF.

PASEF no proteomics da único-corrida

Ajustar a época da eluição de íons do precursor no túnel de PASEF ajusta o número de fragmentos gerados. Um tempo mais lento da eluição fragmenta menos precursores pela varredura de PASEF, conduzindo a uma definição maior entre precursores de mobilidade de deferimento.

Uma estadia mais rápida da eluição significa que menos precursores passam através do túnel pela varredura, embora um número distante maior de varreduras totais é feito durante o processo. Desde que os precursores acumulam no túnel de PASEF baseado em suas carga, massa, e área de secção transversal, os tempos da eluição podem ser mais rápidos sem perda de sensibilidade e com bom sinal à relação de ruído. Os procedimentos de LC-MS com túneis de PASEF podem adquirir muitos milhares de espectros em uma taxa dez a doze vezes mais rápida do que métodos regulares de LC-MS.

PASEF com quantidades limitadas da amostra

PASEF é poço - serido para amostras pequenas. A pre-acumulação de íons do precursor nos grupos para melhorar o sinal à relação de ruído, a maior separação entre a espécie segundo a carga, a massa, e a área de secção transversal, permite que PASEF seja altamente sensível mesmo para quantidades pequenas da amostra. Os métodos tradicionais de LC-MS exigem ng 100-200 fornecer espectros seguros e bem-resolved.

Com PASEF, a proteína reune-se tão baixo como apenas 10 ng podem ser usados para identificar confiantemente proteínas altamente abundantes na amostra. As pilhas típicas contêm a página aproximadamente 150 das proteínas, significando que apenas 60 pilhas são bastante para gerar espectros em massa do MS. Isto é ideal em um ajuste clínico, como ao executar uma biópsia de um tumor.

PASEF no proteomics quantitativo

O proteomics quantitativo determina a concentração de proteínas particulares em uma amostra. PASEF melhora a capacidade para determinar a abundância de proteínas devido a um número maior de espectros gerados pela corrida, além do que a incidência reduzida da co-eluição e de íons co-isolados do precursor.

Fontes

Further Reading

Last Updated: Jan 17, 2019

Michael Greenwood

Written by

Michael Greenwood

Michael graduated from Manchester Metropolitan University with a B.Sc. in Chemistry in 2014, where he majored in organic, inorganic, physical and analytical chemistry. He is currently completing a Ph.D. on the design and production of gold nanoparticles able to act as multimodal anticancer agents, being both drug delivery platforms and radiation dose enhancers.

Citations

Please use one of the following formats to cite this article in your essay, paper or report:

  • APA

    Greenwood, Michael. (2019, January 17). Aplicações da acumulação paralela e da fragmentação de série (PASEF). News-Medical. Retrieved on December 12, 2019 from https://www.news-medical.net/life-sciences/Applications-of-Parallel-Accumulation-and-Serial-Fragmentation-(PASEF).aspx.

  • MLA

    Greenwood, Michael. "Aplicações da acumulação paralela e da fragmentação de série (PASEF)". News-Medical. 12 December 2019. <https://www.news-medical.net/life-sciences/Applications-of-Parallel-Accumulation-and-Serial-Fragmentation-(PASEF).aspx>.

  • Chicago

    Greenwood, Michael. "Aplicações da acumulação paralela e da fragmentação de série (PASEF)". News-Medical. https://www.news-medical.net/life-sciences/Applications-of-Parallel-Accumulation-and-Serial-Fragmentation-(PASEF).aspx. (accessed December 12, 2019).

  • Harvard

    Greenwood, Michael. 2019. Aplicações da acumulação paralela e da fragmentação de série (PASEF). News-Medical, viewed 12 December 2019, https://www.news-medical.net/life-sciences/Applications-of-Parallel-Accumulation-and-Serial-Fragmentation-(PASEF).aspx.

Comments

The opinions expressed here are the views of the writer and do not necessarily reflect the views and opinions of News-Medical.Net.
Post a new comment
Post