Usos de la acumulación paralela y de la fragmentación serial (PASEF)

Acumulación paralela - la fragmentación serial (PASEF) es una técnica espectroscópica usada durante proteomics basado líquido de la espectrometría de la cromatografía-masa (LC-MS) para perfeccionar la secuencia de velocidad y de sensibilidad.

Botellas para el uso en PASEF - una foto por RueangwitRueangwit | Shutterstock

¿Cuál es el mecanismo de PASEF?

PASEF atrapa los iones del precursor enjuagados durante la cromatografía líquida en un túnel, donde se acumulan y se piden dependiendo de su superficie transversal y carga colisionales. Los iones del precursor son celebrados estacionarios en equilibrio dentro del tubo oponiendo fuerzas del flujo del campo eléctrico y del gas y enjuagados por la reducción controlada de la fuerza del campo eléctrico.

Esto perfecciona masivo la sensibilidad y la velocidad de LC-MS, pues los iones del precursor de especies idénticas se enjuagan en una mezcla altamente concentrada que atenúe las desventajas de una adquisición más rápida de los espectros en masa de la espectrometría de masa.

PASEF en proteomics de la escopeta

El proteomics de la escopeta es una técnica ascendente del proteomics que determina las proteínas en una mezcla compleja usando la cromatografía líquida para separar los iones del precursor y los datos sabidos para seleccionar los iones del precursor para la fragmentación y el análisis por espectrometría de masa.

La naturaleza al azar del proteomics de la escopeta obstruye a menudo fragmentos inferiores de la abundancia en una muestra que contiene una alta concentración de otros fragmentos, mientras que el procedimiento de selección relacionado de los datos puede desechar los iones del precursor del valor investigador antes del paso de la fragmentación. PASEF vence estas desventajas mientras que diversos iones con índice idéntica de la masa-a-carga son separados más a fondo por su corte transversal colisional dentro del túnel de PASEF.

PASEF en proteomics de la único-corrida

Ajustar la época de la elución de los iones del precursor en el túnel de PASEF ajusta el número de fragmentos generados. Un tiempo más lento de la elución hace fragmentos de menos precursores por la exploración de PASEF, llevando a una mayor resolución entre los precursores de la movilidad que difiere.

Un rato más rápido de la elución significa que menos precursores pasan a través del túnel por la exploración, aunque un número lejos más grande de exploraciones totales se hace durante el proceso. Puesto que los precursores acumulan en el túnel de PASEF basado en su carga, masa, y superficie transversal, los tiempos de la elución pueden ser más rápidos sin la baja de la sensibilidad y con la buena relación señal-ruido. Los procedimientos de LC-MS con los túneles de PASEF pueden detectar muchos millares de espectros a un régimen diez a doce veces más rápido que métodos regulares de LC-MS.

PASEF con cantidades limitadas de la muestra

PASEF está bien adaptado para las pequeñas muestras. La pre-acumulación de iones del precursor en los grupos para perfeccionar la relación señal-ruido, la mayor separación entre la especie dependiendo de carga, la masa, y la superficie transversal, permite que PASEF sea altamente sensible incluso para las pequeñas cantidades de la muestra. Los métodos tradicionales de LC-MS requieren ng 100-200 ofrecer espectros seguros y bien-resueltos.

Con PASEF, la proteína se forma tan bajo como apenas 10 ng se pueden utilizar para determinar seguro las proteínas altamente abundantes en la muestra. Las células típicas contienen la paginación aproximadamente 150 de proteínas, significando que apenas 60 células son suficientes para generar espectros en masa del ms. Esto es ideal en una fijación clínica, por ejemplo al realizar una biopsia de un tumor.

PASEF en proteomics cuantitativo

El proteomics cuantitativo determina la concentración de proteínas determinadas en una muestra. PASEF perfecciona la capacidad de determinar la abundancia de proteínas debido a un mayor número de espectros generados por corrida, además de la incidencia reducida de la co-elución y de iones co-aislados del precursor.

Fuentes

Further Reading

Last Updated: Jan 17, 2019

Michael Greenwood

Written by

Michael Greenwood

Michael graduated from Manchester Metropolitan University with a B.Sc. in Chemistry in 2014, where he majored in organic, inorganic, physical and analytical chemistry. He is currently completing a Ph.D. on the design and production of gold nanoparticles able to act as multimodal anticancer agents, being both drug delivery platforms and radiation dose enhancers.

Citations

Please use one of the following formats to cite this article in your essay, paper or report:

  • APA

    Greenwood, Michael. (2019, January 17). Usos de la acumulación paralela y de la fragmentación serial (PASEF). News-Medical. Retrieved on December 09, 2019 from https://www.news-medical.net/life-sciences/Applications-of-Parallel-Accumulation-and-Serial-Fragmentation-(PASEF).aspx.

  • MLA

    Greenwood, Michael. "Usos de la acumulación paralela y de la fragmentación serial (PASEF)". News-Medical. 09 December 2019. <https://www.news-medical.net/life-sciences/Applications-of-Parallel-Accumulation-and-Serial-Fragmentation-(PASEF).aspx>.

  • Chicago

    Greenwood, Michael. "Usos de la acumulación paralela y de la fragmentación serial (PASEF)". News-Medical. https://www.news-medical.net/life-sciences/Applications-of-Parallel-Accumulation-and-Serial-Fragmentation-(PASEF).aspx. (accessed December 09, 2019).

  • Harvard

    Greenwood, Michael. 2019. Usos de la acumulación paralela y de la fragmentación serial (PASEF). News-Medical, viewed 09 December 2019, https://www.news-medical.net/life-sciences/Applications-of-Parallel-Accumulation-and-Serial-Fragmentation-(PASEF).aspx.

Comments

The opinions expressed here are the views of the writer and do not necessarily reflect the views and opinions of News-Medical.Net.
Post a new comment
Post