Analyse Frite-Seq : Une synthèse

l'ordonnancement Frite-seq ou de chromatine d'immunoprécipitation est une technique qui combine la frite avec l'ordonnancement de la deuxième génération (NGS) pour l'enquête sur les interactions qui se produisent entre les protéines et l'ADN.

Crédit : YuriiHrb/Shutterstock.com

Les interactions ont une influence intense sur la régulation de l'expression des gènes et sont essentielles à comprendre comment une cellule fonctionne. Frite-seq est un puissant outil pour recenser les sites génomiques aux lesquels les protéines ADN-grippantes telles que des facteurs de transcription s'associent et pour découvrir plus au sujet de la structure de la chromatine.

Quelle est frite ?

La frite concerne l'immunoprécipitation de la protéine liée par ADN utilisant un anticorps spécifique. L'ADN trouvé dans l'immunoprecipitate est alors épuré et séquencé, permettant à des chercheurs de déterminer l'emplacement génomique de l'accepteur de la protéine. Les fragments d'ADN peuvent s'analyser utilisant l'amplification en chaîne par polymérase (PCR), puces ADN, ou dans le cas de l'ordonnancement Frite-seq et de la deuxième génération (NGS).

La technique est une de la première pour armer le pouvoir de NGS d'améliorer de manière significative l'ACP de temps réel. Dans l'analyse Frite-seq, des millions de fragments d'ADN courts sont alignés avec le génome et les systèmes actuels produisent de jusqu'à 1,5 milliards de ces éclats selon le passage.

De telles avances ont permis à des initiatives telles que l'encyclopédie des éléments d'ADN (CODEZ) de produire plus de 1000 ensembles de données Frite-seq.

La procédure Frite-seq

La procédure Frite-seq concerne établir des réticulations entre l'ADN et les protéines en cellules ou tissus utilisant la fixation de formaldéhyde. Inscrivez l'édition absolue, la chromatine est réduit en fragments dans des séquences d'environ 150 à 500 paires de bases (bps). La fragmentation doit être suffisante et reproductible puisque la bibliothèque des éclats utilisés pour ordonnancer exige des séquences de 200 à 300bp.

Après fragmentation, un détail d'anticorps à une protéine particulière est employé pour isoler les fragments d'ADN (immunoprécipitation) liés à la protéine. Le matériau est alors amplifié et 200 aux éclats 300bp sont sélectés pour l'ordonnancement.

Les éclats courts, qui sont mentionnés pendant que des balises de ` sont alors tracées contre un génome de référence et algorithmes crête-appelants d'utilisations d'un ` appelé de processus des' pour recenser des régions où les balises sont enrichies. De flux de travail techniques d'utilisation souvent telles que l'analyse différentielle de grippement ou de motif pour exécuter l'analyse approfondie.

Types d'analytes

l'analyse Frite-seq peut être classée par catégorie dans différents groupes selon la taille des crêtes recensées. Type, l'analyse des facteurs de transcription produit des crêtes bien définies comportant le point d'ébullition 100 à 200.

L'étude de l'anticorps polyclonal H3K27me3 produit de moins de crêtes définies de jusqu'à plusieurs centaines de kilobases et l'analyse de la polymérase ARN II produit d'un mélange des crêtes bien définies et moins bien définies.

La plupart des algorithmes crête-appelants sont conçus pour les expériences qui produisent des crêtes bien définies, puisque le grippement d'analyse de motif et de différentiel peut être exécuté à une définition de nucléotide.

À la différence d'autres techniques employées pour interroger le génome, Frite-seq n'exige pas la connaissance préalable des accepteurs d'ADN et l'utilisation des sondes développées à partir des séquences connues. La technique a amélioré la compréhension du règlement génétique en travers d'un large éventail de maladies et de voies biologiques et a permis l'enquête détaillée sur les interactions de DNA−protein en travers du génome entier.

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Last Updated: Feb 26, 2019

Sally Robertson

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Sally Robertson

Sally has a Bachelor's Degree in Biomedical Sciences (B.Sc.). She is a specialist in reviewing and summarising the latest findings across all areas of medicine covered in major, high-impact, world-leading international medical journals, international press conferences and bulletins from governmental agencies and regulatory bodies. At News-Medical, Sally generates daily news features, life science articles and interview coverage.

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