Analisi Chip-Seguente: Una generalità

l'ordinamento della cromatina o Chip-seguente di immunoprecipitazione è una tecnica che le associazioni scheggiano con l'ordinamento di prossima generazione (NGS) per l'indagine sulle interazioni che si presentano fra le proteine ed il DNA.

Credito: YuriiHrb/Shutterstock.com

Le interazioni hanno una forte influenza sulla regolazione genica e sono determinanti per la comprensione come una cella funziona. Chip-seguente è uno strumento potente per identificare i siti genomica cui le proteine dell'DNA-associazione quali i fattori di trascrizione si associano con e per scoprire più circa la struttura della cromatina.

Che cosa è chip?

Il chip comprende l'immunoprecipitazione adi proteina diretta a DNA facendo uso di un anticorpo specifico. Il DNA trovato nel immunoprecipitate poi è depurato e che ordinato, permettendo che i ricercatori determinino la posizione genomica della sede del legame della proteina. Le sequenze di DNA possono essere analizzate facendo uso di reazione a catena della polimerasi (PCR), microarrays, o nel caso dell'ordinamento Chip-seguente e di prossima generazione (NGS).

La tecnica è una del prima per sfruttare la potenza di NGS migliorare significativamente la PCR in tempo reale. Nell'analisi Chip-seguente, milioni di brevi sequenze di DNA sono stati allineati rispetto al genoma ed i sistemi correnti generano fino a 1,5 miliardo di questi frammenti per esecuzione.

Tali avanzamenti hanno permesso alle iniziative quale l'enciclopedia degli elementi del DNA (CODIFICHI) di produrre più di 1000 gruppi di dati Chip-seguenti.

La procedura Chip-seguente

La procedura Chip-seguente comprende costruire i legami incrociati fra DNA e proteine in celle o i tessuti facendo uso della fissazione della formaldeide. Invii inter-collegando, la cromatina è spezzettato nelle sequenze di intorno 150 - 500 coppie di basi (bps). La frammentazione deve essere sufficiente e riproducibile poiché la libreria dei frammenti usati per l'ordinamento richiede le sequenze di 200 a 300bp.

A seguito di frammentazione, un anticorpo specifico ad una proteina particolare è usato per isolare le sequenze di DNA (immunoprecipitazione) connesse con la proteina. Il materiale poi è ampliato e 200 ai frammenti 300bp sono selezionati per ordinare.

I brevi frammenti, che si riferiscono a mentre i tag del ` poi sono mappati contro un genoma di riferimento e un trattamento chiamati algoritmi dichiamata di usi del `' per identificare le regioni dove i tag sono arricchiti. Di flussi di lavoro tecniche di uso spesso quale analisi differenziale di motivo o dell'associazione per eseguire ulteriore analisi.

Tipi di analiti

l'analisi Chip-seguente può essere categorizzata nei gruppi differenti secondo la dimensione dei picchi identificati. Tipicamente, l'analisi dei fattori di trascrizione genera i picchi ben definiti che comprendono 100 a 200 B.P.

Lo studio dell'anticorpo policlonale H3K27me3 genera meno picchi definiti fino a diverse centinaia kilobasi e l'analisi del RNA polimerasi II genera una miscela dei picchi ben definiti e meno ben definiti.

La maggior parte dei algoritmi dichiamata sono progettati per gli esperimenti che generano i picchi ben definiti, poiché l'associazione dell'analisi di motivo e di differenziale può essere realizzata ad una risoluzione del nucleotide.

A differenza di altre tecniche usate per interrogare il genoma, Chip-seguente non richiede la conoscenza priore delle sedi del legame del DNA e dell'uso delle sonde sviluppate dalle sequenze conosciute. La tecnica ha migliorato la comprensione del regolamento genetico attraverso una vasta gamma di malattie e di vie biologiche ed ha permesso l'indagine dettagliata sulle interazioni di DNA−protein attraverso l'intero genoma.

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Last Updated: Feb 26, 2019

Sally Robertson

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Sally Robertson

Sally has a Bachelor's Degree in Biomedical Sciences (B.Sc.). She is a specialist in reviewing and summarising the latest findings across all areas of medicine covered in major, high-impact, world-leading international medical journals, international press conferences and bulletins from governmental agencies and regulatory bodies. At News-Medical, Sally generates daily news features, life science articles and interview coverage.

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