Attenzione: questa pagina è una traduzione automatica di questa pagina originariamente in lingua inglese. Si prega di notare in quanto le traduzioni sono generate da macchine, non tutte le traduzioni saranno perfetti. Questo sito web e le sue pagine web sono destinati ad essere letto in inglese. Ogni traduzione del sito e le sue pagine web possono essere imprecise e inesatte, in tutto o in parte. Questa traduzione è fornita per comodità.

Analisi Chip-Seguente: Una generalità

l'ordinamento della cromatina o Chip-seguente di immunoprecipitazione è una tecnica che le associazioni scheggiano con l'ordinamento di prossima generazione (NGS) per l'indagine sulle interazioni che si presentano fra le proteine ed il DNA.

Credito: YuriiHrb/Shutterstock.com

Le interazioni hanno una forte influenza sulla regolazione genica e sono determinanti per la comprensione come una cella funziona. Chip-seguente è uno strumento potente per identificare i siti genomica cui le proteine dell'DNA-associazione quali i fattori di trascrizione si associano con e per scoprire più circa la struttura della cromatina.

Che cosa è chip?

Il chip comprende l'immunoprecipitazione adi proteina diretta a DNA facendo uso di un anticorpo specifico. Il DNA trovato nel immunoprecipitate poi è depurato e che ordinato, permettendo che i ricercatori determinino la posizione genomica della sede del legame della proteina. Le sequenze di DNA possono essere analizzate facendo uso di reazione a catena della polimerasi (PCR), microarrays, o nel caso dell'ordinamento Chip-seguente e di prossima generazione (NGS).

La tecnica è una del prima per sfruttare la potenza di NGS migliorare significativamente la PCR in tempo reale. Nell'analisi Chip-seguente, milioni di brevi sequenze di DNA sono stati allineati rispetto al genoma ed i sistemi correnti generano fino a 1,5 miliardo di questi frammenti per esecuzione.

Tali avanzamenti hanno permesso alle iniziative quale l'enciclopedia degli elementi del DNA (CODIFICHI) di produrre più di 1000 gruppi di dati Chip-seguenti.

La procedura Chip-seguente

La procedura Chip-seguente comprende costruire i legami incrociati fra DNA e proteine in celle o i tessuti facendo uso della fissazione della formaldeide. Invii inter-collegando, la cromatina è spezzettato nelle sequenze di intorno 150 - 500 coppie di basi (bps). La frammentazione deve essere sufficiente e riproducibile poiché la libreria dei frammenti usati per l'ordinamento richiede le sequenze di 200 a 300bp.

A seguito di frammentazione, un anticorpo specifico ad una proteina particolare è usato per isolare le sequenze di DNA (immunoprecipitazione) connesse con la proteina. Il materiale poi è ampliato e 200 ai frammenti 300bp sono selezionati per ordinare.

I brevi frammenti, che si riferiscono a mentre i tag del ` poi sono mappati contro un genoma di riferimento e un trattamento chiamati algoritmi dichiamata di usi del `' per identificare le regioni dove i tag sono arricchiti. Di flussi di lavoro tecniche di uso spesso quale analisi differenziale di motivo o dell'associazione per eseguire ulteriore analisi.

Tipi di analiti

l'analisi Chip-seguente può essere categorizzata nei gruppi differenti secondo la dimensione dei picchi identificati. Tipicamente, l'analisi dei fattori di trascrizione genera i picchi ben definiti che comprendono 100 a 200 B.P.

Lo studio dell'anticorpo policlonale H3K27me3 genera meno picchi definiti fino a diverse centinaia kilobasi e l'analisi del RNA polimerasi II genera una miscela dei picchi ben definiti e meno ben definiti.

La maggior parte dei algoritmi dichiamata sono progettati per gli esperimenti che generano i picchi ben definiti, poiché l'associazione dell'analisi di motivo e di differenziale può essere realizzata ad una risoluzione del nucleotide.

A differenza di altre tecniche usate per interrogare il genoma, Chip-seguente non richiede la conoscenza priore delle sedi del legame del DNA e dell'uso delle sonde sviluppate dalle sequenze conosciute. La tecnica ha migliorato la comprensione del regolamento genetico attraverso una vasta gamma di malattie e di vie biologiche ed ha permesso l'indagine dettagliata sulle interazioni di DNA−protein attraverso l'intero genoma.

Sorgenti:

Further Reading

Last Updated: Feb 26, 2019

Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally has a Bachelor's Degree in Biomedical Sciences (B.Sc.). She is a specialist in reviewing and summarising the latest findings across all areas of medicine covered in major, high-impact, world-leading international medical journals, international press conferences and bulletins from governmental agencies and regulatory bodies. At News-Medical, Sally generates daily news features, life science articles and interview coverage.

Citations

Please use one of the following formats to cite this article in your essay, paper or report:

  • APA

    Robertson, Sally. (2019, February 26). Analisi Chip-Seguente: Una generalità. News-Medical. Retrieved on November 25, 2020 from https://www.news-medical.net/life-sciences/ChIP-Seq-Analysis-An-Overview.aspx.

  • MLA

    Robertson, Sally. "Analisi Chip-Seguente: Una generalità". News-Medical. 25 November 2020. <https://www.news-medical.net/life-sciences/ChIP-Seq-Analysis-An-Overview.aspx>.

  • Chicago

    Robertson, Sally. "Analisi Chip-Seguente: Una generalità". News-Medical. https://www.news-medical.net/life-sciences/ChIP-Seq-Analysis-An-Overview.aspx. (accessed November 25, 2020).

  • Harvard

    Robertson, Sally. 2019. Analisi Chip-Seguente: Una generalità. News-Medical, viewed 25 November 2020, https://www.news-medical.net/life-sciences/ChIP-Seq-Analysis-An-Overview.aspx.

Comments

The opinions expressed here are the views of the writer and do not necessarily reflect the views and opinions of News Medical.