Microplaqueta-Segs. Análise: Uma vista geral

arranjar em seqüência Microplaqueta-segs. ou da cromatina da imunoprecipitação é uma técnica que combine a microplaqueta com a próxima geração que arranja em seqüência (NGS) para a investigação das interacções que ocorrem entre proteínas e ADN.

Crédito: YuriiHrb/Shutterstock.com

As interacções têm uma influência forte no regulamento da expressão genética e são cruciais a compreender como uma pilha funciona. Microplaqueta-segs. é uma ferramenta poderosa para identificar os locais genomic que as proteínas ADN-obrigatórias tais como factores da transcrição associam com e para encontrar mais sobre a estrutura da cromatina.

Que é microplaqueta?

A microplaqueta envolve a imunoprecipitação da proteína do ADN-limite usando um anticorpo específico. O ADN encontrado no immunoprecipitate então é refinado e arranjado em seqüência, permitindo que os pesquisadores determinem o lugar genomic do local obrigatório da proteína. Os fragmentos do ADN podem ser analisados usando a reacção em cadeia da polimerase (PCR), microarrays, ou no caso de Microplaqueta-segs., arranjar em seqüência da próxima geração (NGS).

A técnica é um do primeiro para aproveitar a potência de NGS melhorar significativamente o PCR do tempo real. No ensaio Microplaqueta-segs., milhões de fragmentos curtos do ADN são alinhados com o genoma e os sistemas actuais geram até 1,5 bilhões destes fragmentos pela corrida.

Tais avanços permitiram iniciativas tais como a enciclopédia de elementos do ADN (CODIFIQUE) de produzir mais de 1000 conjunto de dados Microplaqueta-segs.s.

O procedimento Microplaqueta-segs.

O procedimento Microplaqueta-segs. envolve construir ligações transversais entre o ADN e as proteínas nas pilhas ou tecidos usando a fixação do formaldeído. Afixe cruz-ligando, a cromatina é fragmentado em seqüências de ao redor 150 a 500 pares baixos (bps). A fragmentação deve ser suficiente e reprodutível desde que a biblioteca dos fragmentos usados arranjando em seqüência exige seqüências de 200 a 300bp.

Depois da fragmentação, um específico do anticorpo a uma proteína particular é usado para isolar os fragmentos do ADN (imunoprecipitação) associados com a proteína. O material é amplificado então e 200 aos fragmentos 300bp são seleccionados arranjando em seqüência.

Os fragmentos curtos, que estão referidos enquanto as etiquetas do ` são traçadas então contra um genoma da referência e um processo chamados algoritmos dechamada dos usos do `' para identificar as regiões onde as etiquetas estão enriquecidas. Dos trabalhos técnicas do uso frequentemente tais como a análise diferencial do emperramento ou do motivo para executar a análise mais aprofundada.

Tipos de analytes

a análise Microplaqueta-segs. pode ser categorizada em grupos diferentes segundo o tamanho dos picos identificados. Tipicamente, a análise de factores da transcrição gera os picos claramente definidos que compreendem 100 a 200 bp.

O estudo do anticorpo polyclonal H3K27me3 gera menos picos definidos até de várias centenas kilobases e a análise da polimerase de RNA II gera uma mistura de picos claramente definidos e menos bem definidos.

A maioria de algoritmos dechamada são projectados para as experiências que geram picos claramente definidos, desde que o emperramento da análise do motivo e do diferencial pode ser executado em uma definição do nucleotide.

Ao contrário de outras técnicas usadas para interrogar o genoma, Microplaqueta-segs. não exige o conhecimento prévio de locais obrigatórios do ADN e o uso das pontas de prova desenvolvidas das seqüências conhecidas. A técnica melhorou a compreensão do regulamento genético através de uma vasta gama de doenças e de caminhos biológicos e permitiu investigação detalhada das interacções de DNA−protein através do genoma inteiro.

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Last Updated: Feb 26, 2019

Sally Robertson

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Sally Robertson

Sally has a Bachelor's Degree in Biomedical Sciences (B.Sc.). She is a specialist in reviewing and summarising the latest findings across all areas of medicine covered in major, high-impact, world-leading international medical journals, international press conferences and bulletins from governmental agencies and regulatory bodies. At News-Medical, Sally generates daily news features, life science articles and interview coverage.

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