Análisis Viruta-Seq: Una reseña

la secuencia Viruta-seq o de la cromatina de la inmunoprecipitación es una técnica que combina la viruta con la siguiente-generación que ordena (NGS) para la investigación de las acciones recíprocas que ocurren entre las proteínas y la DNA.

Haber: YuriiHrb/Shutterstock.com

Las acciones recíprocas tienen una influencia fuerte en la regla de la expresión génica y son cruciales a entender cómo funciona una célula. Viruta-seq es una herramienta potente para determinar los sitios genomic a los cuales las proteínas DNA-obligatorias tales como factores de la transcripción se asocian y para descubrir más sobre la estructura de la cromatina.

¿Cuál es viruta?

La viruta implica la inmunoprecipitación de la proteína del DNA-salto usando un anticuerpo específico. La DNA encontrada en el immunoprecipitate después se purifica y se ordena, permitiendo que los investigadores determinen la situación genomic del punto de enlace de la proteína. Los fragmentos de la DNA se pueden analizar usando la reacción en cadena de polimerasa (PCR), microarrays, o en el caso de Viruta-seq, secuencia de la siguiente-generación (NGS).

La técnica es una del primera para aprovechar la potencia de NGS de perfeccionar importante la polimerización en cadena en tiempo real. En el análisis Viruta-seq, millones de fragmentos cortos de la DNA se alinean con el genoma y los sistemas actuales generan hasta 1,5 mil millones de estos fragmentos por corrida.

Tales avances han permitido a iniciativas tales como la enciclopedia de los elementos de la DNA (CODIFIQUE) producir más de 1000 grupos de datos Viruta-seq.

El procedimiento Viruta-seq

El procedimiento Viruta-seq implica el construir de interconexiones entre la DNA y las proteínas en células o de tejidos usando la fijación del formaldehido. Asiente la interconexión, la cromatina se hace fragmentos en series de alrededor 150 a 500 pares bajos (bps). La fragmentación debe ser suficiente y reproductiva puesto que la biblioteca de los fragmentos usados para ordenar requiere series de 200 a 300bp.

Después de la fragmentación, un específico del anticuerpo a una proteína determinada se utiliza para aislar los fragmentos de la DNA (inmunoprecipitación) asociados a la proteína. El material entonces se amplifica y 200 a los fragmentos 300bp se seleccionan para ordenar.

Los fragmentos cortos, se refieren que mientras que las etiquetas del `' entonces se correlacionan contra un genoma de la referencia y un proceso llamados los algoritmos de pico-llamada de las aplicaciones del `' para determinar las regiones donde se enriquecen las etiquetas. De los flujos de trabajo técnicas del uso a menudo tales como análisis diferenciado del atascamiento o del adorno para realizar análisis adicional.

Tipos de analitos

el análisis Viruta-seq se puede categorizar en diversos grupos dependiendo de la talla de los picos determinados. Típicamente, el análisis de los factores de la transcripción genera los picos bien definidos que comprenden el punto de ebullición 100 a 200.

El estudio del anticuerpo policlonal H3K27me3 genera menos picos definidos hasta de varios cientos de kilobases y el análisis de la polimerasa de ARN II genera una mezcla de picos bien definidos y menos bien definidos.

La mayoría de los algoritmos de pico-llamada se diseñan para los experimentos que generan picos bien definidos, puesto que el atascamiento del análisis del adorno y del diferencial se puede realizar en una resolución del nucleótido.

A diferencia de otras técnicas usadas para interrogar al genoma, Viruta-seq no requiere el conocimiento anterior de los puntos de enlace de la DNA y el uso de las antenas desarrolladas de series sabidas. La técnica ha perfeccionado la comprensión de la regla genética a través de una amplia gama de enfermedades y de caminos biológicos y ha permitido la investigación detallada de las acciones recíprocas de DNA−protein a través del genoma entero.

Fuentes:

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Last Updated: Feb 26, 2019

Sally Robertson

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Sally Robertson

Sally has a Bachelor's Degree in Biomedical Sciences (B.Sc.). She is a specialist in reviewing and summarising the latest findings across all areas of medicine covered in major, high-impact, world-leading international medical journals, international press conferences and bulletins from governmental agencies and regulatory bodies. At News-Medical, Sally generates daily news features, life science articles and interview coverage.

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