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Frite-Ordonnancement de l'analyse : Applications

Frite-seq, abréviation l'immunoprécipitation de chromatine l'ordonnancement, combine l'immunoprécipitation de chromatine avec le prochain rétablissement en temps réel ordonnançant pour recenser les accepteurs génomiques aux lesquels les protéines telles que des facteurs de transcription s'associent. C'est un puissant outil pour explorer des interactions de protein−DNA et le règlement des événements génétiques dans les maladies et des voies biologiques.

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La procédure Frite-seq concerne des protéines d'édition absolue à leur ADN attaché par la fixation du formaldéhyde. Des cellules sont alors homogénéisées, l'ADN est tondu, et un anticorps de protéine-détail est employé pour isoler les fragments d'ADN (immunoprécipitation) cet associé avec la protéine d'intérêt. L'ADN immunoprecipitated est alors amplifié et des éclats de 200 à 300bp sont sélectés pour l'ordonnancement de la deuxième génération et l'analyse des accepteurs d'ADN.

Identification des accepteurs de transcription dans le génome

Le rôle principal d'un facteur de transcription est de s'associer à un site génomique spécifique et de recruter des cofacteurs requis pour le contrôle du processus de transcription. La première étape dans ce procédé est le grippement du facteur de transcription à un segment d'ADN spécifique. Utilisant Frite-seq, les chercheurs peuvent recenser ces accepteurs de facteur de transcription en travers du génome entier. Les sites de réglementation spécifiques et dirigent les objectifs en aval des protéines peuvent être déterminés pour n'importe quel facteur de transcription. Les chercheurs peuvent également évaluer toutes les protéines transcription-de réglementation qui forment des boîtiers aux sites particuliers dans le génome.

Qu'a été réalisé par l'application Frite-seq ?

Une application importante de frite Seq a été la découverte des facteurs de régulation neufs. Par exemple, l'analyse des accepteurs d'ADN dans le cerveau de souris a mené à l'identification des endroits regulatpry de tissu-détail neuf (amplificateurs) des gènes.

Les analyses des modifications d'histone ont fourni des analyses sur la façon dont le génome est dispensé et les domaines fonctionnels en travers du génome entier qui a permis à des scientifiques de prévoir et valider un choix de grand, non-codage RNAs.

L'accomplissement le plus important de Frite-Seq est probablement l'analyse niveau de la population des interactions entre la protéine et l'ADN. Ceci a permis à des chercheurs de comprendre comment les facteurs de transcription règlent des gènes basés sur la dégénérescence du motif d'accepteur que la protéine identifie, présence de l'autre transcription factorise dans le même emplacement, et la distance du facteur de transcription du site de début de transcription. Souvent, le mécanisme des utilisations d'un facteur de transcription est spécifique à chaque accepteur individuel. Quelques principes d'un fonctionnement plus élevé peuvent seulement être élucidés en exécutant l'analyse de la taille du génome de tous les accepteurs existants.

Par exemple, une étude qui a employé Frite-seq pour profiler des facteurs de transcription en cellules souche embryonnaires a expliqué que les facteurs de régulation sont arrangés dans des « enhanceosomes. » Ce les scientifiques activés pour comprendre les rôles de la transcription factorise pendant la différenciation de cellule souche embryonnaire.

Une version modifiée de Frite-seq a été également employée pour recenser la gamme entière des interactions de chromatine qui peuvent se produire entre les accepteurs de récepteur d'oestrogène. Ceci a fourni un plan 3D d'interaction de chromatine que cela a abouti des chercheurs à proposer que la topologie de l'ADN puisse être un contributeur principal dans le règlement de la transcription.

Sources

Last Updated: Feb 26, 2019

Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally has a Bachelor's Degree in Biomedical Sciences (B.Sc.). She is a specialist in reviewing and summarising the latest findings across all areas of medicine covered in major, high-impact, world-leading international medical journals, international press conferences and bulletins from governmental agencies and regulatory bodies. At News-Medical, Sally generates daily news features, life science articles and interview coverage.

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