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Chip-Ordinamento dell'analisi: Applicazioni

Chip-seguente, breve per immunoprecipitazione della cromatina ordinare, combina l'immunoprecipitazione della cromatina con la generazione seguente in tempo reale che ordina per identificare le sedi del legame genomiche cui le proteine quali i fattori di trascrizione si associano con. È uno strumento potente per esplorare le interazioni del protein−DNA ed il regolamento degli eventi genetici nelle malattie e nelle vie biologiche.

Credito di immagine: Foto/Shutterstock di ci
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La procedura Chip-seguente comprende inter-collegare le proteine al loro DNA rilegato con la fissazione con formaldeide. Le celle poi sono omogeneizzate, il DNA scorrimento e un anticorpo proteina-specifico è usato per isolare i frammenti di DNA (immunoprecipitazione) quel socio con la proteina di interesse. Il DNA immunoprecipitated poi è ampliato ed i frammenti di 200 a 300bp sono selezionati per l'ordinamento di prossima generazione e l'analisi delle sedi del legame del DNA.

Identificazione delle sedi del legame della trascrizione nel genoma

Il ruolo principale di un fattore di trascrizione è di associarsi con un sito genomica specifico e di reclutare i cofattori stati necessari per il regolamento del trattamento della trascrizione. Il passo iniziale in questo trattamento è l'associazione del fattore di trascrizione ad un segmento specifico del DNA. Facendo uso di Chip-seguente, i ricercatori possono identificare queste sedi del legame di fattore di trascrizione attraverso l'intero genoma. Entrambi i siti regolatori specifici e dirigono gli obiettivi a valle delle proteine possono essere risoluti per tutto il fattore di trascrizione. I ricercatori possono anche valutare tutte le proteine trascrizione-regolarici che formano i cluster ai siti particolari nel genoma.

Che cosa è stato raggiunto applicandosi Chip-seguente?

L'un'applicazione importante del chip seguente è stata la scoperta di nuovi elementi regolatori. Per esempio, l'analisi delle sedi del legame del DNA nel cervello del mouse piombo all'identificazione di nuove aree regulatpry tessuto-specifiche (rinforzatori) dei geni.

Le analisi delle modifiche dell'istone hanno fornito le comprensioni su come il genoma è organizzato ed i domini funzionali attraverso l'intero genoma che ha permesso agli scienziati di predire e convalidare una schiera di grande, la non codifica RNAs.

Probabilmente il risultato più importante di Chip-Seguente è dell'l'analisi livella della popolazione delle interazioni fra proteina e DNA. Ciò ha permesso ai ricercatori di capire come i fattori di trascrizione regolamentano i geni basati sulla degenerazione del motivo della sede del legame che la proteina riconosce, sulla presenza di altri fattori di trascrizione nella stessa posizione e sulla distanza del fattore di trascrizione dal sito di inizio della trascrizione. Spesso, il meccanismo che un fattore di trascrizione usa è specifico ad ogni sede del legame determinata. Alcuni principi di più alta funzione possono essere delucidati soltanto eseguendo l'analisi genoma di ampiezza di tutte le sedi del legame attuali.

Per esempio, uno studio che ha usato Chip-seguente per profilare i fattori di trascrizione in cellule staminali embrionali ha dimostrato che gli elementi regolatori sono sistemati “nei enhanceosomes.„ Questo scienziati permessi a per capire i ruoli dei fattori di trascrizione durante la differenziazione di cellula staminale embrionale.

Una versione modificata di Chip-seguente egualmente è stata usata per identificare l'intero intervallo delle interazioni della cromatina che possono accadere fra le sedi del legame del ricevitore dell'estrogeno. Ciò ha fornito una mappa 3D di interazione che della cromatina quella piombo i ricercatori proporre che la topologia di DNA potesse essere un contributore chiave nel regolamento di trascrizione.

Sorgenti

Last Updated: Feb 26, 2019

Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally has a Bachelor's Degree in Biomedical Sciences (B.Sc.). She is a specialist in reviewing and summarising the latest findings across all areas of medicine covered in major, high-impact, world-leading international medical journals, international press conferences and bulletins from governmental agencies and regulatory bodies. At News-Medical, Sally generates daily news features, life science articles and interview coverage.

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