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Microplaqueta-Arranjando em seqüência a análise: Aplicações

Microplaqueta-segs., curto para a imunoprecipitação da cromatina arranjar em seqüência, combina a imunoprecipitação da cromatina com a próxima geração do tempo real que arranja em seqüência para identificar os locais obrigatórios genomic que as proteínas tais como factores da transcrição associam com. É uma ferramenta poderosa para explorar interacções do protein−DNA e o regulamento de eventos genéticos nas doenças e em caminhos biológicos.

Crédito de imagem: Fotos do CI/Shutterstock
Crédito de imagem: Fotos do CI/Shutterstock

O procedimento Microplaqueta-segs. envolve cruz-ligar proteínas a seu ADN encadernado com a fixação com o formaldeído. As pilhas são homogeneizadas então, o ADN é cortado, e um anticorpo proteína-específico é usado para isolar os fragmentos de ADN (imunoprecipitação) esse associado com a proteína do interesse. O ADN immunoprecipitated é amplificado então e os fragmentos de 200 a 300bp são seleccionados para arranjar em seqüência da próxima geração e a análise de locais obrigatórios do ADN.

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Identificação de locais obrigatórios da transcrição no genoma

O papel principal de um factor da transcrição é associar com um local genomic específico e recrutar os cofactor necessários para o regulamento do processo da transcrição. O passo inicial neste processo é o emperramento do factor da transcrição a um segmento específico do ADN. Usar-se Microplaqueta-segs., pesquisadores pode identificar estes locais obrigatórios do factor da transcrição através do genoma inteiro. Ambos os locais reguladores específicos e dirigem alvos a jusante das proteínas podem ser determinados para todo o factor da transcrição. Os pesquisadores podem igualmente avaliar todas as proteínas transcrição-reguladoras que formarem conjuntos em locais particulares no genoma.

Que foi conseguido aplicando Microplaqueta-segs.?

Uma aplicação importante da microplaqueta segs. foi a descoberta de elementos reguladores novos. Por exemplo, a análise de locais obrigatórios do ADN no cérebro do rato conduziu à identificação de áreas regulatpry tecido-específicas novas (realçadores) dos genes.

As análises de alterações do histone forneceram introspecções em como o genoma é organizado e os domínios funcionais através do genoma inteiro que permitiu cientistas de prever e validar uma disposição de grande, não-codificação RNAs.

Provavelmente a realização a mais importante de Microplaqueta-Segs. é a análise do população-nível das interacções entre a proteína e o ADN. Isto permitiu pesquisadores de compreender como os factores da transcrição regulam os genes baseados na degeneração do motivo do local obrigatório que a proteína reconhece, presença da outra transcrição fatoram no mesmo lugar, e na distância do factor da transcrição do local do começo da transcrição. Frequentemente, o mecanismo usos de um factor da transcrição é específico a cada local obrigatório individual. Alguns princípios de uma função mais alta podem somente ser explicados executando a análise genoma-larga de todos os locais obrigatórios existentes.

Por exemplo, um estudo que se usasse Microplaqueta-segs. para perfilar factores da transcrição em células estaminais embrionárias demonstrou que os elementos reguladores estão arranjados em “enhanceosomes.” Este os cientistas permitidos para compreender os papéis da transcrição fatoram durante a diferenciação de célula estaminal embrionária.

Uma versão alterada de Microplaqueta-segs. foi usada igualmente para identificar a escala inteira das interacções da cromatina que podem ocorrer entre locais obrigatórios do receptor da hormona estrogénica. Isto forneceu um mapa 3D da interacção que da cromatina aquele conduziu pesquisadores propr que a topologia do ADN pudesse ser um contribuinte chave no regulamento da transcrição.

Fontes

Last Updated: Feb 26, 2019

Sally Robertson

Written by

Sally Robertson

Sally first developed an interest in medical communications when she took on the role of Journal Development Editor for BioMed Central (BMC), after having graduated with a degree in biomedical science from Greenwich University.

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