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Viruta-Secuencia de análisis: Usos

Viruta-seq, corto para la inmunoprecipitación de la cromatina la secuencia, combina la inmunoprecipitación de la cromatina con la generación siguiente en tiempo real que ordena para determinar los puntos de enlace genomic a los cuales las proteínas tales como factores de la transcripción se asocian. Es una herramienta potente para explorar acciones recíprocas del protein−DNA y la regla de acciones genéticas en enfermedades y caminos biológicos.

Haber de imagen: Fotos/Shutterstock del ci
Haber de imagen: Fotos/Shutterstock del ci

El procedimiento Viruta-seq implica las proteínas de la interconexión a su DNA encuadernada con la fijación con formaldehido. Las células entonces se homogeneizan, se corta con tijeras la DNA, y un anticuerpo proteína-específico se utiliza para aislar los fragmentos de la DNA (inmunoprecipitación) ese socio con la proteína del interés. La DNA immunoprecipitated entonces se amplifica y los fragmentos de 200 a 300bp se seleccionan para la secuencia de la siguiente-generación y el análisis de los puntos de enlace de la DNA.

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Identificación de los puntos de enlace de la transcripción en el genoma

El papel principal de un factor de la transcripción es asociarse a un sitio genomic específico y reclutar los cofactores necesarios para la regla del proceso de la transcripción. El paso inicial en este proceso es el atascamiento del factor de la transcripción a un segmento específico de la DNA. Usando Viruta-seq, los investigadores pueden determinar estos puntos de enlace del factor de la transcripción a través del genoma entero. Ambos sitios reguladores específicos y dirigen objetivos rio abajo de proteínas pueden ser resueltos para cualquier factor de la transcripción. Los investigadores pueden también fijar cualquier proteína transcripción-reguladora que forme atados en los sitios determinados en el genoma.

¿Qué ha sido lograda aplicándose Viruta-seq?

Un uso importante de la viruta Seq ha sido el descubrimiento de nuevos elementos reguladores. Por ejemplo, el análisis de los puntos de enlace de la DNA en el cerebro del ratón ha llevado a la identificación de las nuevas áreas regulatpry tejido-específicas (reforzadores) de genes.

Los análisis de las modificaciones de la histona han ofrecido discernimientos en cómo se ordena el genoma y los dominios funcionales a través del genoma entero que ha permitido a científicos predecir y validar un arsenal de grande, no-codificación RNAs.

El logro más importante de Viruta-Seq es probablemente el análisis del población-nivel de acciones recíprocas entre la proteína y la DNA. Esto ha permitido a investigadores entender cómo los factores de la transcripción regulan los genes basados en la degeneración del adorno del punto de enlace que la proteína reconoce, presencia de la otra transcripción descomponen en factores en la misma situación, y la distancia del factor de la transcripción del sitio del comienzo de la transcripción. A menudo, el mecanismo las aplicaciones de un factor de la transcripción es específico a cada punto de enlace individual. Algunos principios de una función más alta pueden ser aclarados solamente realizando el análisis genoma-ancho de todos los puntos de enlace existentes.

Por ejemplo, un estudio que utilizó Viruta-seq para perfilar factores de la transcripción en células madres embrionarias demostró que los elementos reguladores están arreglados en “enhanceosomes.” Este los científicos habilitados para entender el papeles de la transcripción descomponen en factores durante la diferenciación de célula madre embrionaria.

Una versión modificada de Viruta-seq también se ha utilizado para determinar el alcance entero de las acciones recíprocas de la cromatina que pueden ocurrir entre los puntos de enlace del receptor del estrógeno. Esto ofreció un mapa 3D de la acción recíproca de la cromatina que ése llevó a investigadores a proponer que la topología de la DNA puede ser un contribuidor dominante en la regla de la transcripción.

Fuentes

Last Updated: Feb 26, 2019

Sally Robertson

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Sally Robertson

Sally first developed an interest in medical communications when she took on the role of Journal Development Editor for BioMed Central (BMC), after having graduated with a degree in biomedical science from Greenwich University.

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