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Défis d'analyse de composé de protéine

L'analyse complexe de protéine comporte l'évaluation considérable de la structure et du fonctionnement des protéines, qui sont présentes dans les échantillons biologiques complexes. En raison de ceci, techniques comme l'analyse complexe de protéine ayez la valeur grande en comprenant les organismes complexes. Bien que les méthodes d'analyse complexes de protéine récente soient efficaces en recensant la structure et du composé de protéine, il y a quelques facteurs limitatifs.

Crédit : Lerner Vadim Shutterstock.com

Certains des facteurs qui affectent l'analyse complexe de protéine sont des protéomiques de sérum, la présence de la protéine de membrane dans le protéome, complexité, etc. Une grande partie de la recherche est exécutée pour améliorer le procédé complexe d'analyse de protéine, qui comprend le recensement si les composés conviennent pour être modulée efficacement par des petites molécules. Certains des défis les plus courants qui affectent l'analyse complexe de protéine sont discutés ci-après.

Interférence des interactions protéine-protéine

Un des défis principaux relevés pendant le procédé complexe d'analyse de protéine est le développement des composés qui nuisent par l'action sur des composés de protéine.

Dans certains cas comme ceux concernant des canaux ioniques (considérés comme classe fiable d'objectif premiers), le procédé de diriger les composés contre différentes protéines n'a pas été possible alors que le hist est mis en application dans beaucoup d'autres cas. Simultanément, plusieurs composés ont été recensés, qui agissent sur des sous-unités alphas impliquées dans la formation de pore.

Certains de ces composés sont avec succès mis en application dans les études cliniques, qui sont principalement dus à leurs effets secondaires et manque critiques de spécificité. Beaucoup de composés qui avaient été développés pour agir contre différentes protéines maintenant sont mis en application dans l'action contre d'autres objectifs.

Même actuellement, là existe une idée fausse que l'interférence des petites molécules avec des interactions protéine-protéine n'est pas possible, qui est principalement due au manque de compréhension concernant le procédé d'interactions protéine-protéine. Les surfaces adjacentes de protéine ont la souplesse conformationnelle dans le composé constitutif aussi. D'ailleurs, les études concernant les protéines allostériques indiquent que les ligands sont responsables des modifications de structure qui se produisent aux surfaces adjacentes de protéine-protéine.

Les accepteurs des ligands allostériques ne sont pas limités sterically, qui est l'avantage, et indiquent qu'ils sont aussi efficaces que l'agoniste compétitif traditionnel. Les ligands allostériques sont efficaces en médicaments se développants qui peuvent agir contre des composés de protéine. Les analyses et l'examen critique cellulaires de haut-teneur sont les techniques impliquées dans les médicaments se développants contre des composés de protéine.

Défi de complexité

Le défi de complexité est un autre facteur qui affecte l'analyse des composés de protéine. Deux stratégies importantes qui sont impliquées en résolvant ces défis sont des approches recombinées et ceux qui sont basées sur des sources indigènes.

Les approches recombinées, telles que l'analyse étiquetée de Co-purification de protéine et les écrans hybrides de levure-deux, se composent d'une méthodologie systématique qui les rend fiables pour résoudre le défi de complexité. Les les deux mentionnés ci-dessus sont basés sur l'expression du gène des bibliothèques faites au hasard de la levure. Ces méthodes s'avèrent inefficaces une fois appliquées au protéome de l'organisme simple. La moitié des interactions sont faussement positive et des interactions qui concernent des protéines de membrane ne sont pas trouvées.

S'approche qui sont basés sur des sources indigènes sont basés sur le fractionnement biochimique et l'identification masse-spectrométrique. Certaines des restrictions dans ces méthodes sont des méthodes complexes de préparation de source et la quantité d'échantillon exigée.

L'approche biochimique de fractionnement est une option pour la purification d'affinité basée sur une protéine. La condition des ligands élevés d'affinité est également un facteur limitatif dans ces approches. La sensibilité et la fiabilité élevées de spectrométrie de masse devraient être efficaces en tant que ceux dans des techniques récentes de bio-informatique. Les limitations mentionnées ci-dessus limitent l'application de grande puissance de ces méthodes. Cependant, de meilleurs résultats peuvent être obtenus si ces approches sont effectuées parfaitement.

Présence des protéines de membrane

Les protéines de membrane occupent plus de 30% du complément entier de la protéine. Malheureusement, leur tendance d'obtenir a totalisé et obtient déposée en forme solide dans une solution limite leur analyse. Les résidus tryptiques d'objectif de clivage tels que l'arginine et la lysine ne sont pas présents dans des segments de transmembrane, mais sont présents seulement dans la partie hydrophile de ces protéines de membrane.

L'électrophorèse en gel bidimensionnelle n'est pas adaptée pour isoler ces protéines de membrane. Ces défis peuvent être surmontés par la membrane variée solubilisant les approches qui sont employées en résolvant les problèmes de solubilité et dans l'analyse des fractions enrichies dans des membranes.

Dans cette méthode, la solubilisation est réalisée par des procédés variés, tels qu'une fraction d'une membrane enrichie de levure est soumise au procédé de solubilisation dans l'existence du bromure de cyanogène en additionnant 90% de la solution d'acide formique ; une fraction microsomique de membrane est soumise à la solubilisation en la bouillant dans 0,5% de la solution de sulfate dodécylique de sodium ; et à l'aide d'un échantillon de membrane enrichie dans des procédés thermiques de sonication et de dénaturation des protéines dans 60% de la solution de méthylène avec de la trypsine. Toutes les méthodes de solubilisation discutées plus tôt sont efficaces et utilisées dans l'optimisation du procédé d'identification des protéines de membrane.

Protéomique de sérum

Le sérum humain contient environ 10.000 types de protéines. La grande variation de la concentration sérique était un facteur limitatif pour la découverte de biomarqueur. La concentration en sérum humain contient beaucoup d'albumine si comparée à d'autres types de protéine mais l'élimination de l'albumine peut également avoir comme conséquence l'élimination d'autres types de protéines telles que des hormones de peptide, des cytokines, etc. des méthodes que variées sont actuel employées, qui sont efficaces en recensant des biomarqueurs découverts du sérum. Certaines des méthodes comprennent l'analyse 2D-PAGE, la milliseconde de SELDI-TOF, etc.

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Last Updated: Feb 26, 2019

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