Attenzione: questa pagina è una traduzione automatica di questa pagina originariamente in lingua inglese. Si prega di notare in quanto le traduzioni sono generate da macchine, non tutte le traduzioni saranno perfetti. Questo sito web e le sue pagine web sono destinati ad essere letto in inglese. Ogni traduzione del sito e le sue pagine web possono essere imprecise e inesatte, in tutto o in parte. Questa traduzione è fornita per comodità.

Sfide di analisi del complesso della proteina

L'analisi complessa della proteina comprende l'estesa interpretazione della struttura e della funzione delle proteine, che sono presenti in campioni biologici complessi. dovuto questo, tecniche come l'analisi complessa della proteina abbia grande valore nella comprensione degli organismi complessi. Sebbene i metodi di analisi complessi della proteina recente siano efficienti nell'identificazione della struttura e del complesso della proteina, ci sono alcuni fattori limitante.

Credito: Lerner Vadim Shutterstock.com

Alcuni dei fattori che pregiudicano l'analisi complessa della proteina sono proteomics del siero, la presenza di proteina della membrana nel proteome, complessità, ecc. Gran parte della ricerca sta realizzanda per migliorare il trattamento complesso dell'analisi della proteina, che comprende l'identificazione se i complessi sono adatti a modulazione efficientemente dalle molecole piccole. Alcune delle sfide più comuni che pregiudicano l'analisi complessa della proteina sono discusse qui sotto.

Interferenza delle interazioni della proteina-proteina

Una delle sfide principali affrontate durante il trattamento complesso dell'analisi della proteina è lo sviluppo dei composti che interferiscono agendo sui complessi della proteina.

In alcuni casi come quelli che comprendono i canali ionici (considerati come la classe affidabile dell'obiettivo più in anticipo), il trattamento di direzione dei composti contro le diverse proteine non è stato possibile mentre il hist è applicato in molti altri casi. Simultaneamente, parecchi composti sono stati identificati, che agiscono sugli alfa sottounità in questione nella formazione del poro.

Alcuni di quei composti sono applicati con successo negli studi clinici, che siano pricipalmente dovuto i loro effetti secondari e mancanza critici di specificità. Molti composti che erano stati sviluppati per agire contro le diverse proteine ora stanno applicandi nell'agire contro altri obiettivi.

Anche attualmente, esiste un'idea sbagliata che l'interferenza di piccole molecole con le interazioni della proteina-proteina non è possibile, che è pricipalmente dovuto la mancanza di comprensione per quanto riguarda il trattamento di interazioni della proteina-proteina. Le interfacce della proteina hanno flessibilità conformazionale nel complesso costitutivo anche. Inoltre, gli studi che comprendono le proteine allosteric indicano che i leganti sono responsabili dei mutamenti strutturali che si presentano alle interfacce della proteina-proteina.

Le sedi del legame dei leganti allosteric non sono limitate sterically, che è il vantaggio ed indica che sono efficienti quanto l'agonista non Xerox tradizionale. I leganti Allosteric sono efficienti in droghe di sviluppo che possono agire contro i complessi della proteina. A analisi ed alla la selezione basate a cella del alto-contenuto sono le tecniche in questione in droghe di sviluppo contro i complessi della proteina.

Sfida di complessità

La sfida di complessità è un altro fattore che pregiudica l'analisi dei complessi della proteina. Due strategie importanti che sono comprese nella risoluzione delle queste sfide sono approcci recombinanti e quelli che sono basati sulle sorgenti indigene.

Gli approcci recombinanti, quali l'analisi etichettata di co-depurazione della proteina e gli schermi ibridi del lievito-due, consistono di una metodologia sistematica che li rende affidabili per risolvere la sfida di complessità. L'entrambi suddetti sono basati su espressione genica dalle librerie casuali di lievito. Quei metodi risultano essere inefficienti una volta applicati a proteome dell'organismo semplice. La metà delle interazioni è erroneamente positiva e le interazioni che comprendono le proteine della membrana non sono individuate.

Gli approcci che sono basati sulle sorgenti indigene sono basati sia sul frazionamento biochimico che sull'identificazione massa-spettrometria. Alcune delle restrizioni in questi metodi sono metodi complessi del preparato di sorgente e la quantità di campione richiesta.

L'approccio biochimico di frazionamento è un'opzione per depurazione di affinità basata su una proteina. Il requisito di alti leganti di affinità è egualmente un fattore limitante in questi approcci. L'alta affidabilità di spettrometria di massa e della sensibilità dovrebbe essere efficiente come quelle nelle tecniche recenti di bioinformatica. Le limitazioni suddette limitano l'applicazione su grande scala di questi metodi. Tuttavia, i migliori risultati possono essere ottenuti se questi approcci sono effettuati perfettamente.

Presenza di proteine della membrana

Le proteine della membrana occupano più di 30% di intero complemento di proteina. Purtroppo, la loro tendenza ad ottenere ha cumulato ed ottiene depositata nel modulo solido in una soluzione limita la loro analisi. I residui trittici dell'obiettivo di fenditura quali arginina e lisina non sono assenti nei segmenti del transmembrane, ma sono presenti soltanto nella parte idrofila di queste proteine della membrana.

L'elettroforesi bidimensionale del gel non è adatta ad isolare queste proteine della membrana. Queste sfide possono essere sormontate dalla varia membrana che solubilizza gli approcci che sono utilizzati nella risoluzione dei problema della solubilità e nell'analisi delle frazioni arricchite in membrane.

In questo metodo, la solubilità è raggiunta con i vari trattamenti, quale una frazione di una membrana arricchita del lievito è sottoposta al trattamento della solubilità nell'esistenza del bromuro di cianogene aggiungendo 90% della soluzione dell'acido formico; una frazione microsomica della membrana è sottoposta alla solubilità bollendola in 0,5% della soluzione del solfato dodecilico di sodio; ed utilizzando un campione della membrana arricchita nei trattamenti termici di denaturazione e di sonicazione delle proteine in 60% della soluzione del metanolo con tripsina. Tutti i metodi della solubilità discussi più presto sono efficienti ed utilizzati nell'ottimizzazione del processo di identificazione della proteina della membrana.

Proteomics del siero

Il siero umano contiene circa 10.000 tipi di proteine. La grande variazione nella concentrazione nel siero era un fattore limitante per la scoperta di biomarcatore. La concentrazione umana nel siero contiene una quantità elevata dell'albumina una volta confrontata ad altri tipi della proteina ma eliminare l'albumina può anche provocare l'eliminazione di altri tipi di proteine quali gli ormoni del peptide, le citochine, ecc. che i vari metodi corrente sono usati, che sono efficienti nell'identificazione dei biomarcatori scoperti dal siero. Alcuni dei metodi includono l'analisi 2D-PAGE, il ms di SELDI-TOF, ecc.

Sorgenti:

  1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2950283/
  2. https://www.google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=6&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwj9yOuYmb_VAhXJpI8KHRbvDoUQFghWMAU&url=http%3A%2F%2Fwww.mdpi.com%2F1422-0067%2F16%2F2%2F3537%2Fpdf&usg=AFQjCNGbcp0CsQfwxcPG18MT-crTg43L0w
  3. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3032381/
  4. http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/pr020300a?journalCode=jprobs&
  5. https://uhdspace.uhasselt.be/dspace/retrieve/21565/Meysman-2015-Mass%20Spectormetry%20Reviews-Protein%20complex%20analysis.pdf
  6. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2814522/

Further Reading

Last Updated: Feb 26, 2019

Comments

The opinions expressed here are the views of the writer and do not necessarily reflect the views and opinions of News Medical.