Assemblée de séquence d'ADN

L'ensemble de séquence d'ADN est un procédé qui concerne aligner et fusionner des éclats d'une séquence d'ADN pour reconstruire la structure originelle de l'ADN. C'est une opération essentielle du procédé d'analyse de génome parce que le génome entier ne peut pas être interprété dans une opération avec le courant ordonnançant la technologie. Au lieu de cela, des petites parties du génome avec jusqu'à 30.000 bases de nucléotide sont affichées immédiatement et alors compilées pour reprendre l'ADN.

L'Assemblée est une tâche difficile parce qu'il y a souvent beaucoup de différents éclats du génome, qui doivent être rapiécés de retour ensemble dans la commande correcte pour sembler raisonnable de l'information. Il y a également de la propension pour l'erreur dans l'assemblage dû à la répétition des bases de nucléotide dans le génome, qui peut augmenter la difficulté d'assembler les éclats ensemble correctement.

Cadrage des éclats

Afin de réaliser l'ensemble correct de séquence d'ADN, il est nécessaire d'afficher les éclats multiples des séquences et puis de les joindre de retour ensemble dans la commande correcte. Ceci concerne superposer les extrémités des éclats parce que le courant ADN ordonnançant la technologie ne peut pas afficher la séquence entière de génome immédiatement.

L'alignement correct des segments d'ADN est essentiel pour s'assurer que l'ADN est assemblé pour former l'original. Ceci s'assure que la compréhension prise de l'analyse du génome est appropriée et peut pouvoir fournir une utilisation appropriée dans la pratique.

Un génome est défini car de finition quand il y a une séquence continue unique d'ADN avec les bases bien définies de nucléotide à chaque remarque. Il ne devrait pas y avoir aucune ambiguïté pour les réplicons dans la séquence.

Approches

Il y a deux types grands de techniques d'ensemble qui peuvent être utilisées : ensemble de novo et comparatif.

L'ensemble de novo est utilisé pour les génomes neufs qui n'ont pas été précédemment ordonnancés ou n'est pas assimilé aux génomes qui ont été précédemment ordonnancés. Ce type d'ensemble est habituellement plus dur pour conduire en raison des difficultés de calcul.

Le comparatif, ou la cartographie, ensemble est employé pour les génomes qui ont une séquence existante, ou a un génome qui est assimilé à un autre organisme qui a déjà un génome assemblé, qui peut être employé comme référence.

Technologie d'assembleur

Les premiers assembleurs de séquence pour aligner des fragments d'ADN avec les instruments de ordonnancement robotisés ont été introduits au début des années 80. Au fil du temps, la technologie pour assembler des séquences d'ADN a évolué considérablement pendant que l'étape progressive dans la recherche génomique ont exigé des techniques plus sophistiquées de manager l'information du projet de génome en cours.

Calculant des boîtiers sont employés avec des Terabyte d'ordonnancer des caractéristiques pour assembler l'ADN. Les parties identiques ou très assimilées de l'ADN, désignées sous le nom des répétitions, peuvent confondre le procédé et augmenter la période et la complexité des algorithmes exigés pour l'ensemble. Supplémentaire, s'il y a des erreurs moins importantes dans les fragments d'ADN dus à l'étalonnage incorrect des instruments de ordonnancement ou d'un facteur différent, il peut être très difficile de recenser l'erreur dans les caractéristiques et d'exclure l'éclat des résultats.

Il y a actuel des technologies neuves étant développées pour aider à améliorer le procédé de l'ensemble d'ADN. On l'espère que ceux-ci contribueront à améliorer la facilité et la vitesse de l'ensemble de séquence d'ADN à l'avenir de sorte que les résultats puissent être employés dans des applications pratiques.

Références

  1. http://www.nature.com/nrg/journal/v14/n3/full/nrg3367.html
  2. http://samoa.santafe.edu/media/workingpapers/09-04-010.pdf
  3. https://academic.oup.com/nar/article/23/24/4992/2400677/A-new-DNA-sequence-assembly-program
  4. http://www.aaai.org/Papers/ISMB/1995/ISMB95-033.pdf

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Last Updated: Feb 26, 2019

Yolanda Smith

Written by

Yolanda Smith

Yolanda graduated with a Bachelor of Pharmacy at the University of South Australia and has experience working in both Australia and Italy. She is passionate about how medicine, diet and lifestyle affect our health and enjoys helping people understand this. In her spare time she loves to explore the world and learn about new cultures and languages.

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