Assemblea di sequenza del DNA

L'installazione di sequenza del DNA è un trattamento che comprende allineare e fondere i frammenti di una sequenza del DNA per ricostruire la struttura originale del DNA. Ciò è un punto essenziale del trattamento dell'analisi del genoma perché l'intero genoma non può essere interpretato ad un punto con la tecnologia d'ordinamento corrente. Invece, le piccole sezioni del genoma con fino a 30.000 basi del nucleotide sono lette immediatamente e poi sono montate per riformare il DNA.

L'Assemblea è un compito difficile perché ci sono spesso molti frammenti differenti del genoma, che devono essere collegati insieme indietro nell'ordine corretto per avere significato delle informazioni. C'è egualmente una certa tendenza per l'errore nel processo di montaggio dovuto la ripetizione delle basi del nucleotide sul genoma, che può aumentare la difficoltà di montaggio dei frammenti insieme correttamente.

Allineamento dei frammenti

Per raggiungere l'installazione corretta di sequenza del DNA, è necessario da leggere i frammenti multipli delle sequenze e poi da collegarle indietro insieme nell'ordine corretto. Ciò comprende sovrapporre le estremità dei frammenti perché il DNA corrente che ordina la tecnologia non può leggere l'intera sequenza del genoma immediatamente.

L'allineamento corretto dei segmenti del DNA è essenziale per assicurarsi che il DNA sia montato per formare l'originale. Ciò assicura che capire catturata dall'analisi del genoma sia pertinente e possa potere fornire un uso appropriato in pratica.

Un genoma è definito come rifinito quando c'è una sola sequenza continua di DNA con le basi ben definite del nucleotide ad ogni punto. Ci non dovrebbe essere alcun'ambiguità quanto ai repliconi nella sequenza.

Approcci

Ci sono due vasti tipi di tecniche dell'installazione che possono essere utilizzate: de novo ed installazione comparativa.

L'installazione di De novo è utilizzata per i nuovi genoma che precedentemente non sono stati ordinati o non è simile ai genoma che precedentemente sono stati ordinati. Questo tipo di installazione è solitamente più duro da condurre dovuto le difficoltà di calcolo.

Il comparativo, o mappare, installazione è usato per i genoma che hanno una sequenza attuale, o ha un genoma che è simile ad un altro organismo che già ha un genoma montato, che può essere usato come riferimento.

Tecnologia dell'assemblatore

I primi assemblatori di sequenza per allineare le sequenze di DNA con gli strumenti d'ordinamento automatizzati sono stati presentati nell'inizio degli anni 80. Col passare del tempo, la tecnologia per montare le sequenze del DNA si è evoluta considerevolmente mentre la progressione nella ricerca di genomica ha richiesto le tecniche più specializzate di gestire le informazioni del progetto del genoma in corso.

I cluster di calcolo sono usati con i Terabyte di ordinamento dei dati per montare il DNA. Le sezioni identiche o molto simili del DNA, citate come ripetizioni, possono confondere il trattamento ed aumentare il periodo e la complessità degli algoritmi richiesti per l'installazione. Ulteriormente, se ci sono degli errori secondari nelle sequenze di DNA dovuto la calibratura sbagliata degli strumenti d'ordinamento o di un altro fattore, può essere molto difficile da identificare l'errore nei dati e da escludere il frammento dai risultati.

Ci sono corrente nuove tecnologie che sono diventate per contribuire a migliorare il trattamento dell'installazione del DNA. È sperato che questi contribuiscano a migliorare la facilità e la velocità dell'installazione di sequenza del DNA in futuro in moda da potere utilizzare i risultati nelle applicazioni pratiche.

Riferimenti

  1. http://www.nature.com/nrg/journal/v14/n3/full/nrg3367.html
  2. http://samoa.santafe.edu/media/workingpapers/09-04-010.pdf
  3. https://academic.oup.com/nar/article/23/24/4992/2400677/A-new-DNA-sequence-assembly-program
  4. http://www.aaai.org/Papers/ISMB/1995/ISMB95-033.pdf

[Ulteriore lettura: DNA]

Last Updated: Feb 26, 2019

Yolanda Smith

Written by

Yolanda Smith

Yolanda graduated with a Bachelor of Pharmacy at the University of South Australia and has experience working in both Australia and Italy. She is passionate about how medicine, diet and lifestyle affect our health and enjoys helping people understand this. In her spare time she loves to explore the world and learn about new cultures and languages.

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