Conjunto da seqüência do ADN

O conjunto da seqüência do ADN é um processo que envolva alinhar e fundir fragmentos de uma seqüência do ADN para reconstruir a estrutura original do ADN. Esta é uma etapa essencial do processo da análise do genoma porque o genoma inteiro não pode ser interpretado em uma etapa com tecnologia arranjando em seqüência actual. Em lugar de, as secções pequenas do genoma com até 30.000 bases do nucleotide são lidas imediatamente e montadas então para reformar o ADN.

O conjunto é uma tarefa dificil porque há frequentemente muitos fragmentos diferentes do genoma, que precisam de ser remendados para trás junto no pedido correcto para fazer o sentido da informação. Há igualmente alguma propensão para o erro no processo de conjunto devido à repetição das bases do nucleotide no genoma, que pode aumentar a dificuldade de montar os fragmentos junto correctamente.

Alinhamento dos fragmentos

A fim conseguir o conjunto correcto da seqüência do ADN, é necessário ler fragmentos múltiplos das seqüências e ligá-las então para trás junto no pedido correcto. Isto envolve sobrepr as extremidades dos fragmentos porque o ADN actual que arranja em seqüência a tecnologia é incapaz de ler imediatamente a seqüência inteira do genoma.

O alinhamento correcto dos segmentos do ADN é essencial assegurar-se de que o ADN esteja montado para formar o original. Isto assegura-se de que compreender tomada da análise do genoma seja relevante e possa poder fornecer na prática um uso apropriado.

Um genoma está definido como terminado quando há uma única seqüência contínua do ADN com bases claramente definidas do nucleotide em cada ponto. Não deve haver nenhuma ambigüidade a respeito dos replicons na seqüência.

Aproximações

Há dois tipos largos de técnicas do conjunto que podem ser utilizadas: de novo e conjunto comparativo.

O conjunto de De novo é usado para os genomas novos que não têm sido arranjados em seqüência previamente ou não é similar aos genomas que têm sido arranjados em seqüência previamente. Este tipo de conjunto é geralmente mais duro conduzir devido às dificuldades computacionais.

O comparativo, ou o traço, conjunto são usados para os genomas que têm uma seqüência existente, ou têm um genoma que seja similar a um outro organismo que já tenha um genoma montado, que possa ser usado como uma referência.

Tecnologia do assembler

Os primeiros assembler da seqüência para alinhar fragmentos do ADN com os instrumentos arranjando em seqüência automatizados foram introduzidos no princípio dos anos 80. Ao longo do tempo, a tecnologia para montar seqüências do ADN evoluiu consideravelmente enquanto a progressão na pesquisa da genómica exigiu umas técnicas mais sofisticadas controlar a informação do projecto do genoma corrente.

Os conjuntos de computação são usados com Terabyte de arranjar em seqüência dados para montar o ADN. As secções idênticas ou muito similares do ADN, referidas como repetições, podem confundir o processo e aumentar a época e a complexidade dos algoritmos exigidos para o conjunto. Adicionalmente, se há algum erro menor nos fragmentos do ADN devido à calibração incorrecta dos instrumentos arranjando em seqüência ou de um outro factor, pode ser muito difícil identificar o erro nos dados e excluir o fragmento dos resultados.

Há actualmente umas novas tecnologias que estão sendo tornadas para ajudar a melhorar o processo de conjunto do ADN. Espera-se que estes contribuirão a melhorar a facilidade e a velocidade do conjunto da seqüência do ADN no futuro de modo que os resultados possam ser usados em aplicações práticas.

Referências

  1. http://www.nature.com/nrg/journal/v14/n3/full/nrg3367.html
  2. http://samoa.santafe.edu/media/workingpapers/09-04-010.pdf
  3. https://academic.oup.com/nar/article/23/24/4992/2400677/A-new-DNA-sequence-assembly-program
  4. http://www.aaai.org/Papers/ISMB/1995/ISMB95-033.pdf

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Last Updated: Feb 26, 2019

Yolanda Smith

Written by

Yolanda Smith

Yolanda graduated with a Bachelor of Pharmacy at the University of South Australia and has experience working in both Australia and Italy. She is passionate about how medicine, diet and lifestyle affect our health and enjoys helping people understand this. In her spare time she loves to explore the world and learn about new cultures and languages.

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