Asamblea de la serie de la DNA

El montaje de la serie de la DNA es un proceso que implica el alinear y el combinar de fragmentos de una serie de la DNA para reconstruir la estructura original de la DNA. Éste es un paso esencial del proceso del análisis del genoma porque el genoma entero no se puede interpretar en un paso con tecnología de secuencia actual. En lugar, las pequeñas secciones del genoma con hasta 30.000 bases del nucleótido se leen inmediatamente y después se montan para reformar la DNA.

La asamblea es una tarea difícil porque hay a menudo muchos diversos fragmentos del genoma, que necesitan ser juntados las piezas detrás juntos en la orden correcta para tener sentido de la información. Hay también una cierta propensión para el desvío en el proceso de montaje debido a la repetición de las bases del nucleótido en el genoma, que puede aumentar la dificultad de montar los fragmentos juntos correctamente.

Alineación de fragmentos

Para lograr al montaje correcto de la serie de la DNA, es necesario leer fragmentos múltiples de series y después conectarlas detrás junto en la orden correcta. Esto implica el recubrir de los extremos de los fragmentos porque la DNA actual que ordena tecnología no puede leer la serie entera del genoma inmediatamente.

La alineación correcta de los segmentos de la DNA es esencial asegurarse de que la DNA está montada para formar la original. Esto se asegura de que la comprensión tomada del análisis del genoma sea relevante y pueda poder ofrecer un uso apropiado en la práctica.

Un genoma se define según lo acabado cuando hay una única serie contínua de la DNA con las bases bien definidas del nucleótido en cada punto. No debe haber ninguna ambigüedad en cuanto a los réplicones en la serie.

Aproximaciones

Hay dos tipos amplios de técnicas del montaje que puedan ser utilizadas: de novo y montaje comparativo.

Utilizan para los nuevos genomas que no se han ordenado previamente o no es similar al montaje de De novo a los genomas que se han ordenado previamente. Este tipo de montaje es generalmente más duro conducto debido a las dificultades de cómputo.

El comparativo, o la correspondencia, montaje se utiliza para los genomas que tienen una serie existente, o tiene un genoma que sea similar a otro organismo que tenga ya un genoma montado, que se puede utilizar como referencia.

Tecnología del ensamblador

Los primeros ensambladores de la serie para alinear fragmentos de la DNA con los instrumentos de secuencia automatizados fueron introducidos en el principios de los 80. En un cierto plazo, la tecnología para montar series de la DNA se ha desarrollado considerablemente mientras que la progresión en la investigación de la genómica ha requerido técnicas más sofisticadas manejar la información del proyecto del genoma en curso.

Los atados que calculan se utilizan con Terabyte de ordenar datos para montar la DNA. Las secciones idénticas o muy similares de la DNA, designadas repeticiones, pueden confundir el proceso y aumentar la época y la complejidad de los algoritmos requeridos para el montaje. Además, si hay algunos desvíos de menor importancia en los fragmentos de la DNA debido a la calibración incorrecta de los instrumentos de secuencia o de otro factor, puede ser muy difícil determinar el desvío en los datos y excluir el fragmento de los resultados.

Hay actualmente nuevas tecnologías que son convertidas para ayudar a perfeccionar el proceso del montaje de la DNA. Se espera que éstos contribuirán a perfeccionar la facilidad y la velocidad del montaje de la serie de la DNA en el futuro para poder utilizar los resultados en usos prácticos.

Referencias

  1. http://www.nature.com/nrg/journal/v14/n3/full/nrg3367.html
  2. http://samoa.santafe.edu/media/workingpapers/09-04-010.pdf
  3. https://academic.oup.com/nar/article/23/24/4992/2400677/A-new-DNA-sequence-assembly-program
  4. http://www.aaai.org/Papers/ISMB/1995/ISMB95-033.pdf

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Last Updated: Feb 26, 2019

Yolanda Smith

Written by

Yolanda Smith

Yolanda graduated with a Bachelor of Pharmacy at the University of South Australia and has experience working in both Australia and Italy. She is passionate about how medicine, diet and lifestyle affect our health and enjoys helping people understand this. In her spare time she loves to explore the world and learn about new cultures and languages.

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