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Différenciation entre la substance microbienne

La différenciation des tensions bactériennes dans un échantillon unique peut être un défi intimidant. Des études microscopiques de l'échantillon peuvent être employées pour des tâches simples d'identification et de différenciation.

Les microbiologistes peuvent recenser le microbe par ses caractéristiques morphologiques et documenter tous les organismes dans l'échantillon.

Souillant, cultivant, et les tests biochimiques simples sont d'autres méthodes traditionnelles pour distinguer la substance microbienne.

Les marcescens de serratia est des substances des bacilles gram négatifs en forme de tige dans les entérobactériacées de famille pour la microbiologie de laboratoire. Crédit d
Les marcescens de serratia est des substances des bacilles gram négatifs en forme de tige dans les entérobactériacées de famille pour la microbiologie de laboratoire. Crédit d'image : Rattiya Thongdumhyu/Shutterstock

Méthodes traditionnelles

Les caractéristiques microscopiques qui peuvent être employées pour recenser des bactéries comprennent la forme générale du microbe. Des microbes peuvent être formés comme des tiges, des sphères, ou des spirales, ou d'autres formes.

La souillure de gramme est un test très courant employé pour déterminer le type de bactéries dans une culture. Elle a été baptisée du nom du bactériologiste danois Hans Christian Gram.

Substance pourpre comprenant de bacille, de staphylocoque, de streptocoque, et de Clostridium spire avec la coloration Gram.

D'autres substances aiment des escherichia, hélicobacter, et la salmonelle sont gramnégative, signifiant ils ne changent pas la couleur avec la coloration Gram.

Quelques exemples du contrôle biochimique comprennent le contrôle de catalase, le contrôle d'oxydase, et les tests d'utilisation de substrat.

Méthodes modernes

Cependant, parce que quelques applications les nombres de bactéries sont trop grandes, ou il y a un grand beaucoup d'espèces inconnues et autre les méthodes sont nécessaires pour les différencier.

Quelques méthodes plus neuves et plus sophistiquées pour différencier entre les microbes comprennent l'identification basée sur ACP, l'identification basée sur puce ADN, et l'identification immunologique.

Dans l'identification basée sur ACP, l'ACP de temps réel est employé pour amplifier certains gènes qui sont alors ordonnancés pour confirmer l'identité du microbe.

Dans l'identification basée sur puce ADN, les séquences d'ADN microbiennes sont hybridées aux sondes spécifiques à l'espèce d'oligonucléotide dans un format de réseau.

L'identité du microbe peut alors être déterminée en trouvant la « adresse » sur le réseau d'un résultat positif.

Un dosage immunologique peut trouver la substance des microbes en joignant des anticorps pour les protéines spécifiques à l'espèce à une méthode de dépistage telle qu'une teinture.

Les méthodes comme l'acide gras profilant et chimio-profilant peuvent également discerner différents microbes entre eux.

Les substances microbiennes ont souvent des combinaisons uniques d'acides gras ou de métabolites qui peuvent les discerner entre eux.

Metagenomics

Dans des études de metagenomics, les chercheurs ont eu la réussite utilisant le séquençage du génome pour recenser des microbes dans un échantillon.

Par exemple, dans une étude de la maladie de Crohn, les chercheurs emploient l'ordonnancement à l'explorer si certaines espèces de bactéries influencent le fonctionnement du microbiota gastro-intestinal dans les patients présentant la maladie de Crohn avec des personnes en bonne santé, et que les signatures microbiennes marquent avec le cas et l'étape progressive de la maladie.

Dans certains cas, la différenciation substance substance ne pourrait pas être assez, et les scientifiques peuvent devoir recenser différentes tensions.

Dans un cas, les fonctionnaires des États-Unis ont constaté que d'Escherichia coli Shiga toxine producteur était la source de manifestation d'intoxication alimentaire en l'Allemagne en 2005 et 2006.

Les chercheurs ont employé l'ACP et le nucléotide ordonnançant pour recenser les sous-types de gènes variables spécifiques entre les tensions pour recenser la tension responsable de la manifestation.

Spectroscopie de masse

Des méthodes instrumentales peuvent également être employées pour différencier des bactéries. Par exemple, les chercheurs avaient l'habitude la spectroscopie de masse de postionization de désorption de laser pour différencier la substance microbienne et les tensions dans un film biologique de Co-culture.

Ils avaient l'habitude des cocultures d'Escherichia coli et des saccharomyces cerevisiae pour imiter un système écologique de film biologique de producteur-consommateur naturel.

D'autres méthodes de spectroscopie de masse qui ont été employées pour différencier la substance des bactéries sont les spectres de masse d'ion secondaire (SIMS) et la spectroscopie de masse aidée par modification d'ionisation de désorption de laser (MALDI-MS).

Observé par le chevalier de Megan, BSC

Références

  1. Microbiologie : la route à l'identification niveau de la tension, https://www.nature.com/articles/nmeth.3837
  2. Analyse de Metagenomic de la structure et du fonctionnement du microbiota humain d'intestin dans la maladie de Crohn, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000257.v2.p1
  3. Identification des tensions humain-pathogènes de Shiga Escherichia coli toxinogène de nourriture par une combinaison de la classification par sérotype et de taper moléculaire des gènes de toxine de Shiga, http://aem.asm.org/content/73/15/4769.full
  4. Différenciation de substance microbienne et de tensions dans des films biologiques de coculture par analyse multivariée des spectres de masse de postionization de désorption de laser, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3833099/
  5. Cours intensif dans l'identification microbienne, https://bitesizebio.com/36644/methods-microbial-identification/

Further Reading

Last Updated: Aug 23, 2018

Dr. Catherine Shaffer

Written by

Dr. Catherine Shaffer

Catherine Shaffer is a freelance science and health writer from Michigan. She has written for a wide variety of trade and consumer publications on life sciences topics, particularly in the area of drug discovery and development. She holds a Ph.D. in Biological Chemistry and began her career as a laboratory researcher before transitioning to science writing. She also writes and publishes fiction, and in her free time enjoys yoga, biking, and taking care of her pets.

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