Framtida DNA-Ordnande i viss följdTekniker

Vid Catherine Shaffer, M.Sc.

DNA-ordnande i viss följd har genomgått radikala framflyttningar, sedan den första Sanger ordnande i viss följdmetoden introducerades i 1977. Sanger kedjar ordnande i viss följd gjort bruk av på måfå tillfogat kedja-avsluta deoxynucleotides under DNA-syntes för att frambringa DNA av längder som skilja sig åt vid en, baserar parar. De avskildes därefter på en polyacrylamidegel, och ”läs” något liknande från vänster till höger en boka. I Dag, finns preciserar det en bred samling av förbättrade metoder med foren och resultat.

DNA ordnar. Avbilda Krediterar: Gio.tto/Shutterstock
DNA ordnar. Avbilda Krediterar: Gio.tto/Shutterstock

Från den Sanger Metoden till SingelMolekylOrdnande i viss följd

I den sena 90-tal och 2000sen Projekterar MänniskaGenom drösförbättringar på den nämnda Sanger metoden som inklusive hela metoder för genomhagelgevärordnande i viss följd och nästa generationordnande i viss följd. Genom att bryta upp stort, ordnar av DNA, och ordna dem i ett kraftigt parallellt dana samtidigt, data kunde frambringas snabbare. Med att förbättra datateknik, kunde ordna därefter återmonteras, och hela genom började att avkodas.

Företag gillar Solexa och LivTeknologier som förbättras på de metoder yet igen och att skapa nästa generationordnande i viss följdteknologier. I nästa generationordnande i viss följd fästas DNA-mallfragment till heltäckande ytbehandlar lika glass glidbanor eller microbeads för mer automatiserad, kickgenomgångsbruk. Några kemiska innovationer har tillfogats in understöder utvecklingsordnande i viss följd. Dessa metoder framkallades och nådde popularitet i 2000sen.

Även är nyare metoder nu på horisonten. Singelmolekylordnande i viss följd (SMS) är en att närma sig, som kopplar förbi förstärkning vid PCR, ett avgörande kliver sammanlagt nästa generationteknologier. PCR-förstärkningen multiplicerar det original- mallDNA-fragmentet vid hundreds eller tusentals tider, så att den kan visualiseras av optiska upptäcktsmetoder.

SMS-metoder förhör en singelDNA-molekyl och att övervinna problem och snedheter som introduceras av den processaa PCREN. De potentiella fördelarna av SMS över nästa generationordnande i viss följd inkluderar snabbare produktionstid, läser longer längder, högre exakthet, mindre starta materiellt och kostar lower. Det beräknas att med SMS, en kan hel genom ordnas för så lite som $100.

Helicos Genetisk Analys

Helicos den Genetiska AnalysPlattformen ordnar individen, DNA- sommolekylar som är obligations- till en lägenhet, ytbehandlar, som de är fördjupade. Fluorescerande märkta nucleotidemotsvarigheter som kallas Faktisk Terminator nucleotides. Denna teknologistillbild kräver en paus, efter varje runda av f8orlängningen som läser ordna, men den, har avlägsnat PCREN har klivit krävt för nästa generationteknologier lika Illumina och Roche 454.

Det rå felet klassar på att ordna en individ som DNA strandar är mer än 5 procent. Emellertid när att ordna bärs ut i ett högt parallellt sätt, ordnar den färdiga konsensusen exakthet är över 99 procent. Denna metod kan också vara van vid ordnar RNA direkt, genom att ersätta den omvända transcriptasen för DNA-polymerase. Helicos var Genetisk Analys van vid ordnar genom av en av dess co-grundarear, Dr. Stephen Skälva, för under $50.000 i 2009. Emellertid sparade Helicos därpå för konkurs för Kapitel 11 i 2012.

SingelMolekylRealtidsOrdnande i viss följd

Stillahavs- Biosciences framkallade metoden för SingelMolekylden Realtids(SMRT) Ordnande i viss följd, som baseras på observation direkt av syntes av en singel strandar av DNA. SMRT-ordnande i viss följd gör bruk av enfjäll kammare till isolaten en singelDNA att stranda och DNA-polymerasen. Molekylen för DNA-polymerasen ankras och översvämmas därefter med fluorescerande märkta nucleotides.

Nucleotidesna kan avkännas, som de sprider ut besegrar till den destinerade DNAEN strandar och känns igen och inkorporeras av DNA-polymerasen. Den processaa diffusionen och f8orlängningen händer i millisekunder, så det hjälpmedel att DNA-polymerasen tillfogas flera baser per understöder. Kedja, det kopplar från från nucleotiden under reaktionen för DNA-polymerasen som frigör sig från den växande DNAEN, kedjar, Därför Att den fluorescerande färgen fästas till nucleotiden till och med en phosphate.

En viktig fördel av SMS-teknologier är, att de ordnar molekylen fortlöpande, ganska, än stoppa för att läsa efter varje runda av basera f8orlängningen. Också har metoden propensityen att frambringa longer ordnar läser, när den i dag jämförs till andra plattformar på marknadsföra.

Granskat by: Dr Tomislav Meštrović, MD, PhD

Källor

  1. http://smrt.med.cornell.edu/
  2. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0022283675902132/
  3. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC431765/
  4. https://www.genomeweb.com/sequencing/helicos-biosciences-files-chapter-11-bankruptcy-protection

[mer Ytterligare Läsning: DNA-ordnande i viss följd]

Last Updated: Sep 11, 2017

Comments

The opinions expressed here are the views of the writer and do not necessarily reflect the views and opinions of News-Medical.Net.
Post a new comment
Post