Analyse de génome

Les projets de génome comportent type trois phases principales : Ordonnancement d'ADN, ensemble d'ADN pour représenter le chromosome originel, et analyse de la représentation.

Structure d

L'ordonnancement d'ADN est le procédé pour déterminer la commande de nucléotide dans une molécule d'ADN spécifique, qui est utile en essayant de comprendre son fonctionnement et effets conséquents dans l'organisme qu'elle demeure dedans. L'ensemble de séquence d'ADN comporte le cadrage et le fusionnement des fragments d'ADN pour reconstruire l'ADN de sorte que de plus petites parties du génome puissent s'analyser.

L'analyse de la phase d'ADN est l'opération finale dans l'analyse de génome. Elle rassemble les découvertes des phases précédentes du projet pour former les conclusions, qui peuvent offrir la valeur vrai pour promouvoir notre connaissance du génome et être appliquées dans des situations appropriées.

Annotation d'ADN

L'annotation d'ADN est le procédé de recenser l'emplacement des gènes et des régions codantes dans un génome pour produire des idées au sujet des fonctionnements possibles des gènes. Il y a trois opérations principales pour annoter le génome, qui comprennent :

  • Recensez les parties du génome qui ne sont pas impliquées dans des protéines de codage
  • Recensez les éléments principaux du génome (la prévision de gène)
  • Branchez les éléments principaux du génome à l'information biologique

Il est important de considérer comment le génome est assimilé à d'autres génomes qui sont déjà connus, car ceci peut aider en déterminant le rôle du gène. Supplémentaire, les plasmides, les bactériophages et les gènes de résistance du génome peuvent indiquer des informations sur la nature du génome.

La méthode traditionnelle de méthode de curation emploie l'algorithme local fondamental d'outil de recherche (BLAST) de cadrage pour trouver des similitudes pour annoter le génome. Cependant, cette approche comporte la connaissance approfondie et la vérification expérimentale à effectuer.

Il y a également plusieurs outils qui peuvent automatiquement annoter le génome in silico, qui tendent à être plus efficaces que la méthode de curation et peuvent fournir les informations complémentaires. Le curation et les outils techniques d'automatisation sont employés souvent ensemble pour se compléter dans la fourniture de résultats.

Technologie pour l'analyse de génome

Les progrès récents en technologie qui laissent ordonnancement génomique de débit élevé à entreprendre rapidement et relativement à bon marché a actionné le travail de l'analyse de génome vers l'avant.

Cependant, cette étape progressive met également une grande demande des outils efficaces et robustes de l'analyse pour interpréter les caractéristiques dans une forme qui peut être utilisée dans la pratique. Les ensembles de caractéristiques massifs qui ont été produites par des projets, tels que le projet génome humain, demeurent en grande partie peu employés, malgré le fait que le projet a conclu plus qu'il y a une décennie.

Il est important de développer des techniques à les deux analysent l'information que nous avons actuel procurable et le niveau des caractéristiques des lesquelles nous produisons.

Il y a actuel un manque d'outils d'analyse robustes qui peuvent traiter la profondeur des caractéristiques dans ces projets de génome et aider des chercheurs en se servant de l'information.

Il y a plusieurs rôles importants des outils utilisés dans le procédé pour analyser des génomes. Les outils devraient avoir des capacités :

  • Comparez les appels variables entre les génomes
  • Exportez les caractéristiques dans des formats pratiques pour l'analyse
  • Filtrez et annotez les résultats pour augmenter la facilité de l'analyse
  • Produisez un génome de référence pour des analyses successives

Le développement des outils adaptés à aider au procédé d'analyse de génome devrait être une priorité à l'avenir pour continuer l'accroissement de la connaissance et de comprendre l'inducteur de la génomique.

Références

  1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2928508/
  2. https://microbialinformaticsj.biomedcentral.com/articles/10.1186/2042-5783-3-2
  3. http://www.completegenomics.com/public-data/analysis-tools/cgatools/

[Davantage de relevé : Génomique]

Last Updated: Feb 26, 2019

Yolanda Smith

Written by

Yolanda Smith

Yolanda graduated with a Bachelor of Pharmacy at the University of South Australia and has experience working in both Australia and Italy. She is passionate about how medicine, diet and lifestyle affect our health and enjoys helping people understand this. In her spare time she loves to explore the world and learn about new cultures and languages.

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