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Applicazioni di RNAi Genoma Di ampiezza

L'interferenza del RNA (RNAi) è un meccanismo genetico che usa piccolo RNAs d'interferenza (siRNAs) per mirare e neutralizzare al RNA messaggero (mRNA). Ciò provoca la soppressione del gene dell'obiettivo che è espresso.

Credito: vchal/Shutterstock.com

RNAi è un trattamento naturale che in primo luogo è stato caratterizzato completamente dall'incendio e da Craig di Andrew pieni nel 1998. Da allora, RNAi si è trasformato in in un metodo del cavallo di lavoro per gli studi sulla funzione determinata del gene. Più recentemente, RNAi è stato spiegato al livello genoma di ampiezza, permettendo che i ricercatori valutino ogni gene in un genoma per il suo ruolo in un trattamento cellulare particolare.

Sviluppare un protocollo

Uno studio significativo che comprende RNAi genoma di ampiezza è stato pubblicato nel 2014 e descrive phenotyping di alto-capacità di lavorazione del trypanosoma brucei; l'organismo che causa la malattia del sonno. Gli schermi genetici precedenti erano stati effettuati sull'organismo, ma avevano lasciato almeno 50% dei geni senza un'assegnazione funzionale.

I vantaggi del metodo erano che le circostanze sperimentali potrebbero essere normalizzate attraverso tutte le celle nello schermo facendo uso di singolo matraccio di cultura e l'uso di una sequenza del DNA riferire la densità demografica relativa evita i problemi di contaminazione e di mislabeling.

gli schermi Genoma di ampiezza generano tipicamente molti risultati in un singolo esperimento, rivelando le centinaia di funzioni significative o di associazioni. Nello studio 2014, RNAi genoma di ampiezza ha permesso che i ricercatori sviluppassero un protocollo per efficacia e la resistenza anti--trypanosomal della droga di decodifica e che identifica i gruppi dei geni in questione nel quorum che percepisce la via di segnalazione dell'organismo.

Farmacoresistenza di decodifica

Le droghe che mirano ai trattamenti epigenetici stanno mostrando i forti risultati nella terapia del cancro. Gli inibitori di deacetylase dell'istone (HDAC) sono una tale classe di droghe. Queste droghe hanno effetti anticancro mirare alle celle del non tumore e del tumore, compreso induzione del apoptosis (morte programmata delle cellule).

Tuttavia, nei test clinici, alcuni pazienti sono insensibili a queste droghe. Se i fattori che contribuiscono alla resistenza di HDAC potessero essere mirati a da un'altra droga, la combinazione potrebbe migliorare la risposta agli inibitori di HDAC.  

In uno studio, i ricercatori hanno usato le celle umane del tumore con la resistenza acquistata all'inibitore di HDAC, acido suberanilohydroxamic ed hanno effettuato uno schermo genoma di ampiezza di RNAi. Lo schermo ha identificato la proteina GLI1 del dito di zinco come gene novello per la resistenza a vorinostat.

Il colpo di GLI1 con il trattamento del vorinostat ha spostato con successo il bilanciamento della pro-sopravvivenza e dei geni pro-apoptotic verso il apoptosis, indicante una strategia di promessa per lo sviluppo della droga di combinazione.

Estrazione mineraria degli obiettivi più efficaci

Il multiforme di Glioblastoma (GBM), un cancro del cervello, è uno dei più letali e difficili trattare i moduli di cancro. Gli scienziati ritengono una sottopopolazione delle celle chiamate il gioco del tipo di gambo delle cellule di GBM (GBM-SCs) un ruolo importante nell'inizio e manutenzione del tumore mentre si sviluppa.

Queste celle si rinnovano e si differenziano negli stirpi delle cellule come i neuroni e le celle astrocyte del tipo di. GBM-SCs è egualmente più resistente alla chemioterapia ed alla radiazione che le celle in serie del tumore, che significa la loro popolazione è arricchita spesso dopo la terapia.

È pensato che alcuni geni in GBM-SCs possano offrire gli obiettivi per l'efficace trattamento della droga. Per identificare quei geni, i ricercatori hanno effettuato uno schermo su grande scala di RNAi. Hanno verificato l'effetto di colpo oltre di 10.000 geni e da molti colpi ha girato su dall'esperimento, hanno identificato e convalidato il siero/chinasi regolamentata glucocorticoide 1 (SGK1) come gene chiave di pro-sopravvivenza nella proliferazione e nella sopravvivenza di GBM-SC.

Lo schermo genoma di ampiezza di RNAi è un'innovazione potente che moltiplica la potenza di interferenza del RNA dalle centinaia o da migliaia di periodi. È un'aggiunta importante all'intervallo delle opzioni per gli schermi genetici di alto-capacità di lavorazione.

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Last Updated: Feb 26, 2019

Dr. Catherine Shaffer

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Dr. Catherine Shaffer

Catherine Shaffer is a freelance science and health writer from Michigan. She has written for a wide variety of trade and consumer publications on life sciences topics, particularly in the area of drug discovery and development. She holds a Ph.D. in Biological Chemistry and began her career as a laboratory researcher before transitioning to science writing. She also writes and publishes fiction, and in her free time enjoys yoga, biking, and taking care of her pets.

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