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Autentificación humana de la variedad de células por el STR perfilado

Recientemente, ha habido un aumento en el uso de variedades de células humanas con fines de investigación. Sin embargo, esto también ha sido acompañada por un aumento en la contaminación cruzada. El perfilado corto de la DNA (STR) de la repetición en tándem es una solución que se ha propuesto para la detección de la contaminación cruzada y la autentificación de variedades de células humanas.

El perfilado corto de la DNA de la repetición en tándem es una solución que se ha propuesto para la detección de la contaminación cruzada en variedades de células humanas.Design_Cells | Shutterstock

¿Cuantas veces la contaminación cruzada ocurre?

La contaminación cruzada es un asunto crítico en cultivo celular, con los estudios sugiriendo que hasta 16-35% de todos los experimentos es afectado. Esto afecta la investigación pues los resultados registrados pueden no reflejar exacto los datos verdaderos y el repliegue del experimento es difícil. Descubrir variedades de células contaminadas es por lo tanto imperativo.

Descubrir la cruz-contaminaton es determinado difícil para las células con morfologías o fenotipos similares. Por ejemplo, la variedad de células HeLa, que fue desarrollada en 1951, ahora consiste en más de 90 variedades de células. En un estudio reciente, diversas variedades de células del pecho, tiroides, adenoides, cánceres todos del esófago fueron encontradas cruz-para ser contaminadas. Así, el uso de los métodos que pueden determinar variedades de células ha llegado a ser crucial.

(STR)¿Qué la repetición en tándem corta está perfilando?

Las repeticiones en tándem cortas refieren a las series cortas de la DNA que son idénticas entre las células de las mismas variedades de células, y mienten sucesivamente en las regiones específicas de los cromosomas. La talla de repeticiones en tándem cortas puede colocar a partir del dos a trece nucleótidos, y se utilizan para comparar lugares geométricos específicos en la DNA en diversas muestras.

En 1985, Alec Jeffreys y sus colegas mostraron la presencia de repeticiones en tándem del número variable distribuidas en el genoma que puede dar lugar a una firma característica de la DNA. Esto se puede utilizar para determinar variedades de células determinadas. Sin embargo, estas huellas dactilares pueden ser difíciles de interpretar. Como solución, las repeticiones en tándem del cortocircuito (STR) fueron utilizadas. El STR consiste en series cortas de los pares bajos de la talla 1-6.

STR perfilado de variedades de células humanas: Metodología

El perfilado corto de la repetición en tándem se puede realizar en cualquier laboratorio que tenga la capacidad para las técnicas de la biología molecular. Tan pronto como una variedad de células se reciba en un laboratorio, toda la información con respecto a su nombre, el nombre del donante, el nombre de la variedad de células original, el tejido del origen, el período que duplica, sus características y las funciones se registran.

Para el revelado del análisis para las células adherentes, el medio de cultivo primero se quita y se desecha. La superficie entonces se enjuaga usando PBS (que se deseche posteriormente) y se disocian las células. Esto es seguida lavándose de la bolita y del resuspension en PBS antes de contar las células.

Condiciones de almacenamiento

Las células son observadas en una tarjeta del FTA suspendiendo 200.000 células en PBS. Entonces un disco de 1,2 milímetros se perfora en el centro del sitio de la muestra y un émbolo buzo se utiliza para expulsar el disco en la placa del pozo de la reacción.

El proceso de la amplificación implica el agregar de todos los componentes de una mezcla de la polimerización en cadena en un tubo estéril y el vortexing por 10 segundos. Entonces el μl 25 de la mezcla de la polimerización en cadena se agrega al tubo de la reacción que contiene el disco del FTA. El ciclaje térmico implica el colocar de la placa en el ciclo y el funcionamiento térmicos el protocolo recomendado. Las muestras amplificadas se pueden salvar en 4°C después de terminar este ciclo.

Detección

Las pinturas de fondo marcadas con etiqueta con los marcadores fluorescentes reconocen diversos lugares geométricos en la reacción de la polimerización en cadena. Después de que se termine la polimerización en cadena, los patrones internos para la talla se pueden agregar a la mezcla de reacción y la DNA se puede separar en base de talla usando la electroforesis capilar del gel.

El análisis de talla se termina usando el software de GeneMapper ID-X, que compara la talla de diversos fragmentos de la DNA con patrones internos. La repetición en tándem corta genotyping es hecha por la conversión de las tallas del amplicon en los alelos usando la escalera alélica.

Análisis de la autentificación y de datos

Si el STR perfil muestra más que un fósforo del 80%, una variedad de células se considera auténtica, mientras que un fósforo que es menos del 56% se considera estar sin relación. En algunos casos, sin embargo, el perfil del fósforo puede ser indeterminado si la semejanza está entre el 56% y el 80%. Generalmente, por lo menos ocho el STR lugares geométricos se requiere establecer la identidad de una variedad de células humana.

Fuentes

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Last Updated: May 2, 2019

Dr. Surat P

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Dr. Surat P

Dr. Surat graduated with a Ph.D. in Cell Biology and Mechanobiology from the Tata Institute of Fundamental Research (Mumbai, India) in 2016. Prior to her Ph.D., Surat studied for a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Zoology, during which she was the recipient of an Indian Academy of Sciences Summer Fellowship to study the proteins involved in AIDs. She produces feature articles on a wide range of topics, such as medical ethics, data manipulation, pseudoscience and superstition, education, and human evolution. She is passionate about science communication and writes articles covering all areas of the life sciences.  

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