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Importanza di studio del Interactome

Interactome si riferisce a tutti gli insiemi delle interazioni molecolari dentro una cella. Sebbene un interactome usato solitamente per le interazioni della proteina-proteina, essi possa anche riferirsi alle reti metaboliche o alle reti regolarici del gene.

Ruolo di Interactome nella medicina

Le proteine agiscono raramente in isolamento nelle malattie. Uno stato malato è associato solitamente con il gruppo aumentato delle proteine di segnalazione, dei fattori metabolici e dell'espressione genica. Quindi, analizzare il interactome delle interazioni della proteina-proteina facendo uso della malattia può rivelare tutte le interazioni che upregulated o downregulated durante la malattia. Ciò può fornire le bugne o aiutare nell'identificazione a che le molecole o gli insiemi delle molecole devono essere mirati per gestire o fare maturare la malattia.

Identificazione dei geni di malattia facendo uso di Interactome

Analizzare il interactome delle interazioni della proteina-proteina durante la malattia può contribuire a scoprire l'espressione di cui i geni sono aumentati. Sebbene il gene di alto-capacità di lavorazione che profila le tecniche sia egualmente attualmente disponibile, gli approcci basati su rete possono evidenziare i trattamenti in relazione con la malattia che possono più ulteriormente identificare i geni in relazione con la malattia. Lo studio su tali reti piombo alla scoperta dei geni in relazione con la malattia novelli.

Caratterizzazione di proteina sconosciuta

Il interactome egualmente è stato usato per caratterizzare le funzioni delle proteine sconosciute. Solitamente proteine che interagiscono insieme sono egualmente implicato probabile in simile o gli stessi trattamenti biologici. Quindi, trovare i partner d'interazione di una proteina o di un metabolita sconosciuta può dare l'indicazione quanto alla sua funzione. Parecchi algoritmi stanno usandi per arguire le funzioni della proteina, compreso i metodi diretti ed indiretti. I metodi diretti comprendono il conteggio della vicinanza, integrante le informazioni dall'interazione differente partners per caratterizzare la funzione di una proteina. Nei metodi diretti, i beni topologici di una rete sono identificati per riconoscere il modulo delle proteine di cui le interazioni possono essere attribuite ai trattamenti specifici.

Interazioni di predizione del Dominio-Dominio

Le proteine consistono solitamente di due o più domini. In prokaryotes, due terzi di proteina contengono i multidomains, mentre in eucarioti, quattro quinti delle proteine contengono i domini multipli. Le interazioni fra due proteine consiste delle interazioni fra due domini specifici. L'identificazione di questi domini è critica alle interazioni di comprensione della proteina-proteina. Uno dei metodi di segnatura dell'ogni paio del dominio è calcolando il rapporto del numero degli avvenimenti di un paio del dominio al numero degli avvenimenti indipendenti di quei domini. Questo punteggio determina la probabilità di interazione fra due domini.

Identificazione della rete Motiffs

Le reti di Interactome possono avere le dimensioni specifiche e connettività. Tuttavia, le reti differenti possono mostrare le similarità in loro struttura locale o globale. Recentemente è stato indicato che le reti differenti video una frequenza molto più alta dei reticoli nella loro organizzazione che che cosa si attenderebbe dalla rete a caso organizzata. Determinati motivi sono stati trovati per ricorrere ad una maggior frequenza. L'identificazione di tali motivi può aiutare nell'arguire i segnali chiave di elaborazione delle informazioni.

Confronto fra gli organismi e gli esseri umani di modello

Recentemente, interactomes differenti di una proteina confrontati studio fra gli esseri umani e lievito, verme, mosca. Tali confronti dei interactomes possono determinare il grado di similarità o di diversità fra le reti delle specie differenti che contribuiscono a salubrità ed alle malattie. Lo studio ha esaminato le interazioni >70,000 ed ha trovato che un 42 di loro era comune fra l'essere umano, il verme e la mosca. Sedici di tale interazione erano comuni a tutti e quattro gli insiemi di dati.

Determinazione della localizzazione sottocellulare di una proteina

La determinazione dove una proteina localizza può essere chiave capire come funziona. Corrente, a metodi basati a microscopia sono usati il più ampiamente per determinare dove una proteina localizza. Tuttavia, due proteine che interagiscono insieme egualmente hanno una tendenza ad avere lo stesso o simili posizioni sottocellulari. Quindi, il interactome ed arguire le interazioni della proteina-proteina possono anche essere usati per determinare la posizione di una proteina. Gli algoritmi differenti sono stati sviluppati affinchè un approccio basato su rete predicano la posizione di una proteina facendo uso della sua rete di interazione della proteina-proteina.

Identificazione degli Fuori Obiettivi di una droga

Le droghe interagiscono con differenti obiettivi molecolari per esercitare il loro effetto. Sebbene pricipalmente interagiscano con gli obiettivi specifici, egualmente legano spesso alle proteine non specifiche che sono chiamate fuori obiettivi del `'. Facendo uso di un interactome della prodotto-proteina, gli fuori obiettivi di una droga possono essere preveduti. Questa comprensione è critica da analizzare la farmacologia di una droga e da diminuire i sui effetti collaterali.

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Last Updated: Aug 24, 2018

Dr. Surat P

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Dr. Surat P

Dr. Surat graduated with a Ph.D. in Cell Biology and Mechanobiology from the Tata Institute of Fundamental Research (Mumbai, India) in 2016. Prior to her Ph.D., Surat studied for a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Zoology, during which she was the recipient of an Indian Academy of Sciences Summer Fellowship to study the proteins involved in AIDs. She produces feature articles on a wide range of topics, such as medical ethics, data manipulation, pseudoscience and superstition, education, and human evolution. She is passionate about science communication and writes articles covering all areas of the life sciences.  

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