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Importância de estudar o Interactome

Interactome refere todos os grupos de interacções moleculars dentro de uma pilha. Embora um interactome usado geralmente para interacções da proteína-proteína, elas possa igualmente referir redes metabólicas ou redes reguladoras do gene.

Papel de Interactome na medicina

As proteínas actuam raramente no isolamento nas doenças. Um estado doente é associado geralmente com a coorte aumentada de proteínas da sinalização, de factores metabólicos, e de expressão genética. Assim, analisar o interactome das interacções da proteína-proteína que usam a doença pode revelar todas as interacções que upregulated ou downregulated durante uma doença. Isto pode fornecer indícios ou ajudá-los na identificação que as moléculas ou os grupos de moléculas precisam de ser visados para controlar ou curar a doença.

Identificando genes da doença usando Interactome

Analisar o interactome de interacções da proteína-proteína durante uma doença pode ajudar a descobrir a expressão de que os genes são aumentados. Embora o gene da alto-produção que perfila técnicas esteja igualmente actualmente disponível, as aproximações baseados na rede podem destacar os processos doença-relacionados que podem mais identificar genes doença-relacionados. O estudo de tais redes conduziu à descoberta de genes doença-relacionados da novela.

Caracterização de proteína desconhecida

O interactome foi usado igualmente para caracterizar as funções de proteínas desconhecidas. Geralmente proteínas que interagem são junto igualmente involvidas provável em similar ou os mesmos processos biológicos. Assim, encontrar os sócios de interacção de uma proteína ou de um metabolito desconhecido pode dar a indicação a respeito de sua função. Diversos algoritmos estão sendo usados para pressupr as funções da proteína, incluindo métodos directos e indirectos. Os métodos directos incluem a contagem da vizinhança, integrando a informação da interacção diferente partners para caracterizar a função de uma proteína. Em métodos directos, as propriedades topológicas de uma rede são identificadas para reconhecer o módulo das proteínas cujas as interacções podem ser atribuídas aos processos específicos.

Interacções de predição do Domínio-Domínio

As proteínas consistem geralmente em dois ou mais domínios. Nos prokaryotes, dois terços da proteína contiverem multidomains, quando nos eukaryotes, quatro-quintos das proteínas contêm domínios múltiplos. As interacções entre duas proteínas consistem em interacções entre dois domínios específicos. A identificação destes domínios é crítica às interacções compreensivas da proteína-proteína. Um dos métodos de marcar cada par do domínio é calculando a relação do número de ocorrências de um par do domínio ao número de ocorrências independentes daqueles domínios. Esta contagem determina a probabilidade de uma interacção entre dois domínios.

Identificando a rede Motiffs

As redes de Interactome podem ter tamanhos e conectividade específicos. Contudo, as redes diferentes podem mostrar similaridades em sua estrutura local ou global. Mostrou-se recentemente que as redes diferentes indicam uma freqüência muito mais alta dos testes padrões em sua organização que o que seria esperado da rede aleatòria organizada. Determinados motivos foram encontrados para retornar em uma freqüência maior. A identificação de tais motivos pode ajudar em pressupr sinais de processamento do informações-chave.

Comparação entre os organismos e os seres humanos modelo

Recentemente, interactomes diferentes comparados estudo de uma proteína entre seres humanos e fermento, sem-fim, mosca. Tais comparações dos interactomes podem determinar o grau de similaridade ou de dissimilitude entre as redes das espécies diferentes que contribuem à saúde e às doenças. O estudo olhou as interacções >70,000 e encontrou que um 42 delas eram comuns entre o ser humano, o sem-fim e a mosca. Dezesseis de tal interacção eram comum a todas as quatro séries de dados.

Determinando a localização Secundário-Celular de uma proteína

Determinar onde uma proteína localiza pode ser chave compreender como funciona. Actualmente, os métodos microscopia-baseados são usados o mais extensamente para determinar onde uma proteína localiza. Contudo, duas proteínas que interagem junto igualmente têm uma tendência ter o mesmo ou lugar secundário-celulares similares. Assim, o interactome e a pressuposição das interacções da proteína-proteína podem igualmente ser usados para determinar o lugar de uma proteína. Os algoritmos diferentes foram desenvolvidos para que uma aproximação baseado na rede prever o lugar de uma proteína usando sua rede da interacção da proteína-proteína.

Identificando Fora-Alvos de uma droga

As drogas interagem com os alvos moleculars diferentes para exercer seu efeito. Embora interajam principalmente com os alvos específicos, igualmente ligam frequentemente às proteínas não específicas que são chamadas fora-alvos do `'. Usando um interactome da produto-proteína, os fora-alvos de uma droga podem ser previstos. Esta compreensão é crítica para analisar a farmacologia de uma droga e para reduzir seus efeitos secundários.

Fontes

Further Reading

Last Updated: Aug 24, 2018

Dr. Surat P

Written by

Dr. Surat P

Dr. Surat graduated with a Ph.D. in Cell Biology and Mechanobiology from the Tata Institute of Fundamental Research (Mumbai, India) in 2016. Prior to her Ph.D., Surat studied for a Bachelor of Science (B.Sc.) degree in Zoology, during which she was the recipient of an Indian Academy of Sciences Summer Fellowship to study the proteins involved in AIDs. She produces feature articles on a wide range of topics, such as medical ethics, data manipulation, pseudoscience and superstition, education, and human evolution. She is passionate about science communication and writes articles covering all areas of the life sciences.  

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