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LongSAGE, RL-SAGE et SuperSAGE

LongSAGE, RL-SAGE et SuperSAGE sont des modifications d'analyse séquentielle d'expression du gène (SAUGE).

Crédit : Dimarion/Shutterstock.com

La SAUGE est une technologie pour l'expression de recensement et de mesure d'ARNm dans un échantillon. Elle peut être employée pour une gamme d'applications de profiler des cellules tumorales d'étudier la biologie des invertébrés.

L'analyse séquentielle de l'expression du gène (SAUGE) emploie l'ARNm d'un échantillon particulier pour produire les éclats de l'ADN complémentaire (ADNc) qui sont amplifiés et ordonnancés utilisant le haut-débit ordonnançant la technologie.

Le mécanisme derrière la SAUGE est basé sur les balises qui peuvent recenser la transcription originelle, et l'ordonnancement rapide des réseaux des balises jointes ensemble. La procédure simplifie essentiellement l'ordonnancement en joignant les segments d'ADNc ensemble dans une longue chaîne. L'analyse donnante droit donne un instantané du transcriptome de l'échantillon, y compris l'identité et l'abondance de chaque ARNm.

LongSAGE

La longue analyse séquentielle de l'expression du gène (LongSAGE) est une forme améliorée de la SAUGE qui produit des balises qui sont 21 paires de bases, plutôt que 14, de même que particulier avec la SAUGE.

LongSAGE emploie une endonucléase différente de restriction d'IIS, MmeI, avec certaines autres modifications de la méthode pour produire une plus longue balise. On l'estime que 99,8 pour cent de 21 balises de point d'ébullition se produisent juste une fois dans un génome la taille du génome humain. Les balises SAGES particulières du point d'ébullition 14 sont de seulement 80 pour cent de seules.

LongSAGE a quelques limitations. Il y a une séquence de point d'ébullition de la constante 4 sur chaque balise qui est des corps étrangers de clivage d'enzymes de restriction. Il y a également quelques gènes qui manquent du site nécessaire de restriction. Un autre problème est que LongSAGE étiquette seulement la correspondance par partie de chaque gène. Pour obtenir des séquences du gène intégrales, l'analyse complémentaire est exigée.

RL-SAGE

LongSAGE robuste est une autre variation sur la SAUGE avec quelques avantages par rapport à la méthode originelle. RL-SAGE a quatre améliorations au-dessus de LongSAGE :

  • Utilisations seulement 50 NG d'ARNm pour la construction de bibliothèque, comparé à 2 ug pour la SAUGE
  • La formation améliorée d'adaptateur et de ditag d'ADNc sont effectuées au cours d'une plus longue période de ligature
  • Seulement 20 amplifications en chaîne par polymérase de ditag sont nécessaires pour une bibliothèque complète (les méthodes environ 90 pour cent moins que précédentes)
  • Des concatémères sont partiellement assimilés avant le clonage

Le protocole de RL-SAGE peut produire de deux ou trois bibliothèques, à 4,5 millions de balises, dans un mois.

SuperSAGE

SuperSAGE augmente la taille SAGE de balise davantage, à 26 paires de bases. La taille accrue de balise apparie plus avec précision la balise à sa transcription. SuperSAGE a été combiné avec la technologie de puce ADN de haut-débit pour augmenter le pouvoir de la méthode davantage.

Les séquences de balise de SuperSAGE ont été directement synthétisées dans le choix pour exécuter l'expression du gène profilant pour 1000 gènes dans le benthamiana de Nicotania de substance de riz.

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Last Updated: Feb 26, 2019

Dr. Catherine Shaffer

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Dr. Catherine Shaffer

Catherine Shaffer is a freelance science and health writer from Michigan. She has written for a wide variety of trade and consumer publications on life sciences topics, particularly in the area of drug discovery and development. She holds a Ph.D. in Biological Chemistry and began her career as a laboratory researcher before transitioning to science writing. She also writes and publishes fiction, and in her free time enjoys yoga, biking, and taking care of her pets.

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