Attenzione: questa pagina è una traduzione automatica di questa pagina originariamente in lingua inglese. Si prega di notare in quanto le traduzioni sono generate da macchine, non tutte le traduzioni saranno perfetti. Questo sito web e le sue pagine web sono destinati ad essere letto in inglese. Ogni traduzione del sito e le sue pagine web possono essere imprecise e inesatte, in tutto o in parte. Questa traduzione è fornita per comodità.

LongSAGE, RL-SAGE e SuperSAGE

LongSAGE, RL-SAGE e SuperSAGE sono modifiche dell'analisi seriale di espressione genica (SALVIA).

Credito: Dimarion/Shutterstock.com

La SALVIA è una tecnologia per l'espressione d'identificazione e di misura del mRNA in un campione. Può essere usata per un intervallo delle applicazioni dal delineamento delle celle del tumore a studiare la biologia degli invertebrati.

L'analisi seriale di espressione genica (SALVIA) usa il mRNA da un campione particolare per creare i frammenti complementari del DNA (cDNA) che sono ampliati ed ordinati facendo uso di alto-capacità di lavorazione che ordina la tecnologia.

Il meccanismo dietro SALVIA è basato sui tag che possono identificare la trascrizione originale e sull'ordinamento rapido delle catene dei tag collegati insieme. La procedura essenzialmente semplifica l'ordinamento collegando i segmenti del cDNA insieme in una catena lunga. L'analisi risultante dà un'istantanea del transcriptome del campione, compreso l'identità e l'abbondanza di ogni mRNA.

LongSAGE

L'analisi seriale lunga di espressione genica (LongSAGE) è un modulo migliorato di SALVIA che genera i tag che sono 21 coppia di basi, piuttosto che 14, come è tipico con SALVIA.

LongSAGE usa un endonucleasi differente della restrizione di IIS, MmeI, con determinate altre modifiche del metodo per produrre un tag più lungo. È stimato che 99,8 per cento di 21 tag di B.P. si presentino appena una volta in un genoma la dimensione del genoma umano. I tag PRUDENTI tipici di 14 B.P. sono soltanto 80 per cento unici.

LongSAGE presenta alcune limitazioni. C'è una sequenza di costante 4 B.P. su ogni tag che è un artefatto di fenditura degli enzimi della restrizione. Ci sono egualmente alcuni geni che mancano del sito necessario della restrizione. Un altro problema è che LongSAGE etichetta soltanto la corrispondenza un la parte di ogni gene. Per ottenere le sequenze integrali del gene, l'analisi supplementare è richiesta.

RL-SAGE

LongSAGE robusto è un'altra variazione su SALVIA con alcuni vantaggi sopra il metodo originale. RL-SAGE ha quattro miglioramenti sopra LongSAGE:

  • Usi soltanto 50 NG del mRNA per la costruzione delle biblioteche, confrontato a 2 ug per SALVIA
  • La formazione migliorata del convertitore e del ditag del cDNA è effettuata con un periodo più lungo di legatura
  • Soltanto 20 reazioni a catena della polimerasi del ditag sono necessarie per una libreria completa (metodi circa 90 per cento meno precedenti)
  • I concatemeri parzialmente si digeriscono prima della clonazione

Il protocollo di RL-SAGE può generare due o tre librerie, a 4,5 milione tag, in un mese.

SuperSAGE

SuperSAGE amplia la dimensione PRUDENTE del tag più ulteriormente, a 26 coppie di basi. La dimensione aumentata del tag abbina più precisamente il tag alla sua trascrizione. SuperSAGE si è combinato con la tecnologia di microarray di alto-capacità di lavorazione per aumentare la potenza del metodo ulteriormente.

Le sequenze del tag di SuperSAGE direttamente sono state sintetizzate all'interno della schiera per eseguire l'espressione genica che profila per 1000 geni nel benthamiana di Nicotania di specie del riso.

Sorgenti:

Further Reading

Last Updated: Feb 26, 2019

Dr. Catherine Shaffer

Written by

Dr. Catherine Shaffer

Catherine Shaffer is a freelance science and health writer from Michigan. She has written for a wide variety of trade and consumer publications on life sciences topics, particularly in the area of drug discovery and development. She holds a Ph.D. in Biological Chemistry and began her career as a laboratory researcher before transitioning to science writing. She also writes and publishes fiction, and in her free time enjoys yoga, biking, and taking care of her pets.

Citations

Please use one of the following formats to cite this article in your essay, paper or report:

  • APA

    Shaffer, Catherine. (2019, February 26). LongSAGE, RL-SAGE e SuperSAGE. News-Medical. Retrieved on November 25, 2020 from https://www.news-medical.net/life-sciences/LongSAGE-RL-SAGE-and-SuperSAGE.aspx.

  • MLA

    Shaffer, Catherine. "LongSAGE, RL-SAGE e SuperSAGE". News-Medical. 25 November 2020. <https://www.news-medical.net/life-sciences/LongSAGE-RL-SAGE-and-SuperSAGE.aspx>.

  • Chicago

    Shaffer, Catherine. "LongSAGE, RL-SAGE e SuperSAGE". News-Medical. https://www.news-medical.net/life-sciences/LongSAGE-RL-SAGE-and-SuperSAGE.aspx. (accessed November 25, 2020).

  • Harvard

    Shaffer, Catherine. 2019. LongSAGE, RL-SAGE e SuperSAGE. News-Medical, viewed 25 November 2020, https://www.news-medical.net/life-sciences/LongSAGE-RL-SAGE-and-SuperSAGE.aspx.

Comments

The opinions expressed here are the views of the writer and do not necessarily reflect the views and opinions of News Medical.