LongSAGE, RL-SAGE e SuperSAGE

LongSAGE, RL-SAGE e SuperSAGE são alterações da análise de série da expressão genética (SÁBIO).

Crédito: Dimarion/Shutterstock.com

O SÁBIO é uma tecnologia para a expressão de identificação e de determinação do mRNA em uma amostra. Pode ser usado para uma escala de aplicações de perfilar pilhas do tumor a estudar a biologia dos invertebrado.

A análise de série da expressão genética (SÁBIO) usa o mRNA de uma amostra particular para criar os fragmentos complementares do ADN (cDNA) que são amplificados e arranjados em seqüência usando a alto-produção que arranja em seqüência a tecnologia.

O mecanismo atrás do SÁBIO é baseado nas etiquetas que podem identificar o transcrito original, e em arranjar em seqüência rápido das correntes das etiquetas ligadas junto. O procedimento simplifica essencialmente arranjar em seqüência ligando os segmentos do cDNA junto em uma corrente longa. A análise resultante dá um instantâneo do transcriptome da amostra, incluindo a identidade e a abundância de cada mRNA.

LongSAGE

A análise de série longa da expressão genética (LongSAGE) é um formulário aumentado do SÁBIO que gera as etiquetas que são 21 pares baixos, um pouco do que 14, como é típico com SÁBIO.

LongSAGE usa um endonuclease diferente da limitação de IIS, MmeI, com determinadas outras alterações do método para produzir uma etiqueta mais longa. Calcula-se que 99,8 por cento de 21 etiquetas do bp ocorrem apenas uma vez em um genoma o tamanho do genoma humano. As etiquetas PRUDENTES típicas de 14 bp têm somente 80 por cento originais.

LongSAGE tem algumas limitações. Há uma seqüência do bp da constante 4 em cada etiqueta que é um produto manufacturado da segmentação da enzima da limitação. Há igualmente alguns genes que faltam o local necessário da limitação. Um outro problema é que LongSAGE etiqueta somente o fósforo um a parte de cada gene. Para obter seqüências completos do gene, a análise adicional é exigida.

RL-SAGE

LongSAGE robusto é uma outra variação no SÁBIO com algumas vantagens sobre o método original. RL-SAGE tem quatro melhorias sobre LongSAGE:

  • Usos somente 50 ng do mRNA para a construção da biblioteca, comparado a 2 ug para o SÁBIO
  • A formação aumentada do adaptador e do ditag do cDNA é realizada durante um período mais longo da ligadura
  • Somente 20 reacções em cadeia da polimerase do ditag são necessárias para uma biblioteca completa (os métodos aproximadamente 90 por cento menos do que precedentes)
  • Os Concatemers são digeridos parcialmente antes de clonar

O protocolo de RL-SAGE pode gerar duas ou três bibliotecas, em 4,5 milhão etiquetas, em um mês.

SuperSAGE

SuperSAGE expande o tamanho PRUDENTE da etiqueta mais, a 26 pares baixos. O tamanho aumentado da etiqueta combina mais precisamente a etiqueta a seu transcrito. SuperSAGE foi combinado com a tecnologia do microarray da alto-produção para aumentar mais a potência do método.

As seqüências da etiqueta de SuperSAGE foram sintetizadas directamente dentro da disposição para executar a expressão genética que perfila para 1000 genes no benthamiana de Nicotania da espécie do arroz.

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Last Updated: Feb 26, 2019

Dr. Catherine Shaffer

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Dr. Catherine Shaffer

Catherine Shaffer is a freelance science and health writer from Michigan. She has written for a wide variety of trade and consumer publications on life sciences topics, particularly in the area of drug discovery and development. She holds a Ph.D. in Biological Chemistry and began her career as a laboratory researcher before transitioning to science writing. She also writes and publishes fiction, and in her free time enjoys yoga, biking, and taking care of her pets.

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